Analisis Variasi Morfologi dan Molekuler Ikan Tongkol (Euthynnus affinis) dari PPP Pondokdadap Kabupaten Malang dan Pasar Ikan Pabean Surabaya

Taris, Abyan Allam and Ade Yamindago,, S.Kel, MP, M.Sc, Ph.D and M. Arif As`adi,, S.Kel, M.Sc (2022) Analisis Variasi Morfologi dan Molekuler Ikan Tongkol (Euthynnus affinis) dari PPP Pondokdadap Kabupaten Malang dan Pasar Ikan Pabean Surabaya. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.

Abstract

Ikan tongkol (Euthynnus affinis) merupakan ikan pelagis yang menjelajahi perairan terbuka terutama di wilayah Indo–pasifik. Ikan tongkol merupakan ikan yang umum diperjualbelikan di PPP Pondokdadap, Kab. Malang dan Pasar Ikan Pabean, Kota Surabaya. Ikan tongkol yang diperjualbelikan di PPP Pondokdadap umumnya ditangkap langsung oleh nelayan di Perairan Selatan Pulau Jawa, sedangkan yang diperjualbelikan di Pasar Ikan Pabean ditangkap di Perairan Utara Pulau Jawa. Di kedua laut tersebut terdapat perbedaan karakteristik perairan, oleh karena itu diperlukan analisis morfologi dan molekuler untuk mengetahui karakteristik ikan tongkol (E. affinis), apakah terdapat perbedaan