Roziqoh, Layliya (2017) Studi Kerentanan Gajah Sumatera (Elephas Maximus Sumatranus) Muda Dan Dewasa Terhadap Elephant Endotheliotropic Herpesvirus (Eehv) Di Taman Safari Indonesia Ii Prigen Berdasar Sekuen Nukleotida Toll-Like Receptor 9 (Tlr9) Dengan Polymerase Chain Reaction. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.
Abstract
Toll-Like Receptor 9 (TLR9) merupakan salah satu Pattern Recognition Receptor (PRR) yang dapat mengenali CpG DNA unmetilasi virus dan bakteri serta hemozoin. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan kerentanan gajah muda dan dewasa terhadap Elephant Endotheliotropic Herpesvirus (EEHV) yang mengandung CpG DNA unmetilasi berdasarkan sekuen nukleotida TLR9. Penelitian ini menggunakan sampel darah untuk isolasi DNA, uji kuantitas dan kualitas serta dilanjutkan dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) untuk mendapatkan gen TLR9. Primer yang digunakan adalah primer forward (TLR9_F) 5’-GAACTATCCCTGCCACATGA-3’ dan primer reverse (TLR9_R) 5’-CGTGCACGGATTCTTGTAGT-3’. Hasil PCR dilakukan sekuensing menggunakan metode Sanger kemudian dianalisis dengan penyejajaran urutan basa menggunakan software BioEdit dan NCBI BLAST. Hasil penelitian pada sampel Christine (8 tahun) dan Rety (50 tahun) menunjukkan adanya perbedaan satu basa nukleotida melalui penyejajaran terhadap sekuen nukleotida TLR9 gajah Afrika betina (database genbank TLR9 NCBI) yaitu sitosin pada urutan 1353 menjadi timin melalui mutasi transisi yang disebut silent mutation, dimana kodon CTC menjadi CTT tetap menyandi leusin (L). Kesimpulan dari penelitian ini adalah gajah Sumatera betina muda dan dewasa tidak rentan terhadap infeksi EEHV.
English Abstract
Toll-Like Receptor 9 (TLR9) is one of pattern recognition receptor (PRR) that can recognize unmethylated CpG DNA viruses and bacterial and hemozoin This studies aims to determine the susceptibility of juvenille and adult Sumatran elephants to Elephant Endotheliotropic Herpesvirus (EEHV) contain CpG DNA based on TLR9 nucleotide sequence. This studies using blood sample for DNA isolation, quantitative test, and qualitative test followed by Polymerase Chain Reaction (PCR) to get TLR9 gene. Primer used is primers (TLR9_F) 5’- GAACTATCCCTGCCACATGA-3’ and (TLR9_R) 5’- CGTGCACGGATTCTTGTAGT-3’. PCR product sequenced by Sanger method, followed by alignment of base sequence analyzed using NCBI BLAST and BioEdit software. The result of the sample Christine (8 years old) and Rety (50 years old) showed the difference of one nucleotide bases through alignment to female African Elephant’s TLR9 nucleotide sequence (database genbank TLR9 at NCBI), i.e. cytosine (C) in the 1353 sequence nucleotide into thymine (T) through a transition mutation namely silent mutation (c.1353 C>T) due to both CTC and CTT codons encode leucine (L). This study concluded that juvenile and adult female Asian elephant are not susceptible to EEHV.
| Item Type: | Thesis (Sarjana) |
|---|---|
| Identification Number: | SKR/FKH/2017/187/051712020 |
| Uncontrolled Keywords: | CpG DNA, EEHV, Gajah Sumatera (Elephas maximus sumatranus), PCR, TLR9, CpG DNA, EEHV, Sumatran Elephant (Elephas maximus suatranus), PCR, TLR9. |
| Subjects: | 500 Natural sciences and mathematics > 599 Mammalia (Mammals) > 599.6 Ungulates > 599.67 Proboscidea (Elephants) > 599.676 Elephas |
| Divisions: | Fakultas Kedokteran Hewan > Kedokteran Hewan |
| Depositing User: | Nur Cholis |
| Date Deposited: | 22 Dec 2017 01:20 |
| Last Modified: | 13 Dec 2020 13:21 |
| URI: | http://repository.ub.ac.id/id/eprint/7429 |
Actions (login required)
 |
View Item |