Aplikasi Spin Column Pada Isolasi DNA untuk Deteksi Daging Tikus (Rattus norvegicus) Menggunakan Teknik PCR Konvensional dan Real Time-PCR.

Shidqi Zaidan, Hanif and DR. IR. JONI KUSNADI, M.SI (2023) Aplikasi Spin Column Pada Isolasi DNA untuk Deteksi Daging Tikus (Rattus norvegicus) Menggunakan Teknik PCR Konvensional dan Real Time-PCR. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.

Abstract

Kasus cemaran daging tikus pernah terjadi di Indonesia. Identifikasi bisa dilakukan dengan basis biomolekuler untuk mengetahui kandungan bahan olahan pada suatu produk. Analisis kandungan cemaran dapat dilakukan dengan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR). PCR adalah metode yang tepat untuk digunakan mendeteksi DNA tikus dikarenakan prinsip dasar dari metode PCR adalah menggandakan DNA yang jumlah awal sedikit akan amplifikasi sehingga dapat diketahui ada tidaknya DNA suatu spesies target. Sebelum mengidentifikasi perlu melakukan ektraksi/isolasi DNA yang optimal untuk mendukung efektifitas deteksi. Salah satu metode isolasi DNA yaitu buffer lisis, akan tetapi masih memiliki kemurnian yang rendah pada hasil ektraknya. Sehingga diperlukan penambahan proses purifikasi untuk meningkatkan kemurnian. Pada Penelitian ini ekstaksi DNA dilakukan dengan metode buffer lisis, perlakuan lanjutan tahapan purifikasi menggunakan spin column dengan 2 jenis membran filter yang pada spin column yaitu membran silica-based dan membran fiberglass, kemudian masing-masing ekstrak diuji kualitas DNA meliputi kemurnian dan konsentrasinya menggunakan nanodrop spektrofotometer UV/Vis dengan pengukuran absorbansi sampel pada panjang gelombang 260/280, dari data hasil uji kualitas DNA dapat diketahui efektivitas metode isolasi. DNA hasil isolasi kemudian diampilifikasi menggunakan mesin PCR dengan hasil kualitatif ditantai munculnya pita pada agar elektroforesis dan Real time (RT)-PCR dengan hasil kuantitatif berupa Nilai Ct. Berdasarkan Hasil Penelitian ekstraksi yang didapat pada metode buffer lisis analisis konsentrasi dan kemurnian menggunakan nanodrop memiliki konsentrasi yang tinggi namun kemurnian masih dibawah kemurnian DNA umumnya. Isolate buffer lisis masih terdapat kontaminan yang dimungkinkan adanya yang bersifat inhibitor pada analisis menggunakan RT-PCR. Sehingga metode buffer lisis diperlukan tahapan purifikasi menggunakan spin column yang mencapai hasil DNA dengan kemurnian tinggi yang cocok untuk analisis PCR konvensional maupun RT-PCR. Metode ekstraksi spin column pada penelitian ini dapat digunakan untuk preparasi DNA tikus (rattus norvegicus) dalam deteksi menggunakan PCR konsvensional maupun Real Time- PCR.

English Abstract

Cases of rat meat contamination have occurred in Indonesia. Identification can be done on a biomolecular basis to determine the content of processed ingredients in a product. Analysis of contaminant content can be carried out using the Polymerase Chain Reaction (PCR) technique. PCR is the right method to be used to detect mouse DNA because the basic principle of the PCR method is doubling the DNA with a small initial amount to be amplified so that it can be known whether the DNA of a target species is present or not. Before identifying it is necessary to perform optimal DNA extraction/isolation to support the effectiveness of detection. One method of DNA isolation is lysis buffer, but still has low purity in the extract. So it is necessary to add a purification process to increase purity. In this study, DNA extraction was carried out using the lysis buffer method, further treatment using a spin column with 2 types of filter membranes in the spin column, namely silicabased membranes and fiberglass membranes, then each extract was tested for DNA quality including purity and concentration using nanodrops. UV/Vis spectrophotometer by measuring the absorbance of the sample at a wavelength of 260/280, from the data from the DNA quality test results it can be seen the effectiveness of the isolation method. The isolated DNA was then amplified using a PCR machine with qualitative results tagged by the appearance of bands on electrophoretic agar and Real time (RT)-PCR with quantitative results in the form of Ct values. Based on the results of the extraction research obtained in the lysis buffer method, concentration and purity analysis using nanodrops has a high concentration but the purity is still below the purity of DNA in general. The lysis buffer isolate still contains contaminants that are possible inhibitors in the analysis using RT-PCR. So that the lysis buffer method requires a purification step using a spin column which achieves high-purity DNA results suitable for conventional PCR and RT-PCR analysis. The spin column extraction method in this study can be used for DNA preparation in rats (Rattus norvegicus) for detection using conventional PCR or Real-Time PCR.

Item Type:	Thesis (Sarjana)
Identification Number:	052310
Uncontrolled Keywords:	Rat, Polymerase Chain Reaction, Extraction, Spin Column, DNA, Tikus, Polymerase Chain Reaction, Ekstraksi, Spin Column, DNA
Divisions:	Fakultas Teknologi Pertanian > Teknologi Hasil Pertanian
Depositing User:	Annisti Nurul F
Date Deposited:	16 Jan 2024 01:49
Last Modified:	16 Jan 2024 01:49
URI:	http://repository.ub.ac.id/id/eprint/210526

Text (DALAM MASA EMBARGO) Hanif Shidqi Zaidan.pdf Restricted to Registered users only until 31 December 2025. Download (1MB)

Actions (login required)

View Item