Natasia, Shella Clarista (2018) Potensi Inhibisi Enzim -Hydroxy-3-Methyl Glutaryl (Hmg)-Coa Reduktase (Hmgr) Oleh Bioaktif Peptida Dari Csn1s2 Susu Kambing Peranakan Ethawah Pada Hiperkolesterolemia Secara In Silico. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.
Abstract
Pengobatan hiperkolesterolemia yang sering digunakan adalah statin yang mampu menurunkan kadar kolesterol melalui inhibisi enzim 3-hydroxy-3-methyl glutaryl (HMG) CoA reduktase (HMGR), namun statin dapat menimbulkan efek samping. Oleh karena itu, harus dicari alternatif pengobatan alami seperti bioaktif peptida dari protein CSN1S2 susu kambing peranakan Ethawah. Penelitian ini dilakukan untuk menganalisis potensi bioaktif peptida protein CSN1S2 sebagai inhibitor HMGR secara in silico. Struktur tiga dimensi HMGR didapatkan dari database PDB ID: 1DQ9 diinteraksikan dengan delapan bioaktif peptida dari protein CSN1S2 susu kambing peranakan Ethawah dengan menggunakan ClusPro. Data hasil docking divisualisasi dan dianalisis dengan menggunakan Discovery Studio, PyMol, LigPlot+. Hasil docking menunjukkan bahwa empat dari delapan peptida caprine CSN1S2 dapat berinteraksi dengan sisi aktif HMGR yaitu fragmen 41-NMAIHPR-47, 87-ITVDDKHYQK-96, 214-TNAIPVYR-221, dan 214-TNAIPYVRL-223. Empat fragmen tersebut memiliki kesamaan lokasi dengan lokasi interaksi antara HMGR dan HMG-CoA kecuali fragmen 87-ITVDDKHYQK-96. Lokasi interaksi tersebut adalah E559, D767, H866, terutama bagian cis-loop yaitu residu HMGR nomor 684 sampai 692. Fragmen 41-NMAIHPR-47 memiliki 17 ikatan hidrogen dengan energi ikatan sebesar -634,8 kJ/mol, fragmen 214-TNAIPVYR-221 memiliki 21 ikatan hidrogen dengan energi ikatan -765 kJ/mol, dan fragmen 214-TNAIPYVRL-223 memiliki 24 ikatan hidrogen dengan energi ikatan -1010,4 kJ/mol. Hasil tersebut menunjukkan bahwa ketiga peptida diatas berpotensi menjadi inhibitor HMGR dengan kebutuhan energi yang rendah.
English Abstract
The most common used medication for hypercholesterolemia remedy is statin, which can reduce cholesterol level by inhibit 3-hydroxy-3-methyl glutaryl (HMG) CoA reductase (HMGR) enzyme, unfortunately statin medication induce some side side effects. The side effect of statin force the user to looking for another natural remedies like bioactive peptide from CSN1S2 Ethawah goat milk protein. This research is done for in silico analyzing the potential of bioactive peptide from CSN1S2 as HMGR inhibitor. The 3D structure of HMGR obtained from PDB database ID: 1DQ9 were docked with eight bioactive peptides from CSN1S2 Ethawah goat milk protein using ClusPro. Docking results were visualized and analyzed by Discovery Studio, PyMol, LigPlot+. The docking result showed that four out of eight CSN1S2 caprine peptide fragments can interact with HMGR. These fragments are 41-NMAIHPR-47, 87-ITVDDKHYQK-96, 214-TNAIPVYR-221, and 214- TNAIPYVRL-223. Those four fragments have the same locations with HMGR and HMG-CoA interaction locations except 87- ITVDDKHYQK-96 fragment. Interaction locations above were at E559, D767, H866, especially at cis-loop, residue number 684 until 692. Fragment 41-NMAIHPR-47 had 17 hydrogen bonds with binding energy -765 kJ/mol, fragment 214-TNAIPVYR-221 had 21 hydrogen bonds with binding energy -765 kJ/mol, and fragment 214-TNAIPYVRL-223 had 24 hydrogen bonds with binding energy -1010,4 kJ/mol. The study results indicate that three bioactive peptides have potential as HMGR inhibitors with low binding energy.
| Item Type: | Thesis (Sarjana) |
|---|---|
| Identification Number: | SKR/FMIPA/2018/542/051800430 |
| Uncontrolled Keywords: | CSN1S2, hiperkolesterolemia, HMGR, in silico, inhibitor, |
| Subjects: | 500 Natural sciences and mathematics > 572 Biochemistry > 572.7 Enzymes |
| Divisions: | Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam > Biologi |
| Depositing User: | Nur Cholis |
| Date Deposited: | 02 Feb 2018 07:07 |
| Last Modified: | 21 Dec 2020 14:39 |
| URI: | http://repository.ub.ac.id/id/eprint/8692 |
Actions (login required)
 |
View Item |