Ekstraksi dan Purifikasi Menggunakan Spin column Mendeteksi NADH Dehydrogenase Subunit 4 (ND4) Daging Babi Ternak (Sus Scrofa) Menggunakan Teknik PCR Konvensional dan qPCR

Nurrohmah, Ellyana Yasmin and Dr. Ir. Joni Kusnadi, M.Si. (2024) Ekstraksi dan Purifikasi Menggunakan Spin column Mendeteksi NADH Dehydrogenase Subunit 4 (ND4) Daging Babi Ternak (Sus Scrofa) Menggunakan Teknik PCR Konvensional dan qPCR. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.

Abstract

Dalam hukum Islam, terdapat bahan pangan yang tidak diperbolehkan untuk dikonsumsi. Bahan pangan ini biasa disebut sebagai bahan pangan haram (non-halal). Salah satu bahan pangan yang non-halal ialah daging babi. Daging babi sendiri terbagi menjadi dua jenis, dan salah satunya adalah babi ternak. Untuk mengetahui produk yang tercemar bahan pangan babi, maka diperlukan teknik untuk mendeteksi DNA yang ada di dalam suatu produk pangan, yang disebut sebagai teknik PCR. Badan Standarisasi Nasional juga sudah memiliki peraturan tentang penggunaan qPCR, salah satu bagian dari teknik PCR, untuk mendeteksi bahan pangan non-halal dan turunannya (SNI ISO/TS 20224-3:2020). Sebelum dilakukannya uji dengan teknik PCR, perlu dilakukan pemurnian DNA terlebih dahulu agar tidak ada inhibitor yang mengganggu prosesnya. Telah dikembangkan metode ekstraksi DNA yaitu ekstraksi buffer lisis, namun kekurangan dari metode ini adalah masih adanya bahan yang berpotensi sebagai inhibitor. Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan metode purifikasi DNA menggunakan spin column untuk mendeteksi daging babi ternak dari metode ekstraksi DNA yang sudah dikembangkan oleh peneliti sebelumnya Dari hasil yang didapatkan, diketahui bahwa sampel ekstraksi dan purifikasi memiliki kemurnian yang baik. Hal ini ditunjukkan dengan nilai kemurnian pada hasil nanodrop spektrofotometer yang berada pada rentang 1.8-2.0, namun, terjadi penurunan konsentrasi pada metode purifikasi menggunakan spin column. Rata-rata dan standar deviasi yang didapatkan pada ekstraksi buffer lisis adalah 351,9±116,6, sedangkan pada buffer lisis menggunakan membran fiberglass dan silika secara berturut-turut adalah 8,70±0,94 dan 7,98±0,87. Hasil PCR konvensional menunjukkan pita yang tidak semir pada kedua perlakuan. Hasil qPCR sendiri menunjukkan bahwa terjadi penurunan nilai Ct yang mengartikan bahwa sampel DNA hasil purifikasi teramplifikasi lebih baik. Analisis menggunakan one-way ANOVA menunjukkan perbedaan nyata dan dilanjutkan dengan uji Tukey. Dari uji Tukey yang telah dilakukan, ditemukan bahwa terdapat perbedaan nyata yang signifikan dalam proses purifikasi spin column dengan membran silika dan fiberglass yang dilanjutkan dari proses ekstraksi buffer lisis

English Abstract

In Islamic law, there are food ingredients that are not allowed to be consumed. These foods are commonly referred to as haram (non-halal) foods. One of the non-halal food ingredients is pork. Pork itself is divided into two types, and one of them is porcine. To find out which products are contaminated with porcine, a technique is needed to detect DNA in a food product. The technique is called PCR. The National Standardization Agency also has regulations on the use of qPCR to detect non-halal food ingredients and their derivatives (SNI ISO/TS 20224-3: 2020). A DNA extraction method has been developed, namely lysis buffer extraction, but the drawback of this method is that there are still materials that have the potential to act as inhibitors, such as EDTA. This study aims to develop a DNA purification method using a spin column to detect farmed pork from DNA extraction methods that have been developed by previous researchers, with the hypothesis that the DNA purification method using a spin column can optimize the results of lysis buffer extraction when conventional PCR and qPCR techniques are used. From the results obtained, it is known that the extraction and purification samples have good purity. This is indicated by the purity value in the nanodrop spectrophotometer results which are in the range of 1.8-2, however, there is a decrease in concentration in the purification method using a spin column. The average and standard deviation obtained in the lysis buffer extraction was 351.9 ± 116.6, while in the lysis buffer using fiberglass and silica membranes were 8.70 ± 0.94 and 7.98 ± 0.87, respectively. Conventional PCR results showed a band that was not polished in both treatments. The qPCR results themselves show that there is a decrease in the Ct value which means that the purified DNA samples are better amplified compared to samples that are only passed through the lysis buffer extraction process. Analysis using one-way ANOVA resulted in data that had significant differences and then were continued with the Tukey test. From the Tukey test that has been carried out, it is found that there is a significant difference in the spin column purification process with silica and fiberglass membranes that were continued from the buffer lysis extraction

Item Type:	Thesis (Sarjana)
Identification Number:	052410
Divisions:	Fakultas Teknologi Pertanian > Keteknikan Pertanian
Depositing User:	soegeng sugeng
Date Deposited:	10 Dec 2024 08:13
Last Modified:	10 Dec 2024 08:13
URI:	http://repository.ub.ac.id/id/eprint/230781

Text (DALAM MASA EMBARGO) Ellyana Yasmin Nurrohmah.pdf Restricted to Registered users only Download (1MB)

Actions (login required)

View Item