Damayanti, Heri and Prof. Dr. Sc. Agr. Ir. Suyadi, MS., IPU., ASEAN Eng and Prof. Dr Ir. Tri Eko Susilorini, MP., IPM.ASEAN Eng. (2023) Analisis Asosiasi Gen BMP15 Dan Gen PAK1 dengan Sifat Fekunditas pada Kambing Senduro dan Kambing Boerawa Menggunakan PCR-Sequensing dan PCR-RFLP. Magister thesis, Universitas Brawijaya.
Abstract
Kambing Senduro merupakan kekayaan sumber daya genetik ternak lokal Indonesia. Persilangan antara kambing Boer jantan dan kambing PE menghasilkan kambing Boerawa. Langkah awal untuk menghasilkan Marker Assisted Selection (MAS) pada kambing Senduro dan kambing Boerawa adalah dengan mengidentifikasi kandidat gen terkait sifat litter size, salah satunya adalah gen Bone Morphogenetic Protein (BMP15) dan gen P21-activated kinases (PAK1). Tujuan penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi keragaman genetik gen BMP15 lokus 2 dan gen PAK1 lokus 9 dan keterkaitannya dengan litter size kambing Senduro dan kambing Boerawa UPT PT-HMT Singosari Kabupaten Malang, Jawa Timur. Penelitian ini menggunakan metode survei, pengambilan sampel dengan cara Porposive sampling, sampel darah kambing Senduro dan kambing Boerawa dikoleksi dari UPT PT-HMT Singosari. Fragmen DNA diamplifikasi dan diidentifikasi genotipenya menggunakan PCR-Sequensing untuk gen BMP15, sedangkan untuk gen PAK1 menggunakan PCRRFLP. Hasil penelitian ini sebagai berikut: 1) gen BMP15 lokus 2 menghasilkan 2 genotipe CC dan CG untuk kambing Boerawa dengan frekuensi genotipe masing-masing sebesar 0,9 dan sebesar 0,1, frekuensi alel C sebesar 0,95 dan alel G sebesar 0,05 dan menghasilkan 1 genotipe CC sebesar 1, dengan frekuensi alel C sebesar 1 untuk kambing Senduro dengan metode PCR-sequensing. 2) Pada Sampel kambing Boerawa (BC 11) mengalami mutasi, terjadi perubahan basa dari Sitosin (C) menjadi Guanin (G) pada posisi 709 bp (C709G). Pada sampel kambing Boerawa (BC 18) juga mengalami mutasi, terjadi perubahan basa dari Sitosin (C) menjadi Guanin (G) pada posisi 707 bp (C707G). Pada sampel kambing Senduro tidak ditemukan mutasi, tidak terdapat perubahan basa untuk semua sampel kambing Senduro. Semua sampel kambing Senduro membawa basa Sitosin (C). Dari hasil identifikasi gen BMP15 pada kambing Senduro dari UPT PT-HMT Singosari bersifat monomorfik. Adapun hasil identifikasi gen BMP15 untuk kambing Boerawa bersifat polimorfik, tetapi tidak dapat diasosiasikan dengan litter size. 3) Gen PAK1 ekson 9 dengan primer sepanjang 713 bp pada kambing Senduro dan kambing Boerawa dari UPT PT-HMT Singosari bersifat monomorfik, semua sampel memiliki genotif GG, frekuensi alel G sebesar 100%. Dapat disimpulkan bahwa gen PAK1 ekson 9/MSP1 bersifat monomorfik dan tidak berkaitan dengan litter size pada kambing Senduro dan kambing Boerawa, sehingga tidak dapat dijadikan sebagai penanda genetik.
English Abstract
Senduro goats are a wealth of genetic resources for local Indonesian livestock. A cross between male Boer goats and PE goats produced Boerawa goats. The first step to produce Marker Assisted Selection (MAS) in Senduro goats and Boerawa goats is to identify candidate genes related to litter size traits, one of which is the Bone Morphogenetic Protein (BMP15) gene and the P21- activated kinases (PAK1) gene. The purpose of this study was to identify the genetic diversity of BMP15 gene locus 2 and PAK1 gene locus 9 and their association with the litter size of Senduro goats and Boerawa goats UPT PT-HMT Singosari Malang Regency, East Java. This study used survey methods, sampling by purposive sampling, and blood samples of Senduro goats and Boerawa goats were collected from UPT PT-HMT Singosari. DNA fragments were amplified and identified using PCR-Sequencing for the BMP15 gene, while for the PAK1 gene using PCR-RFLP. The results of this study are as follows: 1) the BMP15 gene locus 2 produced 2 genotypes CC and CG for Boerawa goats with genotype frequencies of 0.9 and 0.1 respectively, as well as C allele frequencies of 0.95 and G alleles of 0.05 and produced 1 CC genotype of 1, with a C allele frequency of 1 for Senduro goats by PCR-sequencing method. 2) In the Boerawa goat sample (BC 11) mutated, there was a change in the base from Cytosine (C) to Guanine (G) at the position of 709 bp (C709G). The Boerawa goat sample (BC 18) also experienced a mutation, there was a change in the base from Cytosine (C) to Guanine (G) at the position of 707 bp (C707G). In the Senduro goat samples, no mutations were found, because there was no change in base for all Senduro goat samples. All samples of Senduro goats carry the base Cytosine (C). From the identification of the BMP15 gene in Senduro goats from UPT PTHMT Singosari Regency is monomorphic. The identification of the BMP15 gene for Boerawa goats is polymorphic, but cannot be associated to litter size. 3) The PAK1 exon 9 gene with primers along 713 bp in Senduro goats and Boerawa goats from UPT PT-HMT Singosari Malang Regency is monomorphic, all samples have a GG genotype, G allele frequency of 100%. It can be concluded that the PAK1 exon 9 / MSP1 gene is monomorphic and is not related to litter size in Senduro goats and Boerawa goats, so it cannot be used as a genetic marker.
| Item Type: | Thesis (Magister) |
|---|---|
| Identification Number: | 042305 |
| Uncontrolled Keywords: | BMP15, PAK1, kambing Boerawa, kambing Senduro, litter size, keragaman genetik, BMP15, PAK1, Boerawa goat, Senduro goat, litter size, genetic diversity. |
| Divisions: | S2/S3 > Magister Ilmu Ternak, Fakultas Peternakan |
| Depositing User: | Zainul Mustofa |
| Date Deposited: | 24 Jan 2024 07:20 |
| Last Modified: | 24 Jan 2024 07:20 |
| URI: | http://repository.ub.ac.id/id/eprint/213697 |
![[thumbnail of DALAM MASA EMBARGO]](http://repository.ub.ac.id/style/images/fileicons/text.png) |
Text (DALAM MASA EMBARGO)
Heri Damayanti.pdf Restricted to Registered users only until 31 December 2025. Download (3MB) |
Actions (login required)
 |
View Item |