Analisis Filogenetik dan Jejaring Haplotype Ikan Sili (Macrognathus aculeatus) Berdasarkan DNA Mitokondria Region Cytochrome C Oxidase Subunit I (COI) Pada Daerah Aliran Sungai (DAS) Brantas, Kecamatan Gampengrejo, Kabupaten Kediri, Jawa Timur.

Sejati, Bekti Ahmad and Wahyu Endra Kusuma,, S.Pi, MP, D.Sc and Muhammad Dailami,, S.Si, M.Si (2023) Analisis Filogenetik dan Jejaring Haplotype Ikan Sili (Macrognathus aculeatus) Berdasarkan DNA Mitokondria Region Cytochrome C Oxidase Subunit I (COI) Pada Daerah Aliran Sungai (DAS) Brantas, Kecamatan Gampengrejo, Kabupaten Kediri, Jawa Timur. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.

Abstract

Sungai Brantas merupakan sungai terpanjang kedua di Pulau Jawa setelah Sungai Begawan Solo. Sungai Brantas melintasi beberapa wilayah di daerah Jawa Timur, salah satu wilayah yang dilintasi aliran sungai ini yaitu Kabupaten Kediri, Jawa Timur. Sungai Brantas banyak dihuni oleh beberapa spesies ikan, salah satu spesies yang ditemukan pada sungai ini yaitu spesies ikan sili (Macrognathus aculeatus). Ikan sili banyak dimanfaatkan oleh masyarakat untuk dikonsumsi karena memiliki rasa yang unik. Disisi lain ikan sili juga dapat digunakan sebagai ikan hias karena memiliki corak tubuh yang menarik. Atas alasan tersebut, banyak masyarakat yang melakukan penangkapan ikan sili di alam, dimana eksploitasi berlebihan yang tidak disertai dengan adanya konservasi dan budidaya dapat mengancam keberadaan populasi ikan sili di alam. Diperlukan suatu tindakan untuk mengetahui asal-usul dari ikan sili melalui studi filogenetik yang nantinya hasil analisis tersebut dapat bermanfaat untuk menentukan langkah konservasi serta kegiatan budidaya kedepannya. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui, menganalisis, serta mendeskripsikan hubungan kekerabatan melalui studi filogenetik dan analisis jejaring haplotype yang dilakukan pada spesies ikan sili di Daerah Aliran Sungai (DAS) Brantas, Kabupaten Kediri, Jawa Timur. Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Hidrobiologi Divisi Sumbedaya Perikanan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan serta di Laboratorium Diversitas Hewan, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Brawijaya. Penelitian kali ini menggunakan beberapa parameter yaitu hubungan kekerabatan, bootstrap, clade, dan jarak genetik. Hasil analisis yang didapatkan yaitu ikan sili Kediri memiliki panjang basa ±655 bp dengan nilai query cover pada analisis menggunakan BLAST sebesar 99-100%. Analisis rekonstruksi pohon filogenetik ikan sili terbagi ke dalam 4 clade dengan 3 clade ingroup dan 1 clade outgroup. Hasil perhitungan jarak genetik intrapopulasi Kediri didapatkan nilai sebesar 0-1,38%, yang menandakan populasi ikan sili Kediri masih berada dalam 1 spesies. Hasil analisis jarak genetik interpopulasi terendah ada pada populasi Lumajang dengan nilai 2,4% dan nilai tertinggi berada pada populasi China dengan nilai 18%. Hasil tersebut menunjukkan ikan sili Lumajang masih berkerabat dekat dengan ikan sili Kediri, sedangkan ikan sili China menunjukkan berkerabat jauh dengan ikan sili Kediri. Nilai jarak genetik yang tinggi diduga dikarenakan adanya potensi kesalahan identifikasi pada spesies ikan sili ataupun adanya spesiesi ikan akibat isolasi geografis dalam jangka waktu lama. Hasil jejaring haplotype menunjukkan ikan sili Kediri memiliki 7 haplotype berbeda yang menandakan adanya variasi

English Abstract

The Brantas river is the second longest river in Java island after the Begawan Solo River. The Brantas River crosses severa; areas in East Jawa, one of the areas traversed by this river is Kediri Regency, East Java. The Brantas River is inhabited by several species of fish, one of the species found in this river is the sili fish (Macrognathus aculeatus). Sili fish is widely used by the people for cosumption because it has a unique taste. On the other hand, sili fish can also be used as an ornamental fish because it has an attractive body pattern. For this reason, many people catch sili fish in nature, where over-exploitation that is not accompanied by conservation and cultivation can threaten the existence of sili fish populations in nature. An action is needed to find out the origin of the sili fish through phylogenetic studies which later the results of the analysis can be useful for determining conservation steps and future cultivation activities. This study aims to identify, analyze, and describe kinship through phylogenetic studies an haplotype network analysis conducted on sili fish species in the Brantas Watershed, Kediri Regency, East Java. The research was carried out at the Hydrobiology Laboratory of the Fisheries Resources Division, Faculty of Fisheries and Marine Sciences and at the Animal Diversity Laboratory, Faculty of Mathematics and natural Sciences, Brawijaya University. This research used several parameters, namely cosanguinity, bootstrap, clade, and genetic distance. The results of the analysis obtained are that the Kediri sili fish has a base length of ±655 bp with a query cover value in the analysis using BLAST of 99-100%. Reconstruction analysis of the sili fish phylogenetic tree was divided into 4 clades with 3 ingroup clades and 1 outgroup clade. The results of calculating the Kediri intrapopulation genetic distance obtained a value of 0-1.38%, which indicates the Kediri sili fish population is still within 1 species. The lowest interpopulation genetic distance analysis results were in the Lumajang population with a value of 2.4% and the highest value was in the Chinese population with a value of 18%. These results show that the Lumajang sili fish were still closely related to the Kediri sili fish, while the Chinese sili fish were distantly related to the Kediri sili fish. The suspected high genetic distance value was due to the potential for identification errors in sili fish species or the presence of fish species due to long-term geographic isolation. The results of the haplotype network showed that the Kediri sili fish had 7 different haplotypes indicating variation.

Item Type:	Thesis (Sarjana)
Identification Number:	0523080328
Uncontrolled Keywords:	bootstrap, clade, haplotype, hubungan kekerabatan, jarak genetik-bootstrap, clade, haplotype, kinship, genetic distance,
Subjects:	600 Technology (Applied sciences) > 639 Hunting, fishing & conservation > 639.3 Culture of cold-blooded vertebrates
Divisions:	Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan > Budidaya Perairan
Depositing User:	soegeng sugeng
Date Deposited:	30 Nov 2023 06:22
Last Modified:	30 Nov 2023 06:22
URI:	http://repository.ub.ac.id/id/eprint/204733

Text (DALAM MASA EMBARGO) Bekti Ahmad Sejati.pdf Restricted to Registered users only until 31 December 2025. Download (3MB)

Actions (login required)

View Item