Pengaruh Perbedaan Metode Ekstraksi Terhadap Kualitas dan Kuantitas Ekstrak DNA pada Tuna Sirip Kuning, Cakalang, dan Tongko

Ula, Rizka Salsabila and Feni Iranawati,, S.Pi., M.Si., Ph.D and Ade Yamindago,, S.Kel., MP., M.Sc., Ph.D (2024) Pengaruh Perbedaan Metode Ekstraksi Terhadap Kualitas dan Kuantitas Ekstrak DNA pada Tuna Sirip Kuning, Cakalang, dan Tongko. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.

Abstract

Indonesia menjadikan kelompok ikan tuna, cakalang, dan tongkol (TCT) sebagai komoditas utama sektor perikanan tangkap dengan menyumbang 20,06% jumlah produksi pada dunia. Salah satu pusat pendaratan utama ikan TCT adalah Pelabuhan Perikanan Pantai (PPP) Pondokdadap di Sendang Biru, Malang, Jawa Timur. Kegiatan penangkapan ikan yang tinggi berdampak pada ketersediaan stok ikan dan keragaman genetik serta populasi ikan. Oleh karena itu, diperlukan monitoring program konservasi, seperti kajian keragaman genetik, untuk mengantisipasi penurunan populasi dan variasi genetik tangkapan ikan. Identifikasi variasi genetik melalui pendekatan molekuler DNA menjadi penting untuk mencegah kesalahan identifikasi (mislabeling) produk perikanan. Keberhasilan identifikasi berbasis DNA bergantung pada kuantitas dan kualitas DNA yang diekstraksi. Penelitian ini bertujuan untuk membandingkan kualitas DNA ikan TCT berdasarkan metode, jenis ikan, dan jenis spektrofotometer. Ekstraksi DNA menggunakan empat metode berbeda yaitu chelex 10%, salting out, alkaline lysis, dan kit G-Spin Total DNA Extraction. Sampel ikan TCT diambil dari PPP Pondokdadap pada bagian daging area sirip, dengan preservasi menggunakan alkohol 96% kemudian dilakukan uji ekstraksi DNA. Pengujian pada penelitian dilakukan sebanyak dua kali pada masing-masing perlakuan. Pengukuran kemurnian dan konsentrasi DNA menggunakan spektrofotometer (UV-Vis dan Nanodrop) dengan panjang gelombang 260 dan 280. Nilai kemurnian dari setiap metode dihitung kemudian dianalisis untuk mencari nilai terbaik. Hasil penelitian menunjukkan keseluruhan nilai kemurnian DNA dianggap tidak murni karena berada di bawah rentang nilai optimal (1,8 – 2,0). Metode ekstraksi chelex 10% memberikan hasil kemurnian sebesar 1,667, metode salting out sebesar 1,504, metode kit G-Spin sebesar 1,562, sedangkan metode alkaline lysis memiliki kemurnian terendah sebesar 1,053. Pada hasil visualisasi elektroforesis tidak ditemukan smear sebagai tanda adanya DNA yang terbentuk. Metode ekstraksi DNA terbaik untuk kegiatan analisis DNA pada ikan TCT adalah metode kit G-Spin dengan selisih rata-rata nilai kemurnian yang tidak berbeda jauh dari hasil pengukuran pada kedua alat spektrofotometer Nanodrop dan Uv-Vis. Berdasarkan hasil ekstraksi DNA, pada metode chelex 10% dan salting out ikan cakalang memiliki nilai kemurnian DNA tertinggi. Sedangkan pada metode alkaline lysis ikan tongkol memiliki nilai kemurnian tertinggi, dan pada metode ekstraksi Kit G-Spin memberikan nilai kemurnian tertinggi untuk ikan tuna sirip kuning. Pengukuran kuantitas DNA menggunakan spektrofotometer Uv-Vis menunjukkan hasil yang lebih baik daripada hasil pengukuran Nanodrop.

English Abstract

Indonesia identifies the Tuna, Skipjack and Mackerel (TCT) fish groups as the main commodities of the capture fisheries sector, contributing 20.06% of the world's total production. One of the main landing centres for TCT fish is the Pondokdadap Coastal Fishing Port (PPP) in Sendang Biru, Malang, East Java. High levels of fishing activity affect the availability and genetic diversity of fish stocks and fish populations. Therefore, conservation programmes such as genetic diversity studies are needed to anticipate population decline and genetic variation in the catch. Identification of genetic variation using a molecular DNA approach is essential to prevent mislabelling of fishery products. The success of DNA-based identification depends on the quantity and quality of DNA extracted. This study aims to compare the quality and quantity of TCT fish DNA extracted based on the method, fish species and type of spectrophotometer used. Four distinct methodologies were employed for the extraction of DNA: Chelex 10%, salting out, alkaline lysis, and the G-Spin Total DNA Extraction Kit. TCT fish samples were procured from PPP Pondokdadap, specifically from the flesh in the vicinity of the fin, preserved in 96% alcohol, and then subjected to DNA extraction testing. The tests were conducted in duplicate for each method. The purity and concentration of the DNA were determined using a spectrophotometer (UV-Vis and Nanodrop) at wavelengths of 260 and 280 nm. The purity values from each method were calculated and analyzed to identify the optimal value. The results demonstrated that the overall DNA purity values were below the optimal range (1.8–2.0), indicating that they were impure. The 10% Chelex extraction method yielded a purity of 1.667, the salting-out method yielded 1.504, the G-Spin kit method yielded 1.562, while the alkaline lysis method yielded the lowest purity at 1.053. No smears were observed upon electrophoresis visualization, indicating the presence of DNA. The G-Spin kit method was identified as the optimal DNA extraction method for TCT fish DNA analysis, exhibiting no statistically significant difference in average purity values between measurements obtained from both the Nanodrop and UV-Vis spectrophotometers. The 10% chelex and salting out methods demonstrated the highest DNA purity values for skipjack tuna, based on the DNA extraction results. The alkaline lysis method yielded the highest purity for mackerel, while the G-Spin kit extraction method yielded the highest purity for yellowfin tuna. The quantity of DNA measured using the UV-Vis spectrophotometer demonstrated superior results compared to the Nanodrop measurements.

Item Type:	Thesis (Sarjana)
Identification Number:	052408
Divisions:	Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan > Ilmu Kelautan
Depositing User:	soegeng sugeng
Date Deposited:	19 Aug 2024 03:15
Last Modified:	19 Aug 2024 03:15
URI:	http://repository.ub.ac.id/id/eprint/224238

Text (DALAM MASA EMBARGO) Rizka Salsabila Ula.pdf Restricted to Registered users only Download (3MB)

Actions (login required)

View Item