“Polimorfisme Gen GDF9 dan Hubungannya dengan Litter Size pada Kambing Pote Plasma Nutfah Jawa Timur”.

Imaniah, Nida’ul Husna and Prof. Dr. Ir. Tri Eko Susilorini,, MP., IPM., ASEAN Eng (2024) “Polimorfisme Gen GDF9 dan Hubungannya dengan Litter Size pada Kambing Pote Plasma Nutfah Jawa Timur”. Magister thesis, Universitas Brawijaya.

Abstract

Kambing Pote merupakan salah satu rumpun kambing yang berasal dari daerah Bangkalan, Madura, Jawa Timur. Kambing Pote berpotensi sebagai kambing dwiguna, yaitu sebagai penghasil daging dan susu. Jenis kambing Pote diperkirakan terdapat 70 ribuan ekor di Bangkalan, sekitar 85% didominasi kambing Pote, dan sisanya terdiri dari kambing PE dan kambing kacang. Kambing Pote dapat beradaptasi di dataran rendah Bangkalan dan dengan pemberian pakan berupa pakan rumput dan tanaman legum yang ada didaerah tersebut. Kelebihan adaptasi yang baik kambing Pote dapat mempertahankan maupun meningkatkan jumlah populasi. Kelahiran kembar dapat dipengaruhi oleh faktor genetik yang diwariskan tetua kepada keturunannya. Produktivitas induk berkorelasi positif dengan litter size, sehingga semakin tinggi litter size maka semakin tinggi pula produktivitas induk. Akibat heritabilitas sifat yang rendah dan ekspresi yang lambat selama kehidupan ternak, seleksi secara tradisional menyebabkan kemanjuan genetik yang lambat pada kenerja reproduksi. Dalam mengatasi masalah pemuliaan ternak metode seleksi seperti marker assisted selection akan menjadi alternatif yang lebih baik. Salah satu gen pengatur litter size kambing adalah GDF9. Gen GDF9 merupakan salah satu gen fekunditas yang telah banyak diteliti pada kambing, dan termasuk dalam superfamili transforming growth factor (TGF-β), protein tersebut merupakan salah satu gen fekunditas yang berperan penting selama folikulogenesis awal, sebagai faktor pertumbuhan dan diferensiasi yang disekresikan oleh oosit pada mamalia. Penelitian dilaksanakn dari bulan Agustus 2022 hingga November 2023. Lokasi penelitian lapang dilakukan di Desa Soket Laok, Kabupaten Bangkalan, Madura, jawa Timur. Lokasi penelitian laboratorium dilaksanakan di Laboratorium Bioteknologi Ternak, Fakultas Peternakan, Universitas Brawijaya. Materi penelitian yang digunakan untuk identifikasi fenotipik dan genotipik adalah 48 ekor kambing Pote betina dengan Permanent incicvi (1,2,3,4) dan kambing Pote yang digunakan dalam kondisi sehat, tidak terserang penyakit, dan pernah melahirkan. Kambing Pote diambil sampel darah sebanyak 5 ml dibagian leher pada vena jugularis. Metode pengambilan sampel dilakukan dengan cara purposive sampling. Sampel darah dianalisis dan diidentifikasi genotipe, dengan tahap dimulai dari ekstraksi DNA, PCR, RFLP, dan Sekuensing DNA yang dilakukan di Laboratorium 1stbase, Selangor, Malaysia. Fragmen DNA gen GDF9 kambing Pote sepanjang 491 bp diamplifikasi (PCR), dan di RFLP dengan enzim restriksi Msp1, yang kemudian menghasilkan genotipe AG dan GG, dan dikonfirmasi dengan sekuensing DNA yang juga menghasilkan genotipe AG dan GG. Desain sekuen yang digunakan dalam penelitian ini menggunakan data sekuen gen pada kambing Pote dari data base Ensemble (lokasi : 7:66,025,761-66,028,245) yang kemudian disesuaikan dengan enzim Msp1, menunjukkan bahwa terdapat titik SNP a.2912 A>G, yaitu perubahan nukleotida dari A menjadi G GAT > GGT (Aspartic Acid > Glycine). Jenis mutasi yang terjadi disebut mutasi missense (missense mutation). Frekuensi genotipe GG lebih tinggi (0,64) dari pada genotipe AG (0,36) sedangkan untuk frekuensi alel G (0,82) lebih tinggi dari pada alel A (0,18). Adanya perbedaan hasil frekuensi genotipe dan frekuensi alel pada populasi kambing Pote menunjukkan adanya polimorfisme. Polimorfisme genotipe gen GDF9 memberikan pengaruh berbeda sangat nyata terhadap rataan litter size kambing Pote (P < 0,01).

English Abstract

Pote goat is one of the local Indonesian goats originating from Bangkalan, Madura, which has not been clumped and has its own Standard National Indonesia. Procurement of Pote goat breeds as germplasm in enriching genetic diversity can be done by genetic selection. This study aims to identify the GDF9 gene associated with litter size traits in Pote goats. The materials used in this study were 48 doe Pote goats that have lambing with permanent incicivi (1,2,3,4) and in healthy condition. This research method uses survey methods and observations in the laboratory. Sampling was done by purposive sampling. Samples were taken from smallholder farms in Soket Laok Village, Bangkalan Regency, Madura, East Java. The GDF9 gene has a length of 491 bp. DNA fragments were amplified and identified by PCR-RFLP method using Msp1 restriction enzyme, and confirmed by DNA sequencing. The study resulted in two genotype types (AG and GG) and two allele types (A and G). The frequency of genotype AG (0,36) and GG (0,64). Allele frequencies A (0,18) and G (0,82). The a.2912 A>G mutation was significant with litter size. The results showed polymorphism and the relationship between GDF9 gene diversity found with litter size traits in Pote goats (p<0.01).

Item Type:	Thesis (Magister)
Identification Number:	0424050007
Uncontrolled Keywords:	Pote goat, GDF9 gene, litter size, polymorphism
Divisions:	S2/S3 > Magister Ilmu Ternak, Fakultas Peternakan
Depositing User:	Unnamed user with username nova
Date Deposited:	26 Feb 2024 04:35
Last Modified:	26 Feb 2024 04:35
URI:	http://repository.ub.ac.id/id/eprint/216446

Text (DALAM MASA EMBARGO) Nida'ul Husna.pdf Restricted to Registered users only Download (3MB)

Actions (login required)

View Item