Malis, Eko (2014) Preparasi Hyper-Cross-Linked Monolith untuk Pemisahan DNA Termetilasi Menggunakan Kromatografi Cair Kinerja Tinggi (KCKT). Magister thesis, Universitas Brawijaya.
Abstract
DNA termetilasi adalah salah satu bagian penting dari proses epigenetik, dan bertanggung jawab untuk transkripsi, pencetakan gen dan diferensiasi sel. Penyimpangan DNA termetilasi selalu dihubungi dengan berbagai penyakit. Proses metilasi DNA termetilasi dapat digunakan sebagai biomarker untuk deteksi dini penyakit tertentu, seperti penyakit genetik, tumor, maupun berbagai jenis kanker. Oleh karena sangat penting untuk mengembangkan metode pemisahan dan deteksi DNA termetilasi (dengan perbedaan 1-3 metil) secara cepat dan akurat untuk dapat mendeteksi penyakit sejak awal. Dalam penelitian ini akan dipreparasi monolith berbasis polimer organik dengan mekanisme interaksi hidrofobik dan penukar anion kuat pada Kromatografi Cair Kinerja Tinggi (KCKT) untuk memisahkan DNA termetilasi. Keunggulan pengembangan metode ini cepat mudah dan praktis. Monolith berperan sebagai fase diam bermuatan positif yang akan berikatan dengan DNA yang secara alami mempunyai gugus fosfat bermuatan negatif. Monolith yang akan dikembangkan pada penelitian ini adalah poly(methacrylatoethyl trimethyl ammonium-co-vinylbenzene chloride-co-ethylene dimethacrylate) (MATE-co-VBC-co-EDMA) yang disintesis secara in-situ pada kolom silicosteel berdiameter 0,5 mm dengan keberadaan porogen (1-propanol, 1,4-butanediol) dan inisiator AIBN (1,1`-Azobis(isobutyronitrile). Kolom silicosteel sebelumnya telah dimodifikasi dengan 3-Methacryloxypropyltrimethoxysilane (MPS), agar terjadi interaksi ikatan kovalen antara polimer monolith pada permukaan dinding dalam kolom. Proses sintesis polimerisasi dilakukan satu tahap reaksi polimerisasi. Monolith dipreparasi dengan enam komposisi total monomer (%T) dan croslinker (%C) yang berpengaruh pada distribusi pori pada polimer monolith. Dari data variasi keenam monolith poly-(MATE-co-VBC-co-EDMA), monolith dengan %T 35, %C 50 mempunyai jumlah recognition sites memadai dan distribusi pori micropores 12,63, mesopores 24,25 dan 44,32% yang relatif seimbang. Monolith digunakan untuk memisahkan oligo(dT) 12-18 dan DNA termetilasi. Dari data kromatogram oligo(dT) 12-18 dan DNA memberikan profil puncak-puncak yang terpisah dengan resolusi masing-masing 1,4 dan 1,0. Kolom monolith yang dipreparasi berpotensial untuk pemisahan kromatografi dual mode.
English Abstract
Methylated DNA is one important part of the epigenetic process, and are responsible for transcription, gene and cell differentiation printing. Methylated DNA aberrations are always contacted by various diseases. Methylated DNA methylation process can be used as a biomarker for early detection of certain diseases, such as genetic diseases, tumors, and various types of cancer. Is therefore very important to develop methods of separation and detection of methylated DNA to be able to quickly and accurately detect the disease early. In this study will be prepared organic polymer-based monolith with hydrophobic interaction mechanism and strong anion exchanger on High Performance Liquid Chromatography (HPLC) to separate the methylated DNA. The advantages of this method of rapid development easy and practical. Monolith act as positively charged stationary phase which will bind to the DNA which naturally has a negatively charged phosphate groups. Monolith which will be developed in this study is poly-(methacrylatoethyl trimethyl ammonium chloride-co-vinylbenzene-co-ethylene dimethacrylate) (MATE-co-VBC-co-EDMA) were synthesized by in-situ on silicosteel column diameter of 0.5 mm with the presence of porogen (1-propanol, 1,4-butanediol) and the initiator AIBN (1,1-azobis (isobutyronitrile). Silicosteel previous column was modified with 3-Methacryloxypropyltrimethoxysilane (MAPS) to enable the covalent bonding interactions between the polymer monolith on the surface of the column wall. process synthesis stage polymerization reaction carried one step polymerization. Monolith composition prepared with six total monomer (%T) and croslinker (%C) the effect on the distribution of pores in the polymer monolith. From the sixth variation of the data monolith poly- (MATE-co-VBC-co-EDMA) monolith with %35, % 50% C has adequate number of recognition sites and the distribution of pore Micropores 12.63, 24.25 and 44.32 mesopores % ideal relatively. Monolith used to separate oligo(dT) 12-18 and methylated DNA of the data gives the profile chromatogram peaks were separated with a resolution better than 1.4 and 1,0 respectively. The resulted monolithic columns are promising good potential for dual mode liquid chromathography.
| Item Type: | Thesis (Magister) |
|---|---|
| Identification Number: | TES/572.86/MAL/p/041405989 |
| Subjects: | 500 Natural sciences and mathematics > 572 Biochemistry > 572.8 Biochemical genetics |
| Divisions: | S2/S3 > Magister Matematika, Fakultas MIPA |
| Depositing User: | Endro Setyobudi |
| Date Deposited: | 19 Sep 2014 09:42 |
| Last Modified: | 19 Sep 2014 09:42 |
| URI: | http://repository.ub.ac.id/id/eprint/157703 |
Actions (login required)
 |
View Item |