Perbandingan Metode Ekstraksi DNA Berbasis ManikManik Magnetik dan Spin Column untuk Deteksi Spesies Anjing (Canis lupus familiaris) Menggunakan qPCR

Balqis, Aulia Ababil and Wenny Bekti Sunarharum, S.TP., M.Food.St., PhD and Dr. Ir. Joni Kusnadi, M.Si (2024) Perbandingan Metode Ekstraksi DNA Berbasis ManikManik Magnetik dan Spin Column untuk Deteksi Spesies Anjing (Canis lupus familiaris) Menggunakan qPCR. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.

Abstract

Pada tahun 2024, mencapai 236 juta jiwa (84,35%) penduduk Indonesia beragama Islam. Di dalam Islam terdapat aturan mengenai makanan yakni halal (sesuatu yang baik; diperbolehkan untuk dimakan) dan haram (sesuatu yang dilarang; tidak diperbolehkan oleh agama). Salah satu hal yang dianggap haram untuk dikonsumsi adalah anjing. Bertolak dengan itu, angka konsumsi anjing di Indonesia mencapai 1.000.000 ekor setiap tahun. Daging anjing digemari karena sebagian orang percaya khasiatnya sebagai jamu. Namun, beberapa oknum pedagang tidak bertanggung jawab menjadikannya sebagai campuran (adulterasi) karena harganya yang relatif lebih murah dibandingkan daging sapi dan kambing. Berdasarkan permasalahan tersebut, diperlukan metode yang tepat untuk mendeteksi spesies anjing, salah satunya PCR. Sebelum pengujian PCR, diperlukan ekstraksi DNA yang dapat dilakukan secara kimiawi dan fisik. Metode ekstraksi DNA secara kimiawi seperti fenol kloroform memiliki kelemahan dalam segi waktu, sedangkan penyanggah lisis menghasilkan kemurnian <1,8. Oleh karena itu, dilakukan penelitian ekstraksi DNA anjing menggunakan metode spin column dan manik-manik magnetik, kemudian divalidasi dengan qPCR. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui metode terbaik antara manik-manik magnetik dan spin column dalam mengekstraksi DNA anjing dari konsentrasi, kemurnian, serta nilai Ct-nya. Penelitian ini dilaksanakan selama enam bulan di Laboratorium Sentral Ilmu Hayati (LSIH) Universitas Brawijaya, Malang. Objek utama penelitian berupa daging segar spesies anjing yang diekstraksi menggunakan metode manik-manik magnetik dan spin column. Data yang didapatkan dianalisis menggunakan metode kualitatif deskriptif (berupa grafik Ct dan Tm hasil amplifikasi qPCR) dan kuantitatif deskriptif (berupa kemurnian dan konsentrasi dari hasil pengujian nanodrop, nilai Ct serta Tm dari hasil amplifikasi qPCR). Hasil ekstraksi pada penelitian ini tidak memenuhi syarat minimum konsentrasi DNA yang baik (100 ng/µl) dengan rentang kemurnian 1,8 – 2,0. Metode ekstraksi manik-manik magnetik menghasilkan konsentrasi 3,13 ± 0,586 ng/µl dan kemurnian 1,84 ± 0,365 dengan nilai Ct 14,69 ± 0,547. Pada hasil ekstraksi spin column berkonsentrasi 17,1 ± 1,474 ng/µl dan kemurnian 1,84 ± 0,059 serta nilai Ct 9,74 ± 1,247. Dengan demikian, metode ekstraksi spin column lebih baik daripada manikmanik magnetik dalam mengekstraksi DNA spesies anjing. Namun, diperlukan optimasi lebih lanjut terkait komposisi larutan ekstraksi hingga yield mencapai konsentrasi 100 ng/µl. Selain itu, diperlukan percobaan manik-manik magnetik merk lain.

English Abstract

In 2024, 236 million people (84.35%) of Indonesia's population is Muslim. Islam have rules regarding food, namely halal (something that is good; permitted to be eaten) and haram (something that is prohibited; not permitted by religion). One of the things that is considered haram to consume is dogs. Contrary to that, the number of dog consumption in Indonesia reaches 1,000,000 dogs every year. Dog meat is popular because some people believe it has medicinal efficacy. However, some irresponsible traders make it a mixture (adultrated) because the price is relatively cheaper than beef and goat. Based on these problems, an appropriate method is needed to detect dog species, one of which is PCR. Before PCR testing, DNA extraction is required which can be done chemically and physically. Chemical DNA extraction methods such as phenol chloroform have disadvantages in terms of time, while lysis buffer produces a purity of <1,8. Therefore, research was carried out on the method of extracting dog DNA using spin column and magnetic beads, then validated using qPCR. This research aims to determine the best method between magnetic beads and spin columns in extracting dog DNA from its concentration, purity and Ct value. This research was carried out for six months at the Central Laboratory of Life Sciences (LSIH) Brawijaya University, Malang. The main object of research is fresh meat of dog species which is extracted using the magnetic bead and spin column method. The data obtained were analyzed using descriptive qualitative methods (in the form of Ct and Tm graphs from qPCR amplification) and descriptive quantitative (in the form of purity and concentration from nanodrop testing results, Ct and Tm values from qPCR amplification results). The extraction results in this research did not reach the minimum requirements for good DNA concentration (100 ng/µl) with a purity range of 1,8 – 2,0. The magnetic bead extraction method produced a concentration of 3,13 ± 0,586 ng/µl and a purity of 1,84 ± 0,365 with a Ct value of 14,69 ± 0,547. The spin column extraction results had a concentration of 17,1 ± 1,474 ng/µl and a purity of 1,84 ± 0,059 and a Ct value of 9,74 ± 1,247. Therefore, the spin column extraction method is better than magnetic beads in extracting the DNA of dog species. However, further optimization is needed regarding the composition of the extraction solution until the yield reaches a concentration of 100 ng/µl. In addition, it is necessary to experiment with other brands of magnetic beads

Item Type:	Thesis (Sarjana)
Identification Number:	0524100195
Uncontrolled Keywords:	Ekstraksi DNA Anjing, Manik-Manik Magnetik, Spin Column, qPCR-DNA Dog Extraction, Magnetic Beads, Spin Column, qPCR
Divisions:	Fakultas Teknologi Pertanian > Keteknikan Pertanian
Depositing User:	soegeng sugeng
Date Deposited:	05 Sep 2024 08:12
Last Modified:	05 Sep 2024 08:12
URI:	http://repository.ub.ac.id/id/eprint/225328

Text (DALAM MASA EMBARGO) Aulia Ababil Balqis.pdf Restricted to Registered users only Download (3MB)

Actions (login required)

View Item