Mubarrod, Muhammad An’iem Shofil and drh. Widi Nugroho, Ph.D (2023) Analisis Filogenetik Fasciola sp. pada Beberapa Wilayah di Indonesia dengan Metode Polymerase Chain Reaction. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.
Abstract
Fasciolosis merupakan penyakit parasiter yang disebabkan oleh cacing Fasciola sp. dan umumnya menyerang ternak ruminansia, antara lain sapi, kerbau dan domba. Tingginya angka prevalensi kejadian fasciolosis di Indonesia mencapai 90% dan adanya resiko evolusi cacing Fasciola sp. sehingga dapat menyerang manusia menjadi alasan mengapa penelitian ini dilakukan. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi Fasciola sp. dari beberapa wilayah yang berbeda di Indonesia. Oleh karena itu, dilakukan analisis filogenetik dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR). Sampel yang digunakan merupakan sampel cacing Fasciola sp. dewasa dari 7 wilayah yang berbeda di Indonesia. Untuk mengidentifikasi perbedaan cacing secara morfologis, dilakukan morfometri dengan pewarnaan asetokarmin. Analisis secara molekuler diawali dengan ekstraksi DNA cacing kemudian diamplifikasikan dengan primer PCR gene ITS2. Metode sanger sequencing dilakukan untuk melakukan identifikasi DNA cacing dan analisis variasi genetik cacing. Rekonstruksi pohon filogenetik dilakukan untuk memvisualisasi kekerabatan genetik cacing Fasciola sp. yang ada di Indonesia. Hasil yang didapatkan adalah terdapat perbedaan secara morfometri dari sampel cacing Fasciola sp. yang diambil dari wilayah yang berbeda di Indonesia. Hasil uji molekuler menunjukkan bahwa cacing Fasciola sp. yang ada di Indonesia adalah spesies Fasciola gigantica dari hasil analisis BLAST dan filogenetik yang identik dengan Fasciola gigantica dari negara Vietnam dan China yang ada di GenBank NCBI.
English Abstract
Fasciolosis is a parasitic disease caused by Fasciola sp. and generally attacks ruminant livestock, including cattle, buffalo and sheep. The high prevalence rate of fasciolosis in Indonesia reaches 90% and there is a risk of evolution of the Fasciola sp. so that it can attack humans is the reason why this research was carried out. The aim of this research was to identify Fasciola sp. from several different regions in Indonesia. Therefore, phylogenetic analysis was carried out using the Polymerase Chain Reaction (PCR) method. Samples are mature flukes were taken from cow livers from 7 different regions in Indonesia. To identify morphological differences in worms, morphometric analysis was carried out using acetocarmine staining. After that, molecular analysis was carried out by extracting fluke’s DNA and then amplifying it with the 18s rRNA gene PCR primer. To carry out phylogenetic analysis, sequencing was carried out using the Sanger sequencing method and continued with the creation of a phylogenetic tree so that morphological and molecular differences in Fasciola sp. could be identified in Indonesia. The results obtained were that there were morphometric differences between the Fasciola sp. worm samples. taken from different regions in Indonesia. Molecular test results show that the worm Fasciola sp. in Indonesia is the species Fasciola gigantica from the results of BLAST and phylogenetic analysis which is identical to Fasciola gigantica from Vietnam and China in NCBI's GenBank.
| Item Type: | Thesis (Sarjana) |
|---|---|
| Identification Number: | 0523130002 |
| Uncontrolled Keywords: | Analisis filogenetik, Fasciola sp., Fasciolosis, Gen ITS2, Pohon filogenetik |
| Divisions: | Fakultas Kedokteran Hewan > Kedokteran Hewan |
| Depositing User: | Unnamed user with username nova |
| Date Deposited: | 12 Jun 2024 06:50 |
| Last Modified: | 12 Jun 2024 06:50 |
| URI: | http://repository.ub.ac.id/id/eprint/220046 |
![[thumbnail of DALAM MASA EMBARGO]](http://repository.ub.ac.id/style/images/fileicons/text.png) |
Text (DALAM MASA EMBARGO)
Muhammad An'iem Shofil Mubarrod.pdf Restricted to Registered users only Download (5MB) |
Actions (login required)
 |
View Item |