Pertiwi, Gilang Zaeni (2017) Identifikasi Jenis Kelamin Pada Penguin Humboldt (Spheniscus humboldti) Menggunakan Metode Polymerase Chain Reaction (PCR) Berdasarkan Gen Chromo Helicase DNA binding (CHD). Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.
Abstract
Penguin Humboldt (Spheniscus humboldti) merupakan penguin tropis yang hidup di Amerika Selatan sepanjang pantai Pasifik (ditemukan di Chili dan Peru). Penguin Humboldt bersifat monomorfik yaitu sulit dibedakan secara morfologi untuk jenis kelaminnya. Dibutuhkan teknik molekuler untuk membedakan jenis kelamin penguin Humboldt salah satu diantaranya menggunakan Polymerase Chain Reaction (PCR). Gen Chromo Helicase DNA binding (CHD) terikat pada kromosom seks dan terpaut oleh kromosom seks Z berada dijantan maupun betina sehingga gen ini dapat digunakan untuk menganalisa jenis kelamin. Penelitian ini bertujuan untuk membedakan jenis kelamin pada penguin Humboldt (Spheniscus humboldti) dari sembilan spesies di Taman Safari Indonesia (TSI) II. Penentuan jenis kelamin menggunakan gen CHD dengan desain primer forward yaitu 5’-AGATGGTGAGGATGCTGGAC-’3 dan reverse 5’-GGACAGCTAAAGCAGGTTGC-’3. Sampel DNA diperoleh dari kalamus bulu penguin Humboldt yang diambil pada bagian thorax, lalu diamplifikasi menggunakan metode PCR. Selanjutnya produk PCR dipurifikasi dilanjutkan dengan sequencing menggunakan metode Sanger. Analisa data secara deskriptif kualitatif yaitu membandingkan ukuran DNA. Hasil sequencing diamati dengan membandingkan sekuen yang diperoleh (query) dengan data yang ada di Gen Bank (NCBI) yaitu Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) untuk mengetahui target gen hasil amplifikasi. Hasil penelitian menunjukkan dari sembilan sampel yang dianalisis, diketahui tiga sampel menunjukkan jenis kelamin jantan ditandai dengan muncul satu pita berukuran 241bp yang merupakan gen CHD-Z dan enam sampel menunjukkan jenis kelamin betina ditandai dengan muncul dua pita berukuran 241bp dan 260bp yang merupakan gen CHD-Z dan CHD-W pada hasil elektroforesis produk PCR. Kesimpulan dari penelitian ini adalah teknik PCR menggunakan primer CHD dapat digunakan untuk menentukan jenis kelamin pada penguin Humboldt.
English Abstract
Humboldt Penguin (Spheniscus humboldti) is a tropical penguin lives in Southern America along Pacific shore (found in Chile and Peru). Humboldt Penguin is monomorphic which this sex gender is morphologically difficult to differentiate. It is necessary to apply a molecular technique to differentiate Humboldt Penguin’s sex gender such as Polymerase Chain Reaction (PCR). The Chromo Helicase DNA binding (CHD) is bound to sex chromosomes and linked by The Z sex chromosome in both males and females so this gene can be used to analyze the sex. This research aimed to differentiate sex gender on Humboldt penguin (Spheniscus humboldti) from nine species in Taman Safari Indonesia (TSI) II. The sex gender determination used CHD gene with which design primers were forward 5’-AGATGGTGAGGATGCTGGAC-’3 and reverse 5’-GGACAGCTAAAGCAGGTTGC-’3. The DNA sample was taken from calamus feather on thorax part, then amplified with PCR method. After that, the purified PCR product was followed by sequencing using Sanger method. The data analysis used descriptive qualitative comparing the DNA size. The sequencing result was observed by comparing the achieved sequences (query) with existed data in Gene Bank (NCBI) which Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) to find out the gene target from the result of amplification. From nine samples, it discovered that three samples were males marked by 241bp band which is the CHD-Z gene and six samples were females marked by 241bp and 260bp band which are CHD-Z and CHD-W in the electrophoresis result of PCR product. The conclusion of this research was PCR technique used CHD gene can be used to define the Humboldt penguin’s sex gender.
| Item Type: | Thesis (Sarjana) |
|---|---|
| Identification Number: | SKR/FKH/2017/163/051709508 |
| Uncontrolled Keywords: | Penguin Humboldt, Sexing, Gen CHD |
| Subjects: | 500 Natural sciences and mathematics > 598 Aves (Birds) > 598.4 Miscellaneous orders of water birds |
| Divisions: | Fakultas Kedokteran Hewan > Kedokteran Hewan |
| Depositing User: | Yusuf Dwi N. |
| Date Deposited: | 19 Oct 2017 03:56 |
| Last Modified: | 27 Nov 2020 07:09 |
| URI: | http://repository.ub.ac.id/id/eprint/4024 |
Actions (login required)
 |
View Item |