Analisis Filogenetik dan Haplotype Network Ikan Sili (Macrognathus aculeatus) berdasarkan DNA Mitokondria Region Cytochrome C Oxidase Subunit I (COI) di Desa Gampingan, Kecamatan Pagak, Kabupaten Malang

Octavia, Reni and Wahyu Endra Kusuma,, S.Pi, MP, D.Sc and Aulia Rahmawati,, S.P., M.Sc. (2023) Analisis Filogenetik dan Haplotype Network Ikan Sili (Macrognathus aculeatus) berdasarkan DNA Mitokondria Region Cytochrome C Oxidase Subunit I (COI) di Desa Gampingan, Kecamatan Pagak, Kabupaten Malang. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.

Abstract

Ikan sili (Macrognathus aculeatus) merupakan salah satu ikan yang terdistribusi secara alami di perairan tawar indonesia yang memiliki potensi yang sangat tinggi. M. aculeatus tersebar di beberapa sungai utama di Sumatera, Sungai Kapuas Kalimantan, dan Pulau Jawa salah satunya yaitu pada Sungai Brantas. Sungai Brantas sebagai habitat M. aculeatus kini mengalami penurunan kualitas mutu air yang mengancam populasi didalamnya termasuk populasi M. aculeatus. Disisi lain, M. aculeatus semakin popular dikalangan masyarakat yang menyebabkan populasi ikan ini menurun karena produksi M. aculeatus masih mengandalkan hasil tangkap dan belum ada upaya domestikasi yang telah sampai pada tahap budidaya komersial. Perlu dilakukan upaya lebih lanjut untuk melakukan domestikasi. Informasi dasar mengenai hubungan kekerabatan dan asal-usul spesies sangat diperlukan untuk upaya domestikasi ini. Penelitian ini dilakukan dengan mengambil sampel di Daerah Aliran Sungai (DAS) Brantas, Waduk Dempok, Kabupaten Malang. Sampel yang telah didapat kemudian diambil bagian sirip dan daging. Region yang digunakan dalam penelitian ini adalah DNA Mitokondria Region Cytochrome C Oxidase Subunit I (COI) karena region ini sangat umum digunakan untuk analisis genetik pada hewan dan bersifat conserve. Sampel diekstraksi dengan metode kit, dan kemudian diamplifikasi dengan metode PCR untuk selanjutnya dilakukan uji kualitatif yaitu dengan elektroforesis dan visualisasi dengan UV Transilluminator. Amplikon yang didapat kemudian di sequencing memalui PT. Genetika Science Indonesia dan dilanjutkan ke 1st BASE DNA Sequencing Service di Singapura. Hasil sequencing berupa elektroferogram diolah menggunakan beberapa software diantaranya Chromas, UGENE, MESQUITE, MEGA, Network. Output dari pengolahan data ini yaitu rekonstruksi filogenetik, jarak genetik intra-spesies, jarak genetik inter-spesies, dan haplotype network. Analisis filogenetik dengan metode neighbor-joining menunjukkan bahwa spesies M. aculeatus memiliki kekerabatan yang dekat dengan M. siamensis. Individu pada spesies M. aculeatus termasuk kedalam satu clade yang sama dan memiliki jarak kekerabatan yang sangat dekat. Hal ini juga dibuktikan dari hasil pengukuran jarak genetik dimana antar individu pada spesies M. aculeatus berkisar antara 0,000 – 0,005, dan angka ini termasuk sangat kecil. Hasil visualisasi haplotype network sesuai dengan hasil rekonstruksi filogenetik. Spesies M. aculeatus pada penelitian ini terbagi menjadi 2 grup haplotype, angka ini menunjukkan keragaman yang kecil didalam populasi tersebut. Kemiripan genetik yang tinggi dikarenakan individu tersebut berasal dari popupasi yang sama. Upaya domestikasi yang dapat dilakukan dari data penelitian ini yaitu koleksi induk dan melakukan persilangan serta pengembalian benih kembali.

English Abstract

Spiny Eel (Macrognathus aculeatus) is a fish that is naturally distributed in Indonesian fresh waters with very high potential. M. aculeatus is spread in several main rivers in Sumatra, the Kapuas River in Kalimantan, and in Java, one of which is the Brantas Watersheds. Brantas Watersheds as the habitat of M. aculeatus is now have a decline in water quality which threatens the population therein including the population of M. aculeatus. On the other hand, M. aculeatus is increasingly popular among society which has caused this fish population to decline because M. aculeatus production still relies on catches and no domestication efforts have reached the commercial cultivation stage. Further efforts are needed to carry out domestication. Basic information regarding kinship and the origin of species is needed for this domestication effort. This research was conducted by taking samples in the Brantas Watershed, Dempok Reservoir, Malang Regency. The samples that have been obtained are taken from the fins and meat. The region used in this study is the Mitochondrial DNA Region Cytochrome C Oxidase Subunit I (COI) because this region is commonly used for genetic analysis in animals and conserved. The samples were extracted using the kit method and then amplified by the PCR method. The next step was to carry out qualitative tests, namely electrophoresis and visualization with UV transilluminators. Amplicons were then sequenced through PT. Genetika Science Indonesia and continued to 1st BASE DNA Sequencing Service in Singapore. The sequencing results in the form of electropherograms using several software including Chromas, UGENE, MESQUITE, MEGA, and Network. The output of this data processing is phylogenetic reconstruction, intra-species genetic distance, inter-species genetic distance, and haplotype network. Phylogenetic analysis using the neighbor-joining method showed that the species M. aculeatus has a close kinship with M. siamensis. Every individual in the species M. aculeatus belongs to the same clade and has a very close kinship. This was also proven from the measurements of genetic distance where individuals in the species M. aculeatus ranged from 0.000 – 0.005, which is very small. The results of the haplotype network visualization are consistent with the results of the phylogenetic reconstruction. M. aculeatus species in this study were divided into 2 haplotype groups, this number indicates little diversity within the population. This high genetic similarity is because these individuals come from the same population. Domestication efforts that can be carried out from this research data are parent collections and crossing and also restocking

Item Type:	Thesis (Sarjana)
Identification Number:	0523080642
Uncontrolled Keywords:	COI, Domestikasi, Filogenetik, Haplotype, M. aculeatus,COI, Domestication, Haplotype, Phylogenetic, M. aculeatus
Subjects:	600 Technology (Applied sciences) > 639 Hunting, fishing & conservation > 639.3 Culture of cold-blooded vertebrates
Divisions:	Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan > Budidaya Perairan
Depositing User:	soegeng sugeng
Date Deposited:	02 Jan 2024 08:25
Last Modified:	02 Jan 2024 08:25
URI:	http://repository.ub.ac.id/id/eprint/205728

Text (DALAM MASA EMBARGO) Reni Octavia.pdf Restricted to Registered users only until 31 December 2025. Download (7MB)

Actions (login required)

View Item