Handrianto, Muhammad Tegar and Prof. Dr. Ir. Maftuch, M.Si and Muhammad Dailami, S.Si., M.Si (2024) Studi in Silico Potensi Senyawa Aktif Selada Air (Nasturtium officinale) Terhadap Scavenger Receptor Class B Terkait Protein Imun Pada Udang Vaname (Penaeus vannamei). Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.
Abstract
Infeksi penyakit merupakan salah satu ancaman yang terdapat di dalam budidaya udang vaname (P. Vannamei). Upaya pencegahan yang dapat dilakukan yaitu dengan meningkatkan sistem kekebalan udang tersebut. Scavenger receptor class B merupakan salah satu reseptor imun yang berperan penting dalam sistem kekebalan udang. Selada air merupakan tanaman yang memiliki senyawa aktif yang berpotensi dalam meningkatkan imun udang vaname. Salah satu cara untuk mengetahui potensi suatu tanaman untuk dijadikan sebagai kandidat obat yaitu melalui studi in silico. Tujuan dari penelitian ini yaitu untuk mengetahui dan menganalisis potensi senyawa aktif selada air (N. officinale) terhadap scavenger receptor class B sebagai protein imun udang vaname (P. vannamei) melalui pendekatan in silico. Penelitian ini dilakukan di Laboratorium Budidaya Ikan Divisi Penyakit dan Kesehatan Ikan pada Bulan Februari-Maret 2024 dengan menggunakan metode in silico dan observasi secara langsung. Metode secara in silico terdiri dari beberapa tahap yaitu pemodelan struktur 3D protein untuk mendapatkan model protein scavenger receptor class B kemudian dilanjutkan dengan molecular docking untuk mengetahui interaksi antara ligan dengan reseptor scavenger receptor class B. Reseptor dan ligan yang telah di docking kemudian dilakukan simulasi dinamika molekuler untuk mengetahui stabilitas protein tersebut. Pada penelitian ini juga dilakukan uji Lipinski Rule of Five untuk mengetahui kemiripan senyawa aktif terhadap obat dan efek toksiknya terhadap organisme akuatik melalui uji toksisitas secara in silico. Setelah didapatkan data melalui analisis secara in silico selanjutnya penelitian dilakukan dengan observasi secara langsung melalui uji toksisitas ekstrak selada air secara in vivo menggunakan metode Brine Shrimp Lethality Test (BSLT) pada konsentrasi 10-10.000 ppm.. Hasil molecular docking menunjukkan nilai binding affinity yang cukup tinggi didapatkan pada ligan rutin, quercetin, rhamnetin, kaempferol, dan andrographolide. Uji Lipinski Rule of Five menunjukkan ligan quercetin, rhamnetin, dan kaempferol tidak ditemukan pelanggaran pada aturan syarat Lipinski sehingga ligan tersebut memiliki kemiripan dengan obat. Hasil simulasi dinamika molekuler menunjukkan tidak adanya fluktuasi pada sisi aktif tempat ligan berikatan pada reseptor sehingga dapat dikatakan protein dalam keaadan stabil. Hasil uji secara in silico menunjukkan ligan quercetin, rhamnetin, dan kaempferol tidak memiliki sifat toksik terhadap organisme akuatik. Uji toksisitas ekstrak selada air (N. officinale) menghasilkan nilai LC50 sebesar 404,346 ppm
English Abstract
Infeksi penyakit merupakan salah satu ancaman yang terdapat di dalam budidaya udang vaname (P. Vannamei). Upaya pencegahan yang dapat dilakukan yaitu dengan meningkatkan sistem kekebalan udang tersebut. Scavenger receptor class B merupakan salah satu reseptor imun yang berperan penting dalam sistem kekebalan udang. Selada air merupakan tanaman yang memiliki senyawa aktif yang berpotensi dalam meningkatkan imun udang vaname. Salah satu cara untuk mengetahui potensi suatu tanaman untuk dijadikan sebagai kandidat obat yaitu melalui studi in silico. Tujuan dari penelitian ini yaitu untuk mengetahui dan menganalisis potensi senyawa aktif selada air (N. officinale) terhadap scavenger receptor class B sebagai protein imun udang vaname (P. vannamei) melalui pendekatan in silico. Penelitian ini dilakukan di Laboratorium Budidaya Ikan Divisi Penyakit dan Kesehatan Ikan pada Bulan Februari-Maret 2024 dengan menggunakan metode in silico dan observasi secara langsung. Metode secara in silico terdiri dari beberapa tahap yaitu pemodelan struktur 3D protein untuk mendapatkan model protein scavenger receptor class B kemudian dilanjutkan dengan molecular docking untuk mengetahui interaksi antara ligan dengan reseptor scavenger receptor class B. Reseptor dan ligan yang telah di docking kemudian dilakukan simulasi dinamika molekuler untuk mengetahui stabilitas protein tersebut. Pada penelitian ini juga dilakukan uji Lipinski Rule of Five untuk mengetahui kemiripan senyawa aktif terhadap obat dan efek toksiknya terhadap organisme akuatik melalui uji toksisitas secara in