Identifikasi Polimorfisme Gen Growth Differentiation Factor-9 (GDF-9) pada Kambing Senduro menggunakan Teknik PCR-RFLP

Annabilah, Mufidatul Fathiyah and Prof. Dr. Agr. Sc. Ir. Suyadi, MS., IPU ASEAN Eng. (2023) Identifikasi Polimorfisme Gen Growth Differentiation Factor-9 (GDF-9) pada Kambing Senduro menggunakan Teknik PCR-RFLP. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.

Abstract

Identifikasi polimorfisme gen Growth differentiation factor-9 (GDF-9) pada kambing Senduro bertujuan untuk mengetahui adanya keragaman genetik pada kambing Senduro. Penelitian ini menggunakan teknik PCR-RFLP (polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism) untuk mengidentifikasi keragaman genetik pada kambing Senduro. Gen GDF-9 adalah salah satu gen yang berkaitan dengan kemampuan reproduksi ternak, yang terlibat dalam proses folikulogenesis. Deoxyribonucleic acid (DNA) diisolasi dari sampel darah 99 ekor kambing Senduro betina yang diperoleh dari dua lokasi yaitu di Unit Plaksana Teknis Pembibitan Ternak (UPT-PT) Singosari dan di Peternakan Lumajang. Sampel darah diambil pada vena jugularis dengan menggunakan venoject dan ditampung pada tabung vacuum tube yang berisi larutan EDTA, berfungsi sebagai larutan yang mencegah terjadinya koagulasi pada sampel darah sesaat setelah sampel diambil. Sampel darah kemudian diisolasi untuk mendapatkan DNA, dan dilakukan penyusunan primer forward 5’-CAA ATA CAA CCC TCG ATA C-3' dan primer reverse 5'-CCT TAC ATT GAT AGA TGC C-3' untuk dilakukan PCR. Hasil PCR yang didapatkan kemudian di RFLP menggunakan enzim restriksi MspI yang mampu mengenal dan memotong basa DNA pada proses RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism), tahap RFLP dilakukan dengan suhu 37o C dengan waktu 16 jam. Hasil penelitian menunjukkan gen GDF-9 bersifat polimorfik, ditemukan SNP pada posisi g.2914 A>G. Keseimbangan Hardy-Weinberg pada populasi Kambing Senduro yang berada di UPT-PT Singosari tidak berada pada kondisi yang seimbang, hal ini dapat disebabkan oleh adanya seleksi secara intensif. Adapun, keseimbangan Hardy-Weinberg pada populasi kambing Senduro di Peternakan Lumajang berada pada keadaan yang seimbang, ditemukan tiga genotipe gen GDF- 9-MspI (AA,AG,GG) dan dua alel (A dan G). Frekuensi genotipe AA, AG, GG pada populasi kambing Senduro di UPT-PT Singosari masing-masing 0,1625; 0,1625; dan 0,67, adapun frekuensi genotipe populasi kambing senduro di peternakan Lumajang masing-masing 0,42; 0,47; dan 0,10. Frekuensi alel A di UPT-PT Singosari adalah 0,243 dan di peternakan Lumajang adalah 0,66, sedangkan frekuensi alel G di UPT-PT Singosari dengan nilai 0,756 dan di peternakan Lumajang dengan nilai 0,34. Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan penambahan jumlah sampel dan dilakukan pendataan sifat-sifat fenotipe yang berhubungan dengan gen GDF-9 agar dapat dilakukan asosiasi, sehingga dapat dijadikan sebagai marka genetik untuk seleksi dengan metode MAS.

English Abstract

Identification of growth differentiation factor-9 (GDF-9) gene polymorphism in Senduro goats aimed to determine the existence of genetic diversity in Senduro goats using PCR-RFLP (polymerase chain reaction- restriction fragment length polymorphism) technique. GDF-9 gene is one of the genes related to reproductive ability. Deoxyribonucleic acid (DNA) was isolated from 99 ewe Senduro goats obtained from two locations, namely UPT-PT Singosari and Lumajang farms. Blood samples were taken from the jugular vein using a venoject and collected in a vacuum tube containing EDTA solution, which serves as a solution that prevents coagulation in blood samples shortly after being taken. Blood samples were then isolated to obtained DNA, and the forward primer 5'-CAA ATA CAA CCC TCG ATA C-3' and reverse primer 5'-CCT TAC ATT GAT AGA TGC C-3' were prepared for PCR. The Polymerase Chain Reaction (PCR) results obtained were then RFLP using the restriction enzyme MspI which was able to recognize and cut DNA bases in the RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) process, the RFLP stage was carried out at 37ºC with a time of 16 hours. The results showed that the GDF-9 gene was polymorphic, found SNP at position g.2914 A>G. Hardy-Weinberg equilibrium in the Senduro goat population at UPT-PT Singosari was not in a balanced condition, while HardyWeinberg equilibrium in the Senduro Goat population at Lumajang Farm was in a balanced state. Three GDF-9-MspI gene genotypes (AA, AG, GG) and two alleles (A and G) were found. The genotype frequencies of AA, AG, GG in the Senduro Goat population at UPT-PT Singosari were 0.1625, 0.1625, and 0.67, respectively, while the genotype frequencies of the Senduro Goat population at Lumajang farm were 0.42, 0.47, and 0.10, respectively. The frequency of allele A at UPT-PT Singosari was 0.243 and at Lumajang farm was 0.66, while the frequency of allele G at UPT-PT Singosari was 0.756 and at Lumajang farm was 0.34.

Item Type:	Thesis (Sarjana)
Identification Number:	052305
Uncontrolled Keywords:	Polymorphism, Growth Differentiation Factor-9 gene, PCR-RFLP and Senduro Goat.
Divisions:	Fakultas Peternakan > Peternakan
Depositing User:	S Sucipto
Date Deposited:	13 Dec 2024 01:37
Last Modified:	13 Dec 2024 01:37
URI:	http://repository.ub.ac.id/id/eprint/233801

Text (DALAM MASA EMBARGO) Mufidatul Fathiyah A.pdf Restricted to Registered users only Download (2MB)

Actions (login required)

View Item