Pengembangan Primer Spesifik Spesies Babi (Sus Scrofa) Untuk Identifikasi Kontaminasi Daging Babi Pada Produk Pangan Olahan Daging Dengan Metode qPCR Berbasis Probe

Pramudya, Angga Wahyu and Dr. Ir. Joni Kusnadi, M.Si (2024) Pengembangan Primer Spesifik Spesies Babi (Sus Scrofa) Untuk Identifikasi Kontaminasi Daging Babi Pada Produk Pangan Olahan Daging Dengan Metode qPCR Berbasis Probe. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.

Abstract

Jaminan produk halal menjadi perihal yang sangat penting bagi negara Indonesia yang mayoritas penduduknya memeluk agama islam. Isu mengenai pemalsuan produk makanan dari olahan daging sapi seperti bakso, kornet, sosis, dan dendeng masih kerap kali ditemui. Proses deteksi kandungan daging babi pada produk makanan dari olahan daging sapi sangat diperlukan untuk mengantisipasi adanya pemalsuan. Pada penelitian ini dilakukan pengembangan primer spesifik dari gen ATPase6 dalam mendeteksi dan mengamplifikasi DNA babi (Sus scrofa) pada produk olahan makanan seperti bakso. Primer yang dikembangkan dilakukan serangkaian uji sehingga diketahui spesifitas dan sensitivitasnya. Proses deteksi dilakukan dengan metode Real-Time PCR dengan gen target ATPase6 dan Probe dengan tujuan untuk mengetahui kemampuan dari primer yang telah didesain dari gen ATPase6 untuk mendeteksi produk olahan daging dari daging babi. Pembuatan primer dan probe dilakukan dengan menggunakan beberapa aplikasi seperti IDTDNA Olygoanalyzer, BeaconPrimer, Primer3Plus, dan PrimerBlast. Primer yang dihasilkan memiliki total panjang untuk forward primer sepanjang 22 bp, reverse primer sepanjang 19 bp, dan probe sepanjang 26 bp. Primer memiliki GC Content untuk forward sebesar 47,6%; reverse sebesar 47,4%; dan probe sebesar 46,2%. Primer yang telah didesain memiliki Tm (Melting Temperature) untuk forward sebesar 56,3%; reverse sebesar 55,6%; dan probe sebesar 64,8%. Metode pengumpulan data dilakukan dengan metode analisa kuantitatif yang didapatkan dari beberapa uji seperti uji spesifisitas, uji sensitivitas, uji adulterasi, dan uji sampling. Sampel yang digunakan pada penelitian ini berupa daging segar (sapi, kambing, ayam, tikus, babi, dan tikus), bakso bermerek (berlogo halal), dan bakso tanpa merek (tanpa logo halal). Hasil optimasi primer didapatkan suhu annealing optimal yaitu 61oC, namun diubah menjadi 65oC untuk meningkatkan kemampuan spesifisifitas primer. Hasil uji spesifisitas menunjukkan hasil sampel daging babi dengan mean Ct sebesar 19,12 dan No Ct pada sampel non target. Hasil uji sensitivitas menunjukkan primer mampu mendeteksi kandungan babi (Sus scrofa) hingga pengenceran 10-3. Hasil uji adulterasi menunjukkan semua sampel bakso babi mulai dari bakso babi 100% - 0,01% dapat terdeteksi dan bakso sapi 100% beserta NTC menunjukkan hasil No Ct. Hasil uji sampling pada positive control berupa bakso babi 100% menunjukkan Ct sebesar 18,61 dan semua sampel bakso bermerek dan tidak bermerek menunjukkan hasil No Ct

English Abstract

Halal product assurance is a very important matter for Indonesia, where most of the population adheres to Islam. The issue of adulteration of processed beef food products such as meatballs, corned beef, sausages, and jerky is still often encountered. The process of detecting pork content in processed beef food products is needed to anticipate counterfeiting. In this study, specific primers from the ATPase6 gene were developed to detect and amplify pig (Sus scrofa) DNA in processed food products such as meatballs. The primers developed were subjected to a series of tests to determine their specificity and sensitivity. The detection process is carried out by Real-Time PCR method with the target gene ATPase6 and Probe with the aim of knowing the ability of the primer that has been designed from the ATPase6 gene to detect processed meat products from pork. Preparation of primers and probes was carried out using several applications such as IDTDNA Olygoanalyzer, BeaconPrimer, Primer3Plus, and PrimerBlast. The resulting primers have a total length for primer forward of 22 base pairs, primer reverse of 19 base pairs, and probe of 26 base pairs. Primers have a GC Content for forward of 47.6%; reverse of 47.4%; and probe of 46.2%. The designed primer has a Tm (Melting Temperature) for forward of 56.3%; reverse of 55.6%; and probe of 64.8%. The data collection method is carried out by quantitative analysis method obtained from several tests such as specificity test, sensitivity test, adulteration test, and sampling test. The samples used in this study were fresh meat (cow, goat, chicken, rat, pig, and mouse), branded meatballs (with halal logo), and unbranded meatballs (without halal logo). The results of primer optimization obtained the optimal annealing temperature of 61oC but was changed to 65oC to increase the ability of primer specificity. Specificity test results show the results of pork samples with a mean Ct of 19.12 and No Ct on non-target samples. The sensitivity test results showed that the primers were able to detect the content of pigs (Sus scrofa) up to a dilution of 10-3. The results of the adulteration test showed that all pork meatball samples ranging from 100% pork meatballs - 0.01% could be detected and 100% beef meatballs and NTC showed No Ct results. The sampling test results on the positive control in the form of 100% pork meatballs showed a Ct of 18.61 and all branded and unbranded meatball samples showed No Ct results.

Item Type:	Thesis (Sarjana)
Identification Number:	0524100228
Uncontrolled Keywords:	ATPase6; Deteksi Babi; Halal; Probe; Real Time PCR- ATPase6; Halal; Porcine Detection; Probe; Real-Time PCR
Divisions:	Fakultas Teknologi Pertanian > Keteknikan Pertanian
Depositing User:	soegeng Moelyono
Date Deposited:	07 Nov 2024 04:13
Last Modified:	07 Nov 2024 04:13
URI:	http://repository.ub.ac.id/id/eprint/228335

Text (DALAM MASA EMBARGO) Angga Wahyu Pramudya.pdf Restricted to Registered users only Download (2MB)

Actions (login required)

View Item