silico. Setelah didapatkan data melalui analisis secara in silico selanjutnya penelitian dilakukan dengan observasi secara langsung melalui uji toksisitas ekstrak selada air secara in vivo menggunakan metode Brine Shrimp Lethality Test (BSLT) pada konsentrasi 10-10.000 ppm.. Hasil molecular docking menunjukkan nilai binding affinity yang cukup tinggi didapatkan pada ligan rutin, quercetin, rhamnetin, kaempferol, dan andrographolide. Uji Lipinski Rule of Five menunjukkan ligan quercetin, rhamnetin, dan kaempferol tidak ditemukan pelanggaran pada aturan syarat Lipinski sehingga ligan tersebut memiliki kemiripan dengan obat. Hasil simulasi dinamika molekuler menunjukkan tidak adanya fluktuasi pada sisi aktif tempat ligan berikatan pada reseptor sehingga dapat dikatakan protein dalam keaadan stabil. Hasil uji secara in silico menunjukkan ligan quercetin, rhamnetin, dan kaempferol tidak memiliki sifat toksik terhadap organisme akuatik. Uji toksisitas ekstrak selada air (N. officinale) menghasilkan nilai LC50 sebesar 404,346 ppm
Other obstract
Disease infection is one of the threats in vaname shrimp farming. Prevention efforts that can be done is to improve the immune system of the shrimp. Scavenger receptor class B is one of the immune receptors that play an important role in the immune system of shrimp. Watercress is a plant that has active compounds that have the potential to increase the immunity of vaname shrimp. One way to determine the potential of a plant to be used as a drug candidate is through in silico studies. The purpose of this study is to determine and analyze the potential of active compounds of watercress (N. officinale) against scavenger receptor class B as an immune protein of vaname shrimp (P. vannamei) through an in silico approach. This research was conducted at the Fish Cultivation Laboratory of the Division of Fish Disease and Health in February-March 2024 using in silico methods and direct observation. The in silico method consists of several stages, namely modeling the 3D structure of the protein to obtain the scavenger receptor class B protein model, followed by molecular docking to determine the interaction between the ligand and the scavenger receptor class B receptor. Receptors and ligands that have been docked are then carried out molecular dynamics simulations to determine the stability of the protein. In this study, Lipinski Rule of Five test was also conducted to determine the similarity of active compounds to drugs and their toxic effects on aquatic organisms through in silico toxicity tests. After obtaining data through in silico analysis, further research was carried out by direct observation through toxicity tests of watercress extract in vivo using the Brine Shrimp Lethality Test (BSLT) method at concentrations of 10-10,000 ppm. The molecular docking results showed high binding affinity values obtained for rutin, quercetin, rhamnetin, kaempferol, and andrographolide ligands. The Lipinski Rule of Five test showed that quercetin, rhamnetin, and kaempferol ligands did not violate the Lipinski rule of conditions so that the ligands were similar to the drug. The results of molecular dynamics simulations show no fluctuations on the active side where the ligand binds to the receptor so that it can be said that the protein is stable. In silico test results show that quercetin, rhamnetin, and kaempferol ligands do not have toxic properties to aquatic organisms. The toxicity test of watercress extract (N. officinale) produced an LC50 value of 404.346 ppm
| Item Type: | Thesis (Sarjana) |
|---|---|
| Identification Number: | 052408 |
| Uncontrolled Keywords: | Selada air (N. officinale), udang vaname (P. vannnamei), scavenger receptor class B, in silico- Watercress (N. officinale), vaname shrimp (P. vannnamei), scavenger receptor class B, in silico Watercress (N. officinale), vaname shrimp (P. vannnamei), scavenger receptor class B, in silico Watercress (N. officinale), vaname shrimp (P. vannnamei), scavenger receptor class B, in silico |
| Divisions: | Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan > Budidaya Perairan |
| Depositing User: | soegeng sugeng |
| Date Deposited: | 11 Oct 2024 02:54 |
| Last Modified: | 11 Oct 2024 02:54 |
| URI: | http://repository.ub.ac.id/id/eprint/226832 |
![[thumbnail of DALAM MASA EMBARGO]](http://repository.ub.ac.id/style/images/fileicons/text.png) |
Text (DALAM MASA EMBARGO)
Muhammad Tegar Handrianto.pdf Restricted to Registered users only Download (6MB) |
Actions (login required)
 |
View Item |