Keragaman Genetik Ikan Lemuru (Sardinella Lemuru) Di Fishing Ground Perairan Probolinggo Dan Prigi Menggunakan Sekuen Mtdna Control Region

Listiyaningsih, Devita (2017) Keragaman Genetik Ikan Lemuru (Sardinella Lemuru) Di Fishing Ground Perairan Probolinggo Dan Prigi Menggunakan Sekuen Mtdna Control Region. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.

Abstract

Ikan lemuru merupakan salah satu sumberdaya ikan pelagis yang menjadi komoditas utama di wilayah Jawa Timur, khususnya Selat Bali. Ikan lemuru juga ditemukan di Perairan Probolinggo dan Prigi. Perikanan lemuru mengalami perkembangan yang pesat sejak tahun 1987, akan tetapi telah mengalami penurunan akibat overfishing dan perubahan lingkungan. Perubahan lingkungan dapat memicu terjadinya migrasi ikan yang berpengaruh terhadap penyebaran larva dan telur ikan sehingga berdampak pada keragaman genetik ikan dalam suatu populasi. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keragaman genetik ikan lemuru di fishing ground Perairan Probolinggo dan Prigi menggunakan teknik DNA sekuensing terhadap DNA mitokondria control region. Analisis keragaman genetik dapat digunakan untuk mengetahui kondisi stok ikan lemuru di perairan yang didasarkan atas kekerabatan spesies antar kedua populasi, sehingga nantinya dapat dijadikan sebagai informasi dalam melakukan pengelolaan sumberdaya ikan. Sampel ikan diambil dari Perairan Probolinggo dan Prigi masing-masing sebanyak 20 ekor pada bulan Maret dan April 2017. Jaringan ikan dipreservasi menggunakan alkohol absolut. Analisis genetik dilakukan menggunakan metode sekuensing terhadap mtDNA ikan pada lokus control region dengan menggunakan primer CRK sebagai primer forward dan CRE sebagai primer reverse. Lokus control region digunakan karena memiliki tingkat mutasi yang tinggi, sehingga akan menghasilkan sekuen yang bervariatif. Analisis keragaman genetik ikan dilakukan menggunakan software DnaSP v.5, sedangkan kekerabatan genetik ikan didasarkan pada analisis filogenetik dan jarak genetik menggunakan software MEGA v.5.2. Rekonstruksi pohon filogenetik menggunakan metode Neighbor-Joining dengan model Kimura 2-Parameter menggunakan 1000 bootstrap. Selain itu, dilakukan perhitungan nilai Nm (gene flow) menggunakan software DnaSP v.5 untuk mengetahui kemungkinan diturunkannya gen dari induk ke generasi berikutnya. Panjang fragmen DNA ikan lemuru yang dihasilkan yaitu 693 bp. Hasil analisis keragaman genetik menunjukkan nilai keragaman haplotipe (hd) dan keragaman nukleotida (π) masing-masing 1 dan 0,17 yang menunjukkan bahwa keragaman genetik pada masing-masing perairan sangat tinggi. Rekonstruksi pohon filogenetik menunjukkan terbentuknya dua clade dengan jarak genetik 0,308 yang menunjukkan bahwa antar populasi perairan Probolinggo dan Prigi memiliki kekerabatan genetik yang jauh. Hasil penelitian menunjukkan bahwa terdapat kemungkinan ikan lemuru yang berasal dari stok yang berbeda yaitu ikan yang endemik di utara dan di selatan Perairan Jawa Timur. Akan tetapi, tidak menutup kemungkinan bahwa terjadi aliran gen diantara kedua populasi yang dibuktikan dengan kekerabatan yang dekat pada sebagian sampel ikan. Selain itu, tidak menutup kemungkinan juga bahwa ikan dengan kekerabatan yang jauh dalam populasi Perairan Prigi disebabkan oleh adanya spesies kriptik. Nilai aliran gen (Nm) yang diperoleh sebesar 0,29 yang menunjukkan bahwa aliran gen yang terjadi antar populasi rendah.

English Abstract

Sardinella lemuru as the main commodity of East Java fisheries has been decreased. This might be caused by for example fish migration due to environmental changes. Migration lead the spread of alleles that affect on genetic diversity and similarity of fish in a population or between populations. This study aims to determine the genetic diversity of lemuru fish caught in fishing ground of Probolinggo and Prigi waters. Sequencing method of fish mtDNA at control region locus by using CRK and CRE primers as forward and reverse primer were applied. The analysis of 40 samples showed that the length of Sardinella lemuru fragments was 693 bp. The genetic diversity of fish in the population and between populations was very high with haplotype diversity (hd) and nucleotide diversity (π) were 1 and 0.17, respectively. The value are indicated that there did not have the same haplotype. The phylogenetic trees showed that 72,5% of sample have high genetic similarity. Highly genetic similarity indicates that the fish do migration, while the low genetic similarity might be causeed by low gene flow (Nm value=0,29). Therefore, it is suggested that 72,5% of fish sampel came from the same stock.

Item Type:	Thesis (Sarjana)
Identification Number:	SKR/FPR/2017/885/051711960
Uncontrolled Keywords:	ikan lemuru, control region, keragaman genetik, migrasi, pendugaan stok
Subjects:	500 Natural sciences and mathematics > 597 Cold-blooded vertebrates > 597.4 Miscellaneous superorders of Actinopterygii > 597.45 Clupeomorpha
Divisions:	Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan > Pemanfaatan Sumberdaya Perikanan dan Kelautan
Depositing User:	Kustati
Date Deposited:	20 Dec 2017 02:15
Last Modified:	07 Nov 2022 01:48
URI:	http://repository.ub.ac.id/id/eprint/7260

Text DEVITA LISTIYANINGSIH.pdf Download (40MB)

Actions (login required)

View Item