Amali, Nabilla Zahwa Putri and Prof. Dr. Sc. Asep Awaludin Prihanto,, S.Pi., MP and Hefti Salis Yufidasari,, S.Pi.,MP (2023) Isolasi Bakteriofag Spesifik Vibrio alginolyticus dari Sedimen dan Air Tambak Udang Vaname (Litopenaeus vannamei). Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.
Abstract
Tingginya angka produksi udang vaname harusnya diiringi dengan peningkatan mutu untuk keamanan konsumen. Salah satu syarat mutu udang adalah bebas cemaran bakteri Vibrio sp. Salah satu jenis bakteri Vibrio yang merupakan patogen penting dalam keamanan pangan adalah Vibrio alginolyticus. Pencegahan dan pengendalian foodborne disease akibat cemaran Vibrio alginolyticus saat ini dilakukan melalui penggunaan antibiotik secara masif yang menyebabkan munculnya strain Vibrio alginolyticus yang resisten terhadap antibiotik. Alternatif lainnya adalah bakteriofag. Bakteriofag adalah virus yang secara spesifik menginfeksi bakteri sebagai inangnya. Bakteriofag bersifat non-toxic bagi manusia dan dapat membasmi bakteri biofilm sehingga lebih menjanjikan daripada antibiotik. Oleh karena itu, dilakukanlah penelitian ini yang bertujuan untuk mengisolasi bakteri Vibrio alginolyticus dari udang vaname serta bakteriofag dari air dan sedimen tambaknya. Metode penelitian yang digunakan adalah deskriptif eksploratif dengan dua tahap penelitian. Pada tahap pertama, bakteri Vibrio alginolyticus diisolasi dari hepatopankreas udang vaname dengan metode pour plate kemudian dipurifikasi dan diidentifikasi. Uji biokimia dengan uji katalase, TSIA 2%, voges proskauer, motilitas, indol, H2S, gelatinase, dan fermentasi karbohidrat (glukosa dan sukrosa). Identifikasi molekuler dilakukan PCR dengan sekuen 16S rDNA kemudian disekuensing dan dibandingkan dengan database. Pada penelitian tahap kedua, bakteriofag disolasi dari sampel air (AT) dan sedimen (ST) tambak udang vaname dengan metode double layer agar. Kemudian dilakukan pembuatan stok dengan metode flooding dan dihitung densitasnya. Berikutnya dilakukan uji konfirmasi dan uji kisaran inang. Dari hasil identifikasi morfologis didapatkan tiga isolat terduga Vibrio alginolyticus yaitu AU11, CU13, dan CU14. Dari uji biokimia diduga dua isolat yaitu AU11 dan CU13 adalah Vibrio alginolyticus, sedangkan isolat CU14 diduga sebagai Vibrio vulnificus. Setelah dilakukan PCR dan sekuensing diketahui bahwa isolat AU11 merupakan Vibrio alginolyticus YWT6-68 (similaritas 99,86%), sedangkan isolat CU13 merupakan Vibrio alginolyticus WAB2252 (similaritas 99,08%). Hasil isolasi fag mengasilkan kedua sampel positif plaque dengan densitas 3,6×104 PFU/mL untuk fag AT dan 1,69×107 PFU/mL untuk fag ST. Dari uji konfirmasi, kedua lisat fag sudah mampu melisiskan inang pada konsentrasi 101 PFU/mL. Dari uji kisaran inang diketahui bahwa kedua lisat fag juga mampu melisiskan bakteri Vibrio harveyi, Vibrio parahaemolyticus, dan Vibrio cholerae. Sehingga dari penelitian yang telah dilakukan diketahui bahwa udang vaname mengandung bakteri Vibrio alginolyticus, sedangkan air dan sedimen tambaknya mengandung bakteriofag litik. Saran dari penelitian ini untuk penelitian selanjutnya adalah perlu dilakukan karakterisasi lebih lanjut terhadap fag yang terisolasi.
English Abstract
The high production rate of vannamei shrimp should be accompanied by an increase in quality for consumer safety. One of the requirements for shrimp quality is free from contamination by Vibrio sp. One type of Vibrio bacteria which is an important pathogen in food safety is Vibrio alginolyticus. Prevention and control of foodborne disease due to Vibrio alginolyticus contamination is currently carried out through the massive use of antibiotics which has led to the emergence of Vibrio alginolyticus strains that are resistant to antibiotics. Another alternative is bacteriophages. Bacteriophages are viruses that specifically infect bacteria as their host. Bacteriophages are non-toxic to humans and can eradicate biofilm bacteria, making them more promising than antibiotics. Therefore, this research was carried out which aimed to isolate Vibrio alginolyticus bacteria from vannamei shrimp and bacteriophages from the water and pond sediments. The research method used is descriptive exploratory with two stages of research. In the first stage, Vibrio alginolyticus bacteria were isolated from the hepatopancreas of vannamei shrimp using the pour plate method and then purified and identified. Biochemical test with catalase test, TSIA 2%, voges proskauer, motility, indole, H2S, gelatinase, and carbohydrate fermentation (glucose and sucrose). Molecular identification was carried out by PCR with 16S rDNA sequences then sequenced and compared with the database. In the second phase of the study, bacteriophages were isolated from water samples (AT) and sediment (ST) of vannamei shrimp ponds using the double layer agar method. Then stock is made using the flooding method and the density is calculated. Next, confirmatory tests and host range tests were carried out. From the results of morphological identification, three suspected Vibrio alginolyticus isolates were obtained, namely AU11, CU13, and CU14. From biochemical tests, it was suspected that the two isolates, namely AU11 and CU13, were Vibrio alginolyticus, while isolate CU14 was suspected as Vibrio vulnificus. After PCR and sequencing it was found that isolate AU11 was Vibrio alginolyticus YWT6-68 (99.86% similarity), while isolate CU13 was Vibrio alginolyticus WAB2252 (99.08% similarity). The results of phage isolation produced both plaque positive samples with a density of 3.6 × 104 PFU/mL for AT phage and 1.69 × 107 PFU/mL for ST phage. From the confirmation test, both phage lysates were able to lyse the host at a concentration of 101 PFU/mL. From the host range test it was known that both phage lysates were also able to lyse the bacteria Vibrio harveyi, Vibrio parahaemolyticus, and Vibrio cholerae. So from the research that has been done it is known that vannamei shrimp contain Vibrio alginolyticus bacteria, while the water and pond sediments contain lytic bacteriophages. Suggestions from this study for further research is that it is necessary to further characterize isolated phages.
| Item Type: | Thesis (Sarjana) |
|---|---|
| Identification Number: | 0523080580 |
| Uncontrolled Keywords: | bakteriofag, biokontrol, foodborne disease, Vibrio alginolyticus-bacteriophage, biocontrol, foodborne disease, Vibrio alginolyticus |
| Subjects: | 600 Technology (Applied sciences) > 639 Hunting, fishing & conservation > 639.2 Commercial fishing, whaling, sealing |
| Divisions: | Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan > Teknologi Hasil Perikanan |
| Depositing User: | soegeng sugeng |
| Date Deposited: | 21 Dec 2023 06:48 |
| Last Modified: | 21 Dec 2023 06:48 |
| URI: | http://repository.ub.ac.id/id/eprint/205455 |
![[thumbnail of DALAM MASA EMBARGO]](http://repository.ub.ac.id/style/images/fileicons/text.png) |
Text (DALAM MASA EMBARGO)
Nabilla Zahwa Putri Amali.pdf Restricted to Registered users only until 31 December 2025. Download (4MB) |
Actions (login required)
 |
View Item |