Rizkiani, Nathanya (2017) Analisa Kekerabatan Orangutan Kalimantan (Pongo pygmaeus Linnaeus, 1760) Berdasarkan Sekuen Gen Displacement Loop DNA Mitokondria Dengan Metode Polymerase Chain Reaction. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.
Abstract
Orangutan Kalimantan merupakan salah satu hewan endemik di pulau Kalimantan, Indonesia yang sedang terancam punah. Berbagai upaya dan penelitian dilakukan untuk konservasi hewan endemik ini. Permasalahan dalam pusat rehabilitasi orangutan adalah sulitnya mengetahui hutan asal dari orangutan hasil rescue karena dalam pelepasan ke alam tidak diketahui adanya hubungan kerabat antar orangutan. Kekerabatan genetik ini dapat digunakan untuk mengetahui orangutan hasil rescue tersebut berasal dari tempat yang sama atau tidak. Analisis DNA mitokondria dapat digunakan untuk mengetahui keragaman genetik dengan gen Displacement loop. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kekerabatan genetik Orangutan Kalimantan hasil rescue di Pusat Rehabilitasi Centre For Orangutan Protection. Penelitian ini menggunakan 4 sampel darah Orangutan Kalimantan, O2 dan O3 berumur 1 tahun, O5 berumur 7 tahun, dan O6 berumur 5 tahun. Metode pada penelitian ini adalah studi kasus di Pusat Rehabilitasi Orangutan dengan melakukan analisa kekerabatan menggunakan Polymerase Chain Reaction (PCR) dengan mengisolasi DNA pada sampel darah lalu dilakukan uji kuantitas dan kualitas DNA, kemudian diamplifikasi menggunakan teknik PCR dengan sepasang primer Forward D-loop_F 5‘CGCACAAGAGTGCTACTCTC3’ dan Reverse D-loop_R 5‘GAATATTGGACGTTAGGCGC3’, dan dilanjutkan dengan sekuensing terhadap produk PCR. Rekonstruksi pohon filogenetik menggunakan software MEGA 6.06 dengan metode Neighbor Joining 1000x replikasi bootsrap dan Pairwise Distances menunjukkan sampel O2 dan O3 membentuk clade sendiri, sedangkan O6 membentuk clade diluarnya. O6 memiliki jarak genetik yang dekat dengan referensi sehingga diduga berasal dari populasi yang sama yaitu Kalimantan Timur dengan jarak genetik 0,9%, sedangkan O2 dan O3 diduga berasal dari luar daerah tersebut dengan jarak genetik 2,1%. Kesimpulan dari penelitian ini adalah O2 dan O3 dapat dilepasliarkan dalam 1 grup, namun diharapkan tidak digabung dengan O6 untuk menjaga keragaman spesies.
English Abstract
The Bornean Orangutan is a species endemic of Borneo Island, Indonesia, which is now being endangered. Various studies carried and efforts have been out for the conservation of these endemic animals. Problems in the orangutan rehabilitation center is the difficulty of knowing the origin of orangutans because when it come to release in the wild, the rescuer did not know there is any kinship between orangutans. The genetic relationships can be used to discover the rescue orangutans come from the same place or not. Analysis of mitochondrial DNA can be used to determine the genetic diversity in the displacement loop gene sequences. This study aims to find out the genetic relationships between rescued orangutans in Orangutan Rehabilitation Center of Center for Orangutan Protection. This study uses four blood samples of Bornean Orangutan, O2 and O3 (1 year old), O5 (7 years old), and O6 (5 years old). The method in this research is a case study in the Orangutan Rehabilitation Center by an analysis of kinship using the Polymerase Chain Reaction (PCR) to isolate DNA in blood samples and test the quantity and quality of DNA and then amplified using PCR with the primer pair Forward D-loop_F 5 ' CGCACAAGAGTGCTACTCTC3' and Reverse D-loop_R 5'GAATATTGGACGTTAGGCGC3', followed by sequencing of PCR products. Reconstruction of phylogenetic tree using MEGA 6.06 software with Neighboor Joining 1000x of bootsrap replication method and Pairwise Distance showed O2 and O3 samples forming their own clade. O6 has a genetic distance close to the reference so it is thought to be from the same population of East Kalimantan Orangutan with a genetic distance of 0.9%, while O2 and O3 are thought to originate outside the area with a genetic distance of 2.1%. The conclusions of this study are that O2 and O3 can be released in 1 group, but are not expected to be combined with O6 to maintain species diversity.
| Item Type: | Thesis (Sarjana) |
|---|---|
| Identification Number: | SKR/FKH/2017/129/051709450 |
| Uncontrolled Keywords: | Displacement loop, DNA mitokondria, Orangutan, PCR |
| Subjects: | 500 Natural sciences and mathematics > 599 Mammalia (Mammals) > 599.8 Primates > 599.88 Hominidae and Hylobatidae > 599.883 Pongo (Orangutan) |
| Divisions: | Fakultas Kedokteran Hewan > Kedokteran Hewan |
| Depositing User: | Yusuf Dwi N. |
| Date Deposited: | 17 Oct 2017 06:57 |
| Last Modified: | 28 Sep 2020 06:35 |
| URI: | http://repository.ub.ac.id/id/eprint/3834 |
Actions (login required)
 |
View Item |