Optimasi Suhu dan Waktu Inkubasi pada Metode Buffer Lisis untuk Deteksi DNA Anjing (Canis lupus familiaris) Menggunakan Primer CO1 Secara Real-Time PCR

Pramono, Surya and Dr. Ir. Joni Kusnadi,, M.Si (2022) Optimasi Suhu dan Waktu Inkubasi pada Metode Buffer Lisis untuk Deteksi DNA Anjing (Canis lupus familiaris) Menggunakan Primer CO1 Secara Real-Time PCR. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.

Abstract

Dewasa ini kebutuhan akan jenis pangan protein hewani terus meningkat, baik dalam bentuk daging segar maupun makanan olahan. Sebagai salah satu contoh, menurut Badan Pusat Statistik Nasional, impor daging sejenis lembu di tahun 2020 sebesar 223.423,7 ton, jauh meningkat dibandingkan 2015 yang hanya berkisar 50.000 ton. Selain komoditas lembu, banyak pula komoditas daging hewan lainnya yang diperjual belikan seperti ayam, babi, domba, kambing, dan lain sebagainya. Namun beberapa dari hewan tersebut dianggap tabu untuk dikonsumsi dan bahkan dianggap haram atau dilarang dikonsumsi bagi umat muslim. Salah satu contoh hewan yang dilarang dikonsumsi bagi umat muslim adalah anjing. Daging anjing memiliki kandungan kalium dan fosfor yang tinggi serta karakteristik fisik yang hampir mirip dengan daging kambing, domba, lembu, dan sejenisnya. Oleh karena itu rawan terjadi pencampuran daging antar spesies tersebut dengan anjing. Untuk mendeteksi adanya daging anjing dalam campuran tersebut, salah satu metode yang dapat dilakukan adalah deteksi menggunakan real-time PCR karena kemampuan deteksinya yang cepat dan akurat dalam tingkat DNA. Untuk mendapatkan hasil analisis PCR yang bagus, beberapa faktor perlu diperhatikan seperti cara isolasi DNA, primer, dan program PCR yang sesuai. Pada penelitian ini isolasi buffer lisis dengan komposisi EDTA 0,025 M; SDS 0,01 %; NaOH 0,2 M; NaCl 0,1 M; dan Tris-HCl 0,01 M dan inkubasi dengan suhu 95oC selama 25 menit pada sampel daging anjing menghasilkan isolat DNA yang optimal. Primer CO1 dengan urutan basa forward ‘5 -TCTCGCTTACAGCGGTGATG-’3 dan reverse ‘5-TTCGAACGTGTGGTATGGAG- ‘3 memiliki kemampuan amplifikasi yang baik dari segi spesifisitas dan sensitivitas dengan menggunakan suhu annealing 58oC pada pengujian real-time PCR. Pada sampel makanan olahan, primer ini mampu mendeteksi keberadaan DNA target yang berada pada makanan yang mengandung berbagai macam campuran bahan serta pemrosesan pada suhu tinggi.

English Abstract

Nowadays, the need for protein based on animal continues to increase, both in the form of fresh meat and processed foods. As an example, according to the Central Bureau of National Statistics, imports of meat such as beef in 2020 amounted to 223,423.7 tons, a far increase compared to 2015 which was only around 50,000 tons. In addition to beef commodities, many other animal meat commodities are traded, such as chicken, pork, sheep, goat, and so on. However, some of these animals are considered taboo for consumption and are even considered haram or prohibited for consumption by Muslims. One example of an animal that is prohibited for consumption by Muslims is a dog. Dog meat has a high potassium and phosphorus content and physical characteristics that are almost similar to goat, lamb, beef, and the like. Therefore, it is prone to mixing meat between these species with dogs. To detect the presence of dog meat in the mixture, one method that can be used is detection using real-time PCR because of its fast and accurate detection capability at the DNA level. To get a precise PCR analysis result, several factors need to be considered, such as the method of DNA isolation, primers, and the appropriate PCR program. In this study, the lysis buffer was isolated with a composition of 0.025 M EDTA; SDS 0.01%; NaOH 0.2 M; 0.1 M NaCl; and Tris-HCl 0.01 M and incubation at 95oC for 25 minutes on dog meat samples resulted in optimal DNA isolates. CO1 primer with base sequence forward '5-TCTCGCTTACAGCGGTGATG-'3 and reverse '5-TTCGAACGTGTGGTATGGAG-'3 has good amplification ability in terms of specificity and sensitivity by using annealing temperature of 58oC in real-time PCR testing. In processed food samples, this primer is able to detect the presence of target DNA in foods containing various mixtures of ingredients and processing at high temperatures.

Item Type:	Thesis (Sarjana)
Identification Number:	0522100473
Uncontrolled Keywords:	Annealing, buffer lisis, daging anjing, inkubasi, primer PCR dan Real-time PCR,Annealing, dog meat, incubation, lysis buffer, PCR primer, and Real-time PCR
Subjects:	600 Technology (Applied sciences) > 630 Agriculture and related technologies
Divisions:	Fakultas Teknologi Pertanian > Keteknikan Pertanian
Depositing User:	soegeng sugeng
Date Deposited:	15 Aug 2023 02:44
Last Modified:	15 Aug 2023 02:44
URI:	http://repository.ub.ac.id/id/eprint/202446

Text (DALAM MASA EMBARGO) Surya Pramono.pdf Restricted to Registered users only until 31 December 2024. Download (2MB)

Actions (login required)

View Item