Identifikasi Spesies Tilapia Liar di Ranu Klakah Berdasarkan Wilayah Kontrol DNA Mitokondria

Budiman, Alya Rifdha and Dr. Yuni Kilawati,, S.Pi, M.Si (2022) Identifikasi Spesies Tilapia Liar di Ranu Klakah Berdasarkan Wilayah Kontrol DNA Mitokondria. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.

Abstract

Ranu Klakah berlokasi di Desa Tegal Randu, Kecamatan Klakah, Kabupaten Lumajang. Ranu Klakah merupakan salah satu danau yang dijadikan sebagai destinasi obyek wisata bagi wisatawan dengan harga yang terjangkau. Selain menjadi tempat objek wisata, Ranu Klakah dapat dijadikan sebagai tempat penangkapan ikan bagi nelayan serta pemancing. Ranu klakah juga merupakan danau yang digunakan sebagai tempat budidaya ikan. Jenis ikan yang terdapat pada Ranu Klakah yaitu ikan nila (Oreochromis niloticus). Namun seiring banyaknya kegiatan yang dilakukan di Ranu Klakah dapat menimbulkan perubahan kualitas air. Kemudian belum adanya data mengenai jenis ikan nila liar yang ada di Ranu Klakah. Oleh karena itu, perlu dilakukan identifikasi lebih lanjut dengan menggunakan metode morfologi dan molekuler untuk mengetahui spesies ikan nila. Tujuan dalam penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi jenis ikan nila liar di Ranu Klakah dan menganalisis kondisi kualitas air di Ranu Klakah. Identifikasi ikan nila liar dilakukan secara morfologi dan molekuler. Morfologi dilakukan pengukuran morfometrik dan meristik sedangkan molekuler menggunakan teknik PCR kemudian dianalisis sekuensing. Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Mei 2020 hingga Agustus 2020 di Ranu Klakah. Pengambilan data lapang dilaksanakan pada tanggal 26 Mei 2022. Data primer yang diambil sampel ikan dan sampel air danau. Sedangkan data sekunder diambil dari beberapa literatur seperti dari jurnal atau buku. Analisis DNA mitokondria yaitu dimulai dari proses ekstraksi DNA, amplifikasi DNA, dan sampai Elektroforesis dilakukan di LSIH. Setelah itu, sekuensing DNA dilakukan di PT. Genetika Science Indonesia melalui proses 1st BASE DNA Sequencing Service di Singapura. Analisis sekuensing dilakukan dengan program Bioedit, kemudian membandingkan di GenBank dan terakhir analisis pohon filogenetik. Kualitas air diukur secara langsung di Ranu Klakah, dan parameter BOD dilakukan di Laboratorium Hidrobiologi. Berdasarkan hasil identifikasi dari program BLAST menunjukkan bahwa pada ketiga sampel ikan yang berada di alam liar Ranu Klakah tersebut merupakan jenis ikan nila (Oreochromis niloticus). Berdasarkan hasil pohon filogenetik sampel D merupakan jenis Oreochromis niloticus sedangkan pada sampel E dan sampel F tidak teridentifikasi diduga terdapat kendala di hasil sekuensing atau merupakan strain baru yang tidak terdata di GenBank. Hasil dari pengukuran kualitas air dapat disimpulkan bahwa danau Ranu Klakah tergolong baik. Hasil pengukuran pada parameter suhu yaitu antara 27°C – 28 °C, nilai pH pada perairan yaitu 7, DO pada perairan antara 11,8 mg/L – 13,3 mg/L, nilai BOD antara 1,8 mg/L – 3,1 mg/L, konsentrasi amonia pada perairan <0,15, konsentrasi nitrat pada perairan yaitu 0 mg/L, dan nitrat pada perairan berkisar antara 25 mg/L – 50 mg/L.

English Abstract

Ranu Klakah is located in Tegal Randu Village, Klakah District, Lumajang Regency. Ranu Klakah is one of the lakes that is used as a tourist destination for tourists at an affordable price. In addition to being a tourist attraction, Ranu Klakah can be used as a fishing ground for fishermen and anglers. Ranu klakah is also a lake that is used as a place for fish cultivation. The type of fish found in Ranu Klakah is tilapia (Oreochromis niloticus). However, along with the many activities carried out at Ranu Klakah, it can cause changes in water quality. Then there is no data regarding the types of wild tilapia in Ranu Klakah. Therefore, it is necessary to further identify using morphological and molecular methods to determine the species of tilapia. The purpose of this study was to identify wild tilapia species in Ranu Klakah and to analyze water quality conditions in Ranu Klakah. Identification of wild tilapia was carried out morphologically and molecularly. Morphology was measured by morphometric and meristic while molecular using PCR technique and then analyzed by sequencing. This research was conducted from May 2020 to August 2020 at Ranu Klakah. Field data collection was carried out on May 26, 2022. Primary data were taken from fish samples and lake water samples. While secondary data is taken from several literatures such as from journals or books. Mitochondrial DNA analysis starts from the DNA extraction process, DNA amplification, and until electrophoresis is carried out at LSIH. After that, DNA sequencing was carried out at PT. Genetic Science Indonesia through the process of 1st BASE DNA Sequencing Service in Singapore. Sequencing analysis was carried out with the Bioedit program, then compared in GenBank and finally the phylogenetic tree analysis. Water quality was measured directly at Ranu Klakah, and BOD parameters were measured at the Hydrobiology Laboratory. Based on the identification results from the BLAST program, it shows that in the three samples of fish in the wild, Ranu Klakah is a type of tilapia (Oreochromis niloticus). Based on the results of the phylogenetic tree, sample D is a type of Oreochromis niloticus, while sample E and sample F are not identified, it is suspected that there are problems in the sequencing results or are new strains that are not recorded in GenBank. The results of water quality measurements can be concluded that it is still fairly good in Ranu Klakah lake. The measurement results on temperature parameters are between 27°C – 28°C, pH value in waters is 7, DO in waters is between 11.8 mg/L – 13.3 mg/L, BOD value is between 1.8 mg/L – 3.1 mg/L, ammonia concentration in waters <0.15, nitrate concentration in waters 0 mg/L, and nitrate in waters ranged from 25 mg/L – 50 mg/L.

Item Type:	Thesis (Sarjana)
Identification Number:	0522080233
Subjects:	600 Technology (Applied sciences) > 639 Hunting, fishing & conservation > 639.3 Culture of cold-blooded vertebrates
Divisions:	Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan > Manajemen Sumberdaya Perairan
Depositing User:	soegeng Moelyono
Date Deposited:	14 Mar 2023 01:35
Last Modified:	14 Mar 2023 01:35
URI:	http://repository.ub.ac.id/id/eprint/197534

Text (DALAM MASA EMBARGO) Alya Rifdha Budiman.pdf Restricted to Registered users only until 31 December 2024. Download (4MB)

Actions (login required)

View Item