Puspita, Alida Vidya (2017) Analisa Kekerabatan Orangutan Kalimantan (Pongo pygmaeus) Berdasarkan Sekuen Gen Cytochrome Oxidase I (CO I) DNA Mitokondria Dengan Metode Polymerase Chain Reaction. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.
Abstract
Orangutan Kalimantan merupakan salah satu satwa yang termasuk dalam kategori terancam punah. Telah banyak upaya yang dilakukan untuk menghindari kepunahan Orangutan Kalimantan seperti pusat rehabilitasi Orangutan. Namun, terdapat kendala dalam pelepasliaran Orangutan Kalimantan hasil rescue, berupa kesulitan dalam menentukan daerah asal dari Orangutan hasil rescue karena tidak diketahui hubungan kekerabatan antar Orangutan Kalimantan, serta habitat hutan asalnya. Hal ini sangat penting karena dalam pelepasliaran harus sesuai dengan daerah asal. DNA mitokondria dapat digunakan untuk menentukan kekerabatan orangutan sehingga membantu program konservasi. Gen Cytochrome Oxidase I dapat digunakan untuk mengetahui keragaman genetik. Tujuan dari penelitian ini yaitu untuk mengetahui kekerabatan genetik Orangutan Kalimantan hasil rescue di Pusat Rehabilitasi Centre For Orangutan Protection. Penelitian ini menggunakan 4 sampel darah Orangutan Kalimantan, yaitu O2 dan O3 yang berumur 1 tahun, O6 berumur 5 tahun dan O3 yang berumur 7 tahun. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah menganalisa kekerabatan Orangutan Kalimantan menggunakan Polymerase Chain Reaction dengan cara mengisolasi DNA dari sampel darah lalu dilakukan uji kuantitas dan kualitas DNA, kemudian diamplifikasi menggunakan teknik PCR dengan sepasang primer Forward (COI_F) 5„-CCTCCTTTCTCCTACTGCTC-3‟ dan Reverse (COI_R) 5„-CTAGGACTGGGAGGGAAAGG -3‟dan dilanjutkan dengan sekuensing terhadap produk PCR. Rekonstruksi pohon filogenetik menggunakan software MEGA 6.06 dengan metode Neighboor Joining 1000x replikasi bootsrap dan Pairwise Distances. Hasil penelitian menunjukkan bahwa O3 dan O5 membentuk cladenya masing-masing dengan jarak genetik sebesar 3,9%. O3 memiliki jarak genetik 1,5% terhadap referensi sehingga diduga berasal dari subpopulasi yang sama, sedangkan O5 memiliki jarak genetik 2,5% sehingga diduga berasal dari subpopulasi yang berbeda dengan referensi. Kesimpulan dari penelitian ini adalah O3 dan O5 berasal dari subpopulasi dan daerah yang berbeda sehingga diharapkan tidak direlease dalam kelompok yang sama untuk menjaga keragaman subpopulasi.
English Abstract
The Bornean Orangutan is one of the animals in the endangered category. A lot of efforts have been made to avoid the extinction of the Kalimantan Orangutan like orangutan rehabilitation center. However, there are obstacles in the release of Bornean Orangutan from rescue, in form of difficulties in determining the origin of the Orangutan from rescue because there is no known kinship relationship between the Borneo Orangutan and its subpopulation. It occurs because release must be in accordance with the area of origin. Mitochondrial DNA can be used to determine orangutan kinship to help conservation programs. Mitochondrial DNA analysis can use Cytochrome Oxidase I gene sequences to identify genetic diversity. The purpose of this research is to know the genetic kinship of Bornean Orangutan rescue results in Center Rehabilitation Center For Orangutan Protection. This study used 4 blood samples of Borneo Orangutan, O2 and O3 1 year old, O5 7 years old, and O6 5 years old. The method used in this research is to analyze the kinship of Bornean Orangutan using Polymerase Chain Reaction by isolating DNA from blood samples and then testing the quantity and quality of DNA, then amplified using PCR technique with a pair of Forward (COI_F) 5'-CCTCCTTTCTCCTACTGCTC-3' primers and Reverse (COI_R) 5'-CTAGGACTGGGAGGGAAAGG-3' dan followed by sequencing of PCR product. Reconstruction of phylogenetic tree using MEGA 6.06 software with Neighboor Joining method 1000x replication bootsrap and Pairwise Distances. The results showed that O3 and O5 formed their clade with genetic distance of 3.9%. O3 has a genetic distance of 1.5% with the reference so that it comes from the same subpopulation, while O5 has a genetic distance of 2.5% so that comes from different subpopulations with reference. These are O3 and O5 derived from different subpopulations and regions so it is not expected to be released in the same group to maintain subpopulation diversity.
| Item Type: | Thesis (Sarjana) |
|---|---|
| Identification Number: | SKR/FKH/2017/157/051709502 |
| Uncontrolled Keywords: | Cytochrome oxidase I, DNA mitokondria, Orangutan, PCR |
| Subjects: | 500 Natural sciences and mathematics > 599 Mammalia (Mammals) > 599.8 Primates > 599.88 Hominidae and Hylobatidae > 599.883 Pongo (Orangutan) |
| Divisions: | Fakultas Kedokteran Hewan > Kedokteran Hewan |
| Depositing User: | Yusuf Dwi N. |
| Date Deposited: | 19 Oct 2017 02:07 |
| Last Modified: | 22 Dec 2020 15:21 |
| URI: | http://repository.ub.ac.id/id/eprint/3997 |
Actions (login required)
 |
View Item |