Analisis Keragaman Genetik Ikan Sili (Macrognathus aculeatus) Berdasarkan DNA Mitokondria Region Cytochrome C Oxidase Subunit I (COI) pada Daerah Aliran Sungai (DAS) Brantas, Kecamatan Gempengrejo, Kabupaten Kediri, Jawa Timur

Cahyaningtyas, Roofi and Wahyu Endra Kusuma,, S.Pi, MP, D.Sc and Muhammad Dailami,, S.Si, M.Si (2023) Analisis Keragaman Genetik Ikan Sili (Macrognathus aculeatus) Berdasarkan DNA Mitokondria Region Cytochrome C Oxidase Subunit I (COI) pada Daerah Aliran Sungai (DAS) Brantas, Kecamatan Gempengrejo, Kabupaten Kediri, Jawa Timur. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.

Abstract

Ikan Sili (Macrognathus aculeatus) merupakan salah satu ikan air tawar yang potensial dijadikan ikan konsumsi dan ikan hias serta memiliki nilai ekonomis yang cukup tinggi. Salah satu penyebaran ikan Sili di Indonesia yaitu Sungai Brantas, Jawa Timur. Sungai Brantas saat ini menjadi salah satu sungai yang mengalami pencemaran cukup parah di Indonesia disebabkan oleh pencemaran timbal (Pb) dan produksi sampah yang meningkat seiring dengan pertumbuhan industri dan penduduk khususnya di Kabupaten Kediri sehingga mengancam keberadaan ikan dan menyebabkan populasinya menurun, salah satunya adalah ikan Sili dengan persentase kelimpahan paling rendah sebesar 0,09%. Kelimpahan populasi ikan dan keragaman spesies akan semakin menurun seiring dengan keseimbangan alam yang terganggu, dan jika dibiarkan tanpa terkendali akan menyebabkan penurunan keragaman genetik akibat kemampuan beradaptasi menurun. Penelitian dilaksanakan pada bulan Desember 2022 hingga Maret 2023 di Laboratorium Hidrobiologi Divisi Sumberdaya Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan dan Laboratorium Ekologi dan Diversitas Hewan Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Brawijaya. Penelitian ini membahas keragaman genetik pada ikan Sili yang berada di DAS Brantas, Kabupaten Kediri, Jawa Timur dan selanjutnya dibandingkan dengan populasi ikan di tempat lain berdasarkan DNA mitokondria region Cytochrome C Oxydase Subunit I (COI). Penelitian ini menggunakan metode deskriptif dengan parameter jumlah haplotype, haplotype diversity, nucleotide diversity, dan indeks fiksasi berpasangan (FST). Keragaman genetik populasi ikan Sili di DAS Brantas, Bendungan Waru Turi, Kabupaten Kediri, Jawa Timur termasuk ke dalam kategori kedua dengan jumlah haplotipe (h) sebesar 8, nilai keragaman haplotipe (Hd) sebesar 0,933, dan nilai keragaman nukleotida (π) sebesar 0,00470. Populasi ikan Sili Kediri tergolong masih rendah dan diindikasikan sedang terjadi pertumbuhan populasi setelah peristiwa bottleneck oleh adanya pencemaran limbah industri dan domestik dan founder effect karena populasi ikan Sili Kediri merupakan populasi kecil yang terpisah dari populasi utama Sungai Brantas. Nilai diferensiasi genetik populasi ikan Sili dengan populasi data pembanding termasuk ke dalam kategori sangat tinggi dengan nilai FST pada populasi grup Kediri dengan seluruh grup antara lain Jawa Tengah, Jawa Barat, dan Malaysia menunjukkan nilai berturut-turut sebesar 0,95534, 0,95698, dan 0,82672. Nilai diferensiasi yang tinggi pada populasi grup Kediri dengan seluruh grup disebabkan karena spesies populasi Kediri dengan spesies seluruh populasi pembanding berbeda, yaitu populasi Kediri diidentifikasi ikan Sili M. aculeatus, sedangkan pada seluruh populasi pembanding M. maculatus, sehingga tidak memungkinkan adanya pertukaran gen diantara kedua populasi tersebut walaupun tersebar dalam satu kawasan yang sama yaitu Paparan Sunda.

English Abstract

Sili fish (Macrognathus aculeatus) is one of the freshwater fish that has the potential to be used as consumption fish and ornamental fish and has a fairly high economic value. One of the distribution of Sili fish in Indonesia is the Brantas River, East Java. The Brantas River is currently one of the areasexperiencing severe pollution in Indonesia caused by lead pollution (Pb) and waste production which increases along with industrial and population growth, especially in Kediri Regency, thus threatening the existence of fish and causing the population to decline, one of which is Sili fish with the lowest abundance percentage of 0,09%. The abundance of fish populations and species diversity will further decline along with the disturbed natural balance, and if left unchecked will cause a decrease in genetic diversity due to decreased adaptability. The research was carried out from December 2022 to March 2023 at the Hydrobiology Laboratory of the Fisheries Resources Division of Faculty of Fisheries and Marine Science and the Laboratory of Animal Ecology and Diversity Faculty Mathematics and Natural Sciences, Universitas Brawijaya. This study discusses genetic diversity in Sili fish located in the Brantas watershed, Kediri Regency, East Java and further compared with fish populations elsewhere based on mitochondrial DNA of the Cytochrome C Oxydase Subunit I (COI) region. This study used a descriptive method with parameters of the number of haplotype, haplotype diversity, nucleotide diversity, and paiwise fixation index (FST). The genetic diversity of ciliary fish populations in the Brantas watershed, Waru Turi Dam, Kediri Regency, East Java is included in the second category with the number of haplotypes (h) of 8, the value of haplotype diversity (Hd) of 0,933, and the value of nucleotide diversity (π) of 0,00470. The population of Sili Kediri fish is still relatively low and it is indicated that there is population growth after the bottleneck event due to industrial and domestic waste pollution and the founder effect because the Sili Kediri fish population is a small population separated from the main population of the Brantas River. The genetic differentiation value of the Sili fish population with the comparison data population is included in the very high category with FST values in the Kediri group population with all groups including Central Java, West Java, and Malaysia showing successive values of 0,95534, 0,95698, and 0,82672. The high differentiation value in the population of the Kediri group with all groups is due to the species of the Kediri population with the species of all comparison populations are different, namely the Kediri population identified as Sili fish M. aculeatus, while in all comparison populations M. maculatus, so it is not possible to exchange genes between the two populations even though they are scattered in the same area, Sundaland.

Item Type:	Thesis (Sarjana)
Identification Number:	0523080673
Subjects:	600 Technology (Applied sciences) > 639 Hunting, fishing & conservation > 639.3 Culture of cold-blooded vertebrates
Divisions:	Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan > Budidaya Perairan
Depositing User:	soegeng Moelyono
Date Deposited:	04 Jan 2024 07:59
Last Modified:	04 Jan 2024 07:59
URI:	http://repository.ub.ac.id/id/eprint/205816

Text (DALAM MASA EMBARGO) Roofi Cahyaningtyas.pdf Restricted to Registered users only until 31 December 2025. Download (6MB)

Actions (login required)

View Item