Identifikasi Gastropoda Famili Neritidae serta Analisis Morfologi dan Molekuler Keong Turbo (Neritina (Vittina) turrita) di Ekosistem Mangrove Taman Nasional Baluran, Kabupaten Situbondo

Delasari, Faikha Arsita and Ade Yamindago,, S.Kel, MP, M.Sc, Ph.D and Defri Yona,, S.Pi, M.Sc.stud., D.Sc (2022) Identifikasi Gastropoda Famili Neritidae serta Analisis Morfologi dan Molekuler Keong Turbo (Neritina (Vittina) turrita) di Ekosistem Mangrove Taman Nasional Baluran, Kabupaten Situbondo. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.

Abstract

Vittina turrita adalah salah satu gastropoda yang termasuk ke dalam Famili Neritidae. Neritidae dapat ditemukan mendiami perairan air asin, payau, dan air tawar. Cangkang Neritidae bisa sangat polimorfik dikarenakan beberapa spesies memiliki cangkang dengan warna dan pola yang beragam, sehingga dapat menimbulkan masalah identifikasi di lapang. Taman Nasional Baluran memiliki ekosistem berupa ekosistem mangrove, lamun, dan terumbu karang dengan keanekaragaman satwa yang melimpah dan masih terjaga. Identifikasi makhluk hidup dapat dilakukan dengan dua cara yaitu secara morfologi dan molekuler. Identifikasi secara morfologi dilakukan untuk mengetahui keragaman organisme dengan melihat karakteristik tubuh dari organisme tersebut. Identifikasi secara molekuler dapat dilakukan dengan menggunakan metode Barkode DNA. GenBank menyediakan informasi sekuen nukleotida dari berbagai organisme yang telah dilakukan oleh penelitian terdahulu. Penelitian ini dilakukan untuk mengidentifikasi keanekaragaman morfologi Famili Neritidae khususnya Vittina turrita. Penelitian ini dilakukan pada bulan Mei hingga Juni 2022 di Taman Nasional Baluran, Situbondo, Jawa Timur. Pengambilan sampel dilakukan pada dua lokasi yaitu Pantai Bama dan Pantai Kahona. Pengamatan morfologi dengan mengamati bentuk, corak cangkang, putaran cangkang (sworls), puncak dan permukaan cangkang. Cangkang Vittina turrita juga diukur lebar dan tingginya. Metode yang digunakan untuk isolasi DNA dengan metode Chelex. Amplifikasi DNA dilakukan dengan menggunakan primer universal LCO1490 dan HCO2198. Analisis jarak genetik dilakukan menggunakan sekuen dari GenBank lalu diolah pada BLAST dan MEGA dengan metode Kimura 2-parameter. Hasil identifikasi didapatkan terdapat 5 spesies Neritidae yang ditemukan yaitu Nerita lineata, Nerita planospira, Nerita polita, Vittina turrita, dan Nerita undata. Ditemukan Vittina turrita dengan 3 corak yang berbeda berada pada kawasan yang sama. Vittina turrita axial memiliki cangkang yang lebih ramping dan panjang dibandingkan Vittina turrita spiral. Hasil isolasi menggunakan metode Chelex menunjukkan konsentrasi DNA yang cukup banyak tetapi kemurniannya rendah. Hasil amplifikasi DNA Vittina turrita belum dapat menunjukkan pita DNA yang terbentuk. Hal ini dapat terjadi akibat jumlah konsentrasi DNA yang sedikit, adanya kontaminasi zat lain, dan primer yang belum dapat mengamplifikasi DNA target. Analisis jarak genetik sekuen Vittina dari Genbank menunjukkan bahwa terdapat jarak genetik antara spesies Vittina turrita yang di temukan pada wilayah berbeda. Selain itu, jarak genetik Vittina natalensis, Vittina coromandeliana, dan Vittina gagates dengan Vittina turrita tidak begitu besar, menandakan bahwa spesies-spesies ini kemungkinan besar memiliki garis leluhur yang sama.

English Abstract

Vittina turrita is a gastropod belonging to the Neritidae family. Neritidae can be found inhabiting saltwater, brackish and fresh water. Neritidae shells can be polymorphic as some species have multiple-colored shells and various patterns, this can lead to identification problems in the field. Baluran National Park has mangroves, seagrasses, and coral reefs ecosystem with well-maintained animal diversity. Identification of organisms can be done morphologically and molecularly. Morphological identification is carried out to determine the diversity by looking at the body characteristics of an organism. Molecular identification can be done using the DNA Barcoding. GenBank provides nucleotide sequence information from various organisms that have been carried out by previous studies. This research was conducted to identify the morphological diversity of the Neritidae family, especially Vittina turrita. This research was conducted from May to June 2022 in Baluran National Park, Situbondo, East Java. Sampling was carried out at Bama Beach and Kahona Beach. Morphological observations were carried out by observing the shape, shell pattern, shell rotation (sworls), peak, and shell surface. The shell of Vittina turrita is also measured in width and height. The method used for DNA isolation is the Chelex method. DNA amplification was performed using universal primers LCO1490 and HCO2198. Genetic distance analysis was performed using sequences from GenBank and then processed on BLAST and MEGA with the 2-parameter Kimura method. Identification results showed that there were 5 species of Neritidae found, Nerita lineata, Nerita planospira, Nerita polita, Vittina turrita, and Nerita undata. There are Vittina turrita with 3 different patterns that found in the same area. The Vittina turrita with axial pattern has a slimmer and longer shell than the Vittina turrita with spiral pattern. The results of DNA extraction using the Chelex method showed quite a lot of DNA concentration but it has low purity. The DNA amplification results of Vittina turrita could not yet show the DNA bands that were formed. This could occur due to the small amount of DNA concentration, the presence of contamination with other substances, and the primers that could not amplify the target DNA. Genetic distance analysis of the Vittina sequences from Genbank shows that there is a genetic distance between the Vittina turrita found in different areas. In addition, the genetic distance between Vittina natalensis, Vittina coromandeliana, and Vittina gagates and Vittina turrita is not far, indicating that these species presumably share the same ancestral line.

Item Type:	Thesis (Sarjana)
Identification Number:	0522080387
Subjects:	500 Natural sciences and mathematics > 551 Geology, hydrology, meteorology > 551.4 Geomorphology and hydrosphere > 551.46 Oceanography and submarine geology
Divisions:	Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan > Ilmu Kelautan
Depositing User:	soegeng sugeng
Date Deposited:	26 May 2023 06:59
Last Modified:	26 May 2023 06:59
URI:	http://repository.ub.ac.id/id/eprint/200473

Text (DALAM MASA EMBARGO) Faikha Arsita Delasari.pdf Restricted to Registered users only until 31 December 2024. Download (3MB)

Actions (login required)

View Item