Deteksi Dini Bakteri Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis pada Benih Tomat dengan Metode Spektroskopi Fourier Transform Infrared (FTIR)

Ma’alifah, Nur and Luqman Qurata Aini, SP., MP., Ph.D and Prof. Dr. Ir. Abdul Latief Abadi, MS. and Dr. Kestrilia Rega Prillianti, S.Si., M.Si. (2022) Deteksi Dini Bakteri Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis pada Benih Tomat dengan Metode Spektroskopi Fourier Transform Infrared (FTIR). Magister thesis, Universitas Brawijaya.

Abstract

Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis (Cmm) adalah bakteri yang menyebabkan layu bakteri dan kanker pada tomat. Penyakit ini pertama kali dilaporkan di Amerika Serikat pada tahun 1910, dan pada pertengahan tahun 1950-an telah menyebar di berbagai negara melalui benih dan bibit yang terinfeksi (Elphinstone & O’Neill, 2010). Cmm ditularkan melalui benih dan menyebabkan penyakit kanker bakteri pada tanaman tomat yang bisa menimbulkan kerusakan yang serius (Hayward & Waterston, 1964). Penurunan hasil karena infeksi Cmm pada tomat bisa mencapai 80% (Chang & Pataki,1992). Benih tomat yang terinfeksi merupakan sumber inokulum utama penyakit kanker bakteri sehingga sangat penting melakukan deteksi untuk mengetahui keberadaan bakteri patogen pada benih tersebut. Saat ini, metode BIO-PCR direkomendasikan untuk pendeteksian Cmm dalam sampel benih tomat. Namun metode deteksi BIO-PCR memiliki kekurangan yaitu memerlukan waktu yang lebih lama untuk menumbuhkan patogen pada media selektif, sekitar 2 sampai 3 hari untuk bakteri dan 5 sampai 7 hari untuk jamur (Walcott, 2003; Han et.al, 2018). Spektroskopi FTIR merupakan salah satu metode yang berhasil digunakan untuk mendeteksi dan mengidentifikasi mikroorganisme. Spektroskopi inframerah merupakan teknik analisis yang berdasarkan pada vibrasi atom molekul. Spektrum inframerah dari senyawa apapun diketahui memberikan 'sidik jari' yang unik. Dengan adanya informasi yang sudah diketahui tentang sebagian besar puncak-puncak spektral yang diperoleh dari spektra FTIR sel hidup, spektroskopi FTIR menjadi teknik yang menarik untuk mendeteksi dan mengidentifikasi patogen (Erukhimovitch et al., 2005). Keefektifan spektroskopi FTIR adalah memiliki sensitivitas tinggi, cepat, dan sederhana dalam preparasi sampel. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk melakukan evaluasi pada metode spektroskopi FTIR yang diharapkan dapat digunakan sebagai metode alternatif deteksi bakteri Cmm pada benih tomat, melakukan evaluasi pada metode spektroskopi FTIR yang diharapkan dapat membedakan bakteri Cmm dengan bakteri patogen terbawa benih tomat lainnya, dan untuk mengetahui sensitifitas metode spektroskopi FTIR dalam mendeteksi bakteri Cmm pada benih tomat

English Abstract

Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis (Cmm) is a bacterium that causes bacterial wilt and cancer in tomatoes. The disease was first reported in the United States in 1910, and by the mid-1950s, it had spread to many countries through infected seeds and seedlings (Elphinstone & O'Neill, 2010). Cmm is transmitted through seeds and causes bacterial canker disease in tomato plants, which can cause serious damage (Hayward & Waterston, 1964). Cmm infection can reduce tomato yield by up to 80% (Chang & Pataki, 1992).Infected tomato seeds are the main source of inoculum for bacterial cancer, so it is very important to carry out detection to determine the presence of pathogenic bacteria in these seeds. Currently, the BIO-PCR method is recommended for the detection of Cmm in tomato seed samples. However, the BIO-PCR detection method has drawbacks, namely that it requires a longer time to grow pathogens on selective media, around 2 to 3 days for bacteria and 5 to 7 days for fungi (Walcott, 2003; Han et al., 2018). FTIR spectroscopy is a method that has been successfully used to detect and identify microorganisms. Infrared spectroscopy is an analytical technique based on the vibrations of atomic molecules. The infrared spectrum of any compound is known to provide a unique 'fingerprint'. Given the information already known about most of the spectral peaks obtained from the FTIR spectra of living cells, FTIR spectroscopy is becoming an attractive technique for detecting and identifying pathogens (Erukhimovitch et al., 2005). The effectiveness of FTIR spectroscopy is that it has high sensitivity, is fast, and is simple in sample preparation. The purpose of this study is to evaluate the FTIR spectroscopy method, which is expected to be used as an alternative method for detecting Cmm bacteria in tomato seeds, to evaluate the FTIR spectroscopy method, which is expected to be able to distinguish Cmm bacteria from pathogenic bacteria carried by other tomato seeds, and to determine the sensitivity of the FTIR spectroscopy method in detecting Cmm bacteria in tomato seeds.

Item Type:	Thesis (Magister)
Identification Number:	0422040069
Uncontrolled Keywords:	Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis, Bakteri, Deteksi, Spektroskopi FTIR, PCA, Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis, Bacteria, Detection, Spectroscopy FTIR, PCA
Subjects:	300 Social sciences > 338 Production > 338.1 Agriculture
Divisions:	S2/S3 > Magister Ilmu Tanaman, Fakultas Pertanian
Depositing User:	PKN 01 UB
Date Deposited:	09 Jun 2023 06:40
Last Modified:	09 Jun 2023 06:40
URI:	http://repository.ub.ac.id/id/eprint/201340

Text (DALAM MASA EMBARGO) Nurma Alifah.pdf Restricted to Registered users only until 31 December 2024. Download (21MB)

Actions (login required)

View Item