Optimasi Formulasi PCR Kit dalam Pengujian DNA Tikus (Rattus norvegicus) pada Sampel Daging Menggunakan Teknik Polymerase Chain Reaction Konvensional

Rosyid Muhaimin, Malik and Dr. Ir. Joni Kusnadi,, M.Si and Ahmad Zaki M.,, STP, M.Si., Ph.D (2023) Optimasi Formulasi PCR Kit dalam Pengujian DNA Tikus (Rattus norvegicus) pada Sampel Daging Menggunakan Teknik Polymerase Chain Reaction Konvensional. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.

Abstract

Adanya kasus penyalahgunaan pada produk daging olahan seperti bakso sapi menggunakan daging tikus karena hewan tersebut mudah ditemui dan ditangkap sendiri, maka diperlukan metode yang berfungsi untuk mendeteksi adanya kandungan adulterasi pada sampel makanan. Salah satu metode yang dapat digunakan adalah Polymerase Chain Reaction (PCR). Namun, saat dilakukan visualisasi menggunakan metode elektroforesis pita DNA yang dihasilkan kadang terlihat kurang jelas (smear). Hal ini dikarenakan kurang optimalnya proses amplifikasi yang berjalan pada mesin PCR. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan optimasi formulasi PCR kit agar peneliti dapat menentukan formulasi terbaik dalam melakukan amplifikasi DNA sehingga hasil yang didapatkan lebih baik dan mengurangi kekurangjelasan (smear) pada saat visualisasi. Penelitian dilakukan dengan melakukan ekstraksi DNA tikus menggunakan metode chloroform-isoamylalcohol (CI), membuat empat formulasi PCR kit modifikasi dan mengoptimasinya, melaksanakan proses PCR dan elektroforesis, dan membandingkan dengan PCR kit untuk mengetahui hasil tiap formulasi sehingga dapat dilakukan evaluasi untuk menentukan formulasi terbaik pada PCR kit. Hasil pengujian yang dilakukan peneliti membuktikan bahwa formulasi PCR kit terbaik ada pada formulasi PCR kit modifikasi 2 (buffer 1,00X; DNA polymerase 2,00 U; dNTPs 0,20 mM; dan MgCl 2 2,00 mM). Hal ini dikarenakan pita DNA amplikon yang dihasilkan lebih tebal dan jelas dibandingkan formulasi komersial dan modifikasi yang lain. Adapun pita DNA PCR kit yang tipis disebabkan oleh kurang proporsionalnya konsentrasi pada formulasi sehingga komponen bahan PCR bekerja kurang optimal. Oleh karena itu, dapat disimpulkan bahwa konsentrasi tiap bahan berpengaruh terhadap tebal dan jelasnya pita DNA yang dihasilkan. Hasil tersebut dapat dijadikan wawasan baru terhadap peneliti untuk mendapatkan hasil yang lebih bagus dalam proses amplifikasi DNA target yang diinginkan sehingga hasil pada penelitian-penelitian yang akan dijalankan kedepannya dapat ditingkatkan kualitasnya.

English Abstract

There are cases of abuse in processed meat products such as beef meatballs using rat meat because these animals are easy to find and catch themselves, a method is needed to detect adulteration content in food samples. One method that can be used is the Polymerase Chain Reaction (PCR). However, when visualizing using the electrophoresis method the resulting DNA bands sometimes look less clear (smear). This is due to the suboptimal amplification process that runs on the PCR machine. This study aims to optimize the formulation of the PCR kit so that researchers can determine the best formulation for carrying out DNA amplification so that the results obtained are better and reduce the ambiguity/smear during visualization. The research was conducted by extracting rat DNA using the chloroform-isoamylalcohol (CI) method, making four modified PCR kit formulations and optimizing them, carrying out the PCR and electrophoresis processes, and comparing with PCR kits to find out the results of each formulation so that an evaluation could be carried out to determine the best formulation in PCR kits. The results of the tests conducted by the researchers proved that the best PCR kit formulation was modified PCR kit formulation 2 (1.00X buffer; 2.00 U DNA polymerase; 0.20 mM dNTPs; and 2.00 mM MgCl 2 ). This is because the resulting amplicon DNA bands are thicker and clearer than the commercial formulations and other modifications. The thin DNA PCR kit bands are caused by the disproportionate concentration of the formulation so that the components of the PCR material work less than optimally. Therefore, it can be concluded that the concentration of each material affects the thickness and clarity of the resulting DNA bands. These results can be used as new insights for researchers to get better results in the desired target DNA amplification process so that the quality of the results in future studies can be improved.

Item Type:	Thesis (Sarjana)
Identification Number:	052310
Uncontrolled Keywords:	Uji Adulterasi, DNA Tikus, PCR Kit, Pembuatan Kit Adulteration Test, Rat DNA, PCR Kit, Kit Making
Divisions:	Fakultas Teknologi Pertanian > Keteknikan Pertanian
Depositing User:	Unnamed user with username verry
Date Deposited:	18 Jan 2024 03:36
Last Modified:	18 Jan 2024 03:36
URI:	http://repository.ub.ac.id/id/eprint/211893

Text (Dalam Masa Embargo) Rosyid Muhaimin Malik.pdf Restricted to Registered users only until 31 December 2025. Download (2MB)

Actions (login required)

View Item