Dahoklory, Nicodemus (2014) Eksplorasi dan Kajian Protein Peridinin Halimeda opuntia sebagai Bahan Penghambat Proliferasi Virus RNA VNN pada Komoditi Ikan Kerapu Tikus (Cromileptes altivelis). Doctor thesis, Universitas Brawijaya.
Abstract
Ikan kerapu tikus ( C.altivelis) merupakan salah satu jenis ikan laut yang telah berhasil dibudidayakan di Indonesia dan menjadi produk unggulan perikanan yang diekspor ke sejumlah negara karena sangat digemari di luar negeri. Dalam budidaya ikan kerapu tikus selalu oleh penyakit virus RNA (ribonucleic acid) VNN (Viral Nervous Necrosis) sering mengakibatkan kerugian ekonomis karena menyebabkan kematian 80 – 100 %. Namun belum ada upaya untuk mengatasi serangan virus pada ikan kerapu. Tujuan penelitian ini adalah mengetahui kandungan protein Per-CP (Peridinin-Chlorophyll-Protein) H. opuntia yang dikoleksi di perairan Teluk Kupang, mengetahui reaksi protein Per-CP dalam menghambat reaksi virus RNA VNN pada organ target ikan, mengetahui efek penggunaan protein Per-CP dalam meregulasi TLR 11 sehingga memberi efek inhibitor pada reaksi virus RNA VNN. Metode penelitian yang digunakan adalah metode eksperimen terhadap proses isolasi Per-CP H. opuntia , ikan kerapu tikus yang dikaji dibagi dalam tiga kelompok yaitu ikan kerapu tikus kontrol, ikan kerapu tikus yang disonde dengan Per-CP H. opuntia , dan ikan kerapu tikus disonde dengan Per-CP H. opuntia yang diuji tantang dengan virus RNA VNN. Parameter yang diamati meliputi perubahan patologis organ insang dan ginjal, HA dan HI untuk organ insang dan organ ginjal, Western Bloting dan Dot Bloting untuk organ insang dan organ ginjal, SDSPAGE untuk organ insang dan ginjal. Isolat Per-CP (Perdinin-Chlorophyll-Protein) H. opuntia yang dikoleksi dari perairan Teluk Kupang NTT memberikan kadar protein yang sangat bervariasi. Hasil penelitian in vivo Per-CP menunjukkan bahwa Per-CP H. opuntia mampu menghambat aktivitas virus RNA VNN. Hasil penelitian ekspresi sel pada organ target ikan kerapu tikus menunjukkan bahwa bobot molekul 56 kDa merupakan ekspresi sel yang paling kuat pada organ target ikan kerapu tikus (Insang dari ikan kontrol, Insang dari ikan yang disonde dengan Per-CP H. opuntia , Insang dari ikan yang disonde dengan Per-CP H. opuntia yang diuji tantang dengan virus RNA VNN, Ginjal dari ikan yang disonde dengan H. opuntia , Ginjal dari ikan yang disonde dengan Per-CP H. opuntia yang diuji tantang dengan virus RNA VNN); bobot molekul 5 kDa dari Per-CP H. opuntia merupakan molekul antivirus VNN yang terekspresi lebih kuat pada organ Insang ikan kontrol dan Insang dari ikan yang disonde dengan Per-CP H. opuntia serta Insang dari ikan yang disonde dengan Per-CP H. opuntia yang diuji tantang dengan virus RNA VNN. Bobot molekul 5 kDa dari Per-CP H. opuntia terekspresi sangat lemah pada organ Ginjal dari ikan yang disonde dengan Per-CP H. opuntia maupun pada organ Ginjal dari ikan yang disonde dengan Per-CP H.opuntia yang diuji tantang dengan virus RNA VNN. Per-CP H. opuntia dengan bobot 5 kDa mampu menghasilkan reaksi antivirus, TLR 11 mampu melemahkan reaksi virus RNA VNN pada organ insang ikan kerapu tikus kecuali organ ginjal. Per-CP H. opuntia mampu meningkatkan pertumbuhan ikan kerapu tikus ( C. altivelis ).
English Abstract
Humback grouper ( C. altivelis ) is a marine species which is successfully cultivated in Indonesia and has become fishery superior product to be exported to many countries because it is very popular commodity in abroad. The cultivation of humback grouper, however, is haunted by virus-induced disease, called RNA (ribonucleic acid) VNN (Viral Nervous Necrosis), which can give economic loss with death rate of 80-100 %. Since the attack of this virus against marine fish, there is no yet action taken to reduce this development of this disease. The objectives of research are to understand the protein Per-CP (Peridinin-Chlorophyll-Protein) H. opuntia collected from Kupang Bay sea, to acknowledge the reaction of protein Per-CP in inhibiting the reaction of RNA VNN Virus in the organ of fish target, and to figure out the use of protein Per-CP in regulating TLR 11 to give inhibitory effect against the reaction of RNA VNN Virus. Research method is experiment with the isolation of Per-CP H. opuntia . Humback grouper is assigned into three groups, which are controlled humback grouper, humback grouper treated with Per-CP H. opuntia , and humback grouper treated with Per-CP H. opuntia and challenge-tested with RNA VNN Virus. Parameters observed are the pathological change of gill and kidney organs, HA and HI for gill and kidney organs, Western Blotting and Dot Blotting for gill and kidney organs, and SDS-Page for gill and kidney organs. The isolate of Per-CP (Peridinin-Chlorophyll-Protein) H. opuntia collected from Kupang Bay sea of NTT have very variable protein content. Result of in vivo research on Per-CP indicates that Per-CP H. opuntia can inhibit the acitivty of RNA VNN Virus. Research of cellular expression in target organ of humback grouper has shown that molecular weight of 56 kDa is the strongest cellular expression in target organ of humback grouper (gill of controlled fish, gill of fish treated with Per-CP H. opuntia , gill of fish treated with Per-CP H. opuntia and challenge-tested with RNA VNN Virus, kidney of controlled fish, kidney of fish treated with Per-CP H. opuntia , kidney of fish treated with Per-CP H. opuntia and challenge-tested with RNA VNN Virus). Molecular weight of 56 kDa from Per-CP H. opuntia is a VNN antivirus molecule with strongest expression in the gill of controlled fish, that of fish treated with Per-CP H. opuntia , and also that of fish treated with Per-CP H. opuntia and challenge-tested with RNA VNN Virus. Molecular weight of 5 kDa from Per-CP H. opuntia is expressed very weak in the gill of fish treated with Per-CP H. opuntia and also that of fish treated with Per-CP H. opuntia and challenge-tested with RNA VNN Virus. Per-CP H. opuntia at weight 5 kDa can produce antivirus reaction, TLR 11, which debilitates reaction of RNA VNN Virus in the gill of humback grouper but not for kidney. Per-CP H. opuntia can improve growth of humback grouper ( C. altivelis ).
| Item Type: | Thesis (Doctor) |
|---|---|
| Identification Number: | DES/572.592/DAH/e/061407620 |
| Subjects: | 500 Natural sciences and mathematics > 572 Biochemistry > 572.5 Miscellaneous chemicals |
| Divisions: | S2/S3 > Magister Budidaya Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan |
| Depositing User: | Endro Setyobudi |
| Date Deposited: | 27 Nov 2014 14:49 |
| Last Modified: | 27 Nov 2014 14:49 |
| URI: | http://repository.ub.ac.id/id/eprint/161021 |
Actions (login required)
 |
View Item |