Identifikasi Keragaman Indel Pada Exon 1 Gen Heat Shock Protein (Hsp70) Di 5'-UTR (Untranslated Region) Pada Sapi Bali

Al Ghifari, Muhaqqy Dhafa and Prof. Dr. Sc. Agr. Ir. Suyadi, MS., IPU and Dr. Ahmad Furqon, S.Pt (2024) Identifikasi Keragaman Indel Pada Exon 1 Gen Heat Shock Protein (Hsp70) Di 5'-UTR (Untranslated Region) Pada Sapi Bali. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.

Abstract

Sapi bali Sapi bali (Bos Javanicus) ialah salah satu ras sapi lokal yang dimiliki oleh indonesia. Ternak sapi bali telah berkembang secara tradisional dan memiliki adaptasi yang baik terhadap lingkungan tropis yang panas dan lembab. Keragaman genetik dalam populasi sapi bali merupakan aset yang berharga. Namun, disisi lain peternakan sapi potong di Indonesia masih menjadi tantangan seperti tingkat produktivitas yang rendah, seperti kurangnya akses ke teknologi dan informasi yang mutakhir dan faktor masalah kesehatan ternak yang masih menjadi perhatian utama. Ketahanan terhadap stress dikendalikan oleh Heat Shock Protein (HSP70). Heat Shock Protein (HSPs) merupakan protein yang berperan dalam mengatur stabilitas dan fungsi sel saat terjadinya stress termal atau kondisi lingkungan yang ekstrim. Hal inilah yang melatar belakangi mengidentifikasi keragaman indel pada exon 1 gen heat shock protein 70 (HSP70). Tujuan pada penelitian yang di lakukan pada April – Juli 2023 ini adalah untuk mengidentifikasi keragaman gen heat shock protein 70 pada sapi bali di beberapa wilayah di Indonesia yaitu kabupaten Enrekang, Barru, Klungkung dan Lombok Utara. Dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) dan Restriction Fragment Length Polymorphism menggunakan enzim restriksi BanI. Analisis yang digunakan dalam penelitian ini yaitu frekuensi alel dan genotipe serta menggunakan keseimbangan Hardy-Weinberg. Variable yang diamati pada penelitian ini yaitu munculnya alel (I dan D) dengan muncul tiga genotipe (I / I, I / D, D / D ). Diharapkan pada penelitian menunjukan hasil yang beragam dan dapat dilakukan seleksi untuk program pemuliaan Hasil analisis menunjukan hasil yang beragam Gen HSP70 terdiri dari tiga genotipe yaitu genotipe I/I apa bila terdapat fragmen (pita) DNA dengan panjang 170 pb dan 80 pb. Genotipe I/D ditunjukan dengan fragmen DNA yaitu dengan panjang 170 pb, 80 pb dan 50 pb. Genotipe D/D ditunjukan dengan terdapatnya fragmen DNA dengan panjang 170 pb dan 50 pb. Frekuensi genotipe yang paling mendominasi yaitu D/D sebesar 0,536 selanjutnya genotipe I/D sebesar 0,448 dan genotipe terendah I/I sebesar 0,016. Secara keseluruhan frekuensi alel D sebesar 0,76 lebih tinggi jika dibandingkan dengan frekuensi alel I sebesar 0,28. Berdasarkan hasil identifikasi keragaman gen Heat Shock Protein 70 (HSP70) menggunakan metode PCR-RLFP HSP70|BanI pada sapi bali bersifat polimorfik dan frekuensi alelnya berada dalam keseimbangan Hardy- Weinberg. Saran dari penelitian ini tahap selanjutnya perlu dilakukan uji lanjut terkait asosiasi keragaman gen HSP70 dengan sifat ketahanan panas pada sapi bali. dengan melakukan perbandingan pada bangsa sapi lainnya Hasil yang beragam diharapkan bisa menjadi dasar untuk melakukan seleksi kandidat terbaik yang mampu beradaptasi pada lingkungan dan tahan terhadap panas

English Abstract

This study aims to identify genetic diversity in the promoter area and 5'UTR (Untranslated Region) of HSP70 (Heat Shock Protein 70) in Bali cattle in the districts of Enrekang, Barru, Klungkung and North Lombok, a total of 250 blood samples of Bali cattle with an average age of 1 – 6 years was used in this study. This research uses the PCR-RLFP technique to identify genetic diversity in Bali cattle. The enzyme used for cutting is BanI with forward primer 5'- CTG AAC TCG GTC ATT GGC TG-3 and reverse primer 5'- GCT TCA AAC CTG AAA ACG GC-3. Results were analyzed using allele frequency, genotype frequency and degree of heterozygosity, Hardy-Weinberg balance was evaluated using the Chi-Square test. Amplification of the HSP70 gene produces 2 alleles (I and D). The HSP70 gene consists of three genotypes, namely genotype I/I if there is a DNA fragment (band) with a length of 170 bp and 80 bp. The I/D genotype is indicated by DNA fragments, namely 170 bp, 80 bp and 50 bp in length. The D/D genotype is indicated by the presence of DNA fragments with a length of 170 bp and 50 bp. The most dominant genotype frequency is D/D at 0.536, followed by the I/D genotype at 0.448 and the lowest genotype I/I at 0.016. Overall, the D allele frequency is 0.76, which is higher compared to the I allele frequency of 0.28. Based on the results of identifying the diversity of the Heat Shock Protein 70 (HSP70) gene using the PCR-RLFP method HSP70|BanI in Bali cattle is polymorphic and the allele frequencies are in Hardy�Weinberg equilibrium

Item Type:	Thesis (Sarjana)
Identification Number:	0524050360
Uncontrolled Keywords:	Sapi Bali, UTR, HSP70, PCR, RLFP
Divisions:	Fakultas Peternakan > Peternakan
Depositing User:	Unnamed user with username nova
Date Deposited:	10 Jun 2024 06:52
Last Modified:	10 Jun 2024 06:52
URI:	http://repository.ub.ac.id/id/eprint/219975

Text (DALAM MASA EMBARGO) Muhaqqy Dhafa Al Ghifari.pdf Restricted to Registered users only Download (6MB)

Actions (login required)

View Item