Studi Molekular Docking dan Prediksi ADME-T Senyawa Alkaloid Batang Songga (strychnos lucida) Terhadap Protein plasmodium falciparum sebagai Antimalaria

Nuraini, Hafizhah and apt. Uswatun Khasanah,, S.Farm., M.Farm and apt. Alvan Febrian Shalas,, S.Farm., M.Farm. (2022) Studi Molekular Docking dan Prediksi ADME-T Senyawa Alkaloid Batang Songga (strychnos lucida) Terhadap Protein plasmodium falciparum sebagai Antimalaria. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.

Abstract

Malaria yang disebabkan oleh parasit plasmodium falciparum merupakan jenis malaria yang paling banyak menyebabkan kematian. Masalah resistensi parasit p. falciparum terhadap obat-obatan antimalaria yang saat ini digunakan mendorong kebutuhan untuk mencari kandidat obat baru yang lebih poten. Kandungan alkaloid pada batang songga diduga memiliki potensi penghambatan terhadap p. falciparum. Akan tetapi, mekanisme batang songga dalam menghambat pertumbuhan p. falciparum belum sepenuhnya diketahui. Penelitian ini bertujuan mengetahui potensi alkaloid batang songga dalam menghambat berbagai protein target p. falciparum dengan menganalisis drug-likeness nilai rerank score, ikatan hidrogen, interaksi sterik, interaksi elektrostatik, serta ADME�T secara in silico. Skrining drug-likeness ligan alkaloid batang songga dilakukan untuk memenuhi Lipinski’s rule of five. Tanimoto similarity dilakukan untuk menilai keserupaan struktur senyawa uji dengan senyawa pembanding. Molekular docking dilakukan dengan metode blind docking menggunakan Molegro Virtual Docker (MVD). Prediksi sifat farmakokinetik dan toksisitas dari semua ligan menggunakan webserver online pkCSM. Seluruh ligan alkaloid batang songga berpotensi menjadi obat aktif secara oral karena memenuhi 5 aturan Lipinski. Analisis docking menunjukkan bahwa brucine, beta-colubrine, loganin memiliki interaksi pengikatan terbaik dengan target protein FLN (-66.2766) yakni sebesar -67.7602, -67.7602, dan -70.0849. Sedangkan pada target protein DHFR, loganin memiliki nilai rerank score lebih kecil dibandingkan ligan kontrol (-101.358) yakni -109.369. Senyawa beta-colubrine (-97.0055), loganin (-103.268), akuammidine (-103.268), brucine (- 117.053) dan 4-Methyl-5-[3- trifluoromethylphenoxy]-6-methoxy-8-nitroquinoline (- 109.571) memiliki afinitas ikatan lebih baik dibandingkan ligan kontrol pada protein target ENR (95.5645). Pada protein target LDH, loganin (-82.361) diketahui memiliki afinitas ikatan lebih baik dibanding ligan kontrol (-79.6955). Prediksi ADME-T menunjukkan loganin dan brucine memiliki profil ADME-T paling baik dibandingkan senyawa lain yang memiliki rerank score lebih kecil terhadap pembanding. Berdasarkan hasil penelitian, disimpulkan bahwa senyawa loganin berpotensi sebagai antimalaria yang ditargetkan pada protein FLN, DHFR, ENR dan LDH.

English Abstract

Plasmodium falciparum is the type of malaria that most often causes severe and life-threatening malaria. The burden of malaria is further aggravated by the development of parasite resistance against currently used antimalarial drugs. The content of alkaloids in the stem of songga is thought to have the potential to inhibit p. falciparum. However, the mechanism of songga stem in inhibiting the growth of p. falciparum is not known. The aim of this study was to determine the potency of the stem alkaloids in inhibiting various target proteins of p. falciparum by analyzing drug-likeness, rerank score, hydrogen, steric interactions, electrostatic interactions, and pharmacokinetic-toxicity in silico. Druglikeness screening of the alkaloid of songga stem ligands was carried out to comply with Lipinski's five rules. Docking analysis showed that brucine, beta-colubrine, loganin had the best binding interactions with FLN protein targets (-66.2766) which were -67.7602, -67.7602, and -70.0849. Meanwhile, for the DHFR protein target, loganin has a lower rerank score than the control ligand (-101,358) which is -109,369. Compounds beta�colubrine (-97.0055), loganin (-103.268), akuammidine (-103.268), brucine (- 117053) and 4-Methyl-5-[3-trifluoromethylphenoxy]-6-methoxy-8-nitroquinoline (- 109571) has a better binding affinity than the control ligand on the target protein ENR (95.5645). In LDH target protein, loganin (-82.361) is known to have a better binding affinity than control ligand (-79.6955). ADME-T predictions showed that most of the ligands loganin and brucine has the best pharmacokinetic and toxicity profile. Based on the results of the study, it was concluded that the compound loganin has potential as an antimalarial targeted at FLN, DHFR, ENR, and LDH proteins.

Item Type:	Thesis (Sarjana)
Identification Number:	052206
Uncontrolled Keywords:	: Alkaloid; songga; strychnos lucida; malaria; plasmodium falciparum; molekular docking.-Alkaloid; songga; strychnos ligustrina; malaria; plasmodium falciparum; molecular docking
Subjects:	600 Technology (Applied sciences) > 615 Pharmacology and therapeutics > 615.1 Drugs (materia medica)
Divisions:	Fakultas Kedokteran > Farmasi
Depositing User:	soegeng sugeng
Date Deposited:	06 Jun 2023 02:41
Last Modified:	06 Jun 2023 02:41
URI:	http://repository.ub.ac.id/id/eprint/200814

Text (DALAM MASA EMBARGO) Hafizhah Nuraini.pdf Restricted to Registered users only until 31 December 2024. Download (8MB)

Actions (login required)

View Item