“Pengembangan Marka SCAR Berbasis Sekuen RAPD Tanpa Dan Dengan Kloning Untuk Deteksi Kandungan Senyawa Capsaicin Pada Tanaman Cabai (Capsicum spp.)

MUHAMMAD NUR, NASHIRUDDDIN and Dr. Ir. Joni Kusnadi,, M.Si and Prof. Dr. Ir. Estri Laras Arumingtyas,, M.Sc., St (2023) “Pengembangan Marka SCAR Berbasis Sekuen RAPD Tanpa Dan Dengan Kloning Untuk Deteksi Kandungan Senyawa Capsaicin Pada Tanaman Cabai (Capsicum spp.). Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.

Abstract

Cabai merupakan salah satu komoditas populer di Indonesia karena rasanya yang pedas cocok dengan selera masyarakat Indonesia. Untuk dapat memperoleh komoditas cabai yang bagus diperlukan upaya pemuliaan tanaman dengan salah satu tahapan penting yaitu seleksi yang dapat menggunakan marka berbasis molekuler karena dinilai stabil dan dapat digunakan untuk seleksi tanaman sejak dini. Tujuan dari penelitian ini adalah mendesain dan mengembangkan markah SCAR berbasis RAPD untuk analisis kandungan capsaicin pada tanaman cabai melalui tahap kloning dan tanpa koloning sehingga dapat dibandingkan keefektifan diantara keduanya. Metode penelitian ini berupa deskriptif kuantitatif dan kualitatif dengan menggunakan variasi tanaman cabai rawit galur G1/01 yaitu G1M8 (capsaicin rendah) dan G1M14 (capsaicin tinggi), cabai Carolina reaper (pembanding capsaicin sangat tinggi/pedas), dan paprika (pembanding non�capsaicin rendah/tidak pedas). Tahap pengembangan marka SCAR dimulai dengan isolasi DNA sampel cabai menggunakan metode CTAB, analisis profil pita DNA menggunakan 20 marka RAPD, sekuensing pita target hasil analisis pita, Kloning, pengembangan marka SCAR berdasarkan pita target baik yang diperoleh dari tahap kloning dan non kloning, dan analisis profil pita DNA menggunakan 2 marka SCAR berbasis RAPD melalui tahap kloning dan 2 marka SCAR berbasis RAPD tanpa melalui tahap kloning. Hasil amplifikasi menggunakan marka SCAR berbasis RAPD tanpa melalui tahap kloning dengan primer 24_CR dan 24_PR menunjukkan profil pita DNA polimorfik, sehingga dapat digunakan untuk seleksi kepedasan secara molekuler. Hasil amplifikasi menggunakan marka SCAR berbasis RAPD melalui tahap kloning dengan kedua primer baik primer 24_PR1 maupun marka 24_PR2 menunjukkan profil pita DNA monomorfik. Hal ini dapat disebabkan beberapa faktor meliputi hasil sekuensing yang kurang baik sehingga mempengaruhi dalam desain primer yang berimbas pada efektifitas marka dan perlunya mengukur efektifitas ligasi pada kloning sehingga dapat dihasilkan hasil klon yang bagus.

English Abstract

Chili is one of the popular commodities in Indonesia because its spicy taste suits the tastes of the Indonesian people. To be able to obtain good chili commodities, plant breeding efforts are needed with one of the important stages, namely selection that can use molecular-based markers because they are considered stable and can be used for early plant selection. The purpose of this study was to design and develop RAPD-based SCAR markers for the analysis of capsaicin content in chili plants through the cloning and non-colonization stages so that the effectiveness of the two could be compared. This research method is a quantitative and qualitative descriptive using plant variations of G1/01 bird's eye chilies, namely G1M8 (low capsaicin) and G1M14 (high capsaicin), Carolina reaper chilies (very high capsaicin/spicy comparison), and paprika (non-capsaicin comparison). low/not spicy). The development stage of the SCAR markers began with isolation of DNA from chili samples using the CTAB method, analysis of DNA band profiles using 20 RAPD markers, sequencing of target bands from band analysis results, cloning, development of SCAR markers based on target bands both obtained from the cloning and non-cloning stages, and analysis. DNA band profiling using 2 RAPD-based SCAR markers through the cloning stage and 2 RAPD-based SCAR markers without going through the cloning stage. The results of amplification using RAPD-based SCAR markers without going through the cloning stage with primers 24_CR and 24_PR showed polymorphic DNA band profiles, so they could be used for molecular spiciness selection. The results of amplification using RAPD�based SCAR markers through the cloning stage with both primers, both 24_PR1 and 24_PR2 markers, showed a monomorphic DNA band profile. This can be caused by several factors including poor sequencing results that affect the primary design which has an impact on the effectiveness of markers and the need to measure the effectiveness of ligation in cloning so that good clone results can be produced.

Item Type:	Thesis (Sarjana)
Identification Number:	052310
Uncontrolled Keywords:	Cabai (Capsicum spp.), Capsaicin, RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA), SCAR (Sequence Characterized Amplified Regions), Kloning Chili (Capsicum spp.), Capsaicin, RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA), SCAR (Sequence Characterized Amplified Regions), Cloning
Divisions:	Fakultas Teknologi Pertanian > Keteknikan Pertanian
Depositing User:	Unnamed user with username verry
Date Deposited:	11 Jan 2024 06:01
Last Modified:	11 Jan 2024 06:01
URI:	http://repository.ub.ac.id/id/eprint/208324

Text (Dalam Masa Embargo) Muhammad Nur Nashiruddin.pdf Restricted to Registered users only until 31 December 2025. Download (9MB)

Actions (login required)

View Item