Identifikasi Keragaman Genetik dengan Analisis Marka Expressed Sequence Tags-derived Simple Sequence Repeat (EST-SSR) pada Tanaman Heritiera percoriacea

Nabilah, Salwana and Tunjung Mahatmanto, STP., M.Si., Ph.D and Anna Safarrida, S.Si., M.Si (2024) Identifikasi Keragaman Genetik dengan Analisis Marka Expressed Sequence Tags-derived Simple Sequence Repeat (EST-SSR) pada Tanaman Heritiera percoriacea. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.

Abstract

Heritiera percoriacea merupakan tanaman penghasil kayu yang berasal dari daerah Jawa Barat dengan status konservasi yang terancam punah. Eksplorasi mengenai informasi genetika dari tanaman Heritiera percoriacea dapat dilakukan dengan menggunakan marka Expressed Sequence Tags-derived Simple Sequence Repeats (EST-SSR) untuk mendapatkan primer yang paling sesuai, sehingga dapat dijadikan prastudi keragaman genetik tanaman yang dapat digunakan pada pemuliaan tanaman sebagai upaya konservasi Heritiera percoriacea. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan hasil distribusi dan keragaman karakteristik motif marka EST-SSR serta menghasilkan desain primer yang dapat teramplifikasi, memiliki sifat informatif dan polimorfisme yang tinggi untuk digunakan pada prastudi keragaman genetik tanaman Heritiera percoriacea. Secara umum, metode penelitian yang dilaksanakan mencakup tahap pengumpulan sekuens EST pada NCBI, pemrosesan data sekuens EST serta perakitan contig sekuens, identifikasi motif dan distribusi sekuens SSR, desain primer, isolasi DNA tanaman Heritiera percoriacea, pengujian sampel DNA yang didapatkan, amplifikasi DNA dengan menggunakan PCR, analisis kesesuaian marka EST-SSR dengan melihat heterozigositas dan sifat polimorfik primer, dan analisis klaster genotip untuk melihat jarak genetik antar sampel. Pada identifikasi distribusi motif marka EST-SSR didapatkan bahwa frekuensi jenis motif dengan pengulangan terbanyak adalah jenis motif dinukleotida sebesar 80,56% dan total jumlah motif sebanyak 2.084 serta motif yang paling berlimpah adalah motif AT. Berdasarkan analisis kesesuaian marka, primer terbaik yang didapatkan adalah primer HI_SSR 16 dengan heterozigositas dan sifat polimorfisme yang tinggi. Analisis klaster genotip dengan konstruksi dendrogram UPGMA dan PCoA menunjukkan bahwa sampel tanaman H4 dan H3 memiliki jarak genetik terjauh sehingga memiliki potensi untuk dijadikan sebagai induk persilangan tanaman.

English Abstract

Heritiera percoriacea is a wood-producing plant originating from West Java which has an endangered conservation status. Exploration of the genetic information of Heritiera percoriacea plant can be carried out using the analysis of Expressed Sequence Tags-derived Simple Sequence Repeats (EST-SSR) markers to obtain the most suitable primers so that they can be used as a prestudy of the genetic diversity of these plants, which can then be used in plant breeding as a conservation effort for Heritiera percoriacea. This research aims to obtain results on the distribution and diversity of EST-SSR marker motifs characteristics and produce primer designs that can be amplified and have informative properties as well as high polymorphism to be used in pre-studies of the genetic diversity of Heritiera percoriacea plant. In general, the research methods that would be carried out includes the steps of collecting EST sequences at NCBI, processing the EST sequence data and assembling sequence contigs, identifying motifs and distribution of SSR sequences, primer design, isolation of Heritiera percoriacea plant DNA, testing DNA samples obtained, DNA amplification using PCR, suitability analysis of EST-SSR markers by examining heterozygosity and polymorphic nature of the primers, and genotypic cluster analysis to see the genetic distance between samples. In identifying the distribution of EST-SSR marker motifs, it was found that the frequency of the motifs type with the most repetitions was the dinucleotide motif type at 80.56% and the total number of motifs was 2.084 and the most abundant motif was the AT motif. Based on marker suitability analysis, the best primer obtained was primer HI_SSR 16 with high heterozygosity and polymorphism properties. Genotype cluster analysis using UPGMA and PCoA dendrogram construction showed that the H4 and H3 plant samples had the furthest genetic distance so they had the potential to be used as parental plant for crossbreeding.

Item Type:	Thesis (Sarjana)
Identification Number:	0524100106
Uncontrolled Keywords:	Heritiera percoriacea, Isolasi DNA, Motif SSR, PCR, Sekuens ESTHeritiera percoriacea, DNA Isolation, SSR Motif, PCR, EST Sequence
Divisions:	Fakultas Teknologi Pertanian > Keteknikan Pertanian
Depositing User:	soegeng sugeng
Date Deposited:	12 Jun 2024 08:19
Last Modified:	12 Jun 2024 08:19
URI:	http://repository.ub.ac.id/id/eprint/220722

Text (DALAM MASA EMBARGO) Salwana Nabilah.pdf Restricted to Registered users only Download (7MB)

Actions (login required)

View Item