Ardiantoro, Ari (2017) Filogeografi Genus Cicak Pohon (Squamata; Gekkonidae; Hemidactylus) Di Jawa Dan Sumatra Berdasarkan Analisis Morfologi Dan Molekuler Gen Natrium Dehydrogenase 4 (Nd4). Magister thesis, Universitas Brawijaya.
Abstract
Filogeografi merupakan kajian ilmu filogenetik dan biogeografi yang mengungkap terjadinya peristiwa spesiasi dan evolusi. Sekitar 10.000 tahun yang lalu pada masa Miosen, wilayah Indonesia terbagi menjadi wilayah sundaland dan lesser sunda, sehingga hal tersebut berpengaruh terhadap genus Hemidactylus. Tujuan dari penelitian ini adalah merumuskan hubungan kekerabatan genus Hemidactylus di Jawa dan Sumatra berdasarkan tingkat variasi genetik gen ND4, menentukan distribusi anggota genus Hemidactylus di Jawa dan Sumatra akibat konstruksi sundaland berdasarkan analisis gen ND4, dan menentukan karakter morfologi genus Hemidactylus di Jawa dan Sumatra. Tahapan dalam penelitian ini meliputi deskripsi lokasi penelitian, pengambilan dan sortir sampel, preservasi dan pengambilan jaringan, isolasi DNA, Polymerase Chain Reaction (PCR), uji kualitatif, sekuensing DNA, rekonstruksi pohon filogenetik menggunakan analisis Maximum-likelihood (ML), Maximum Parsimony (MP) dengan aplikasi PAUP 4.0 dan Analisis Bayesian Inference (BI) menggunakan aplikasi MrBayes, serta analisis morfologi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa karakter morfologi Hemidactylus dari Jawa dan Sumatra memiliki perbedaan dari segi sisik dagu dan bentuk Femoral. Sedangkan rekonstruksi pohon filogenetik ML, MP, dan BI memiliki topologi pohon yang sama, sehingga dapat direkonstruksi menjadi satu pohon filogenetik yang menunjukkan bahwa Hemidactylus merupakan kelompok monofiletik yang terbagi atas 2 clade besar (A dan B) yang memiliki nilai P-distance sebesar 0%-6%. Haplotype network juga menghasilkan perbedaan basa yang signifikan antara Hemidactylus frenatus dari masing-masing wilayah yaitu sebesar 29-40 basa.
English Abstract
Phylogeography is a study focused on the phylogenetic and biogeography which reveals the occurence of speciations and evolutions. Approximately 10,000 years ago in Miocene, Indonesia region disjuncted into Sundaland and Lesser Sunda. It affects the Genus of Hemidactylus. This research’s objections are 1) to construct phylogenetic relationship of Hemidactylus in Java and Sumatera based on genetic variation of ND4 gene, 2) to determine the distribution of Hemidactylus in Java and Sumatera as the effect of Sunda Land formation based on ND4 gene analysis, and 3) to determine morphological characteristics of Hemidactylus in Java and Sumatera. Methods in this research were: 1) research’s site description, 2) specimen sampling and sortment, 3) preservation and tissue collection, 4) DNA isolation, 5) Polymerase Chain Reaction (PCR) amplification, 6) qualitative test, 7) DNA sequencing, 8) construction of phylogenetic tree using Maximum-likelihood (ML) analysis, Maximum Parsimony (MP) and Bayesian Interference (BI) analysis (via MrBayes software), then completed with 9) morphology analysis. The results represent that 1) morphological characteristics of Hemidactylus from Java and Sumatera have special differences particularly on jaw’s scales and Femoral shape, 2) while ML, MP, and BI phylogenetic tree construction represent similar topology so that it can be reconstructed become single phylogenetic tree which reveals that Hemidactylus included to monophyletic group which is comprised of two main clades (A and B) with P-distance values 1-6 %. Lastly 3) haplotype network also represents significant base differences between Hemidactylus frenatus from each region that values 29-40 bases.
| Item Type: | Thesis (Magister) |
|---|---|
| Identification Number: | SKR/FMIPA/2017/326/051709666 |
| Uncontrolled Keywords: | filogeografi, Haplotype, Hemidactylus, morfologi, ND4 |
| Subjects: | 500 Natural sciences and mathematics > 576 Genetics and evolution > 576.5 Genetics > 576.54 Variation |
| Divisions: | Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam > Biologi |
| Depositing User: | Nur Cholis |
| Date Deposited: | 24 Oct 2017 06:56 |
| Last Modified: | 11 Aug 2022 02:40 |
| URI: | http://repository.ub.ac.id/id/eprint/4295 |
Preview |
Text
BAB II.pdf Download (1MB) | Preview |
Preview |
Text
BAB I.pdf Download (757kB) | Preview |
Preview |
Text
DAFTAR PUSTAKA.pdf Download (769kB) | Preview |
Preview |
Text
BAB V.pdf Download (748kB) | Preview |
Preview |
Text
BAGIAN DEPAN.pdf Download (240kB) | Preview |
Preview |
Text
LAMPIRAN.pdf Download (1MB) | Preview |
Preview |
Text
BAB III.pdf Download (819kB) | Preview |
Preview |
Text
BAB IV.pdf Download (1MB) | Preview |
Actions (login required)
 |
View Item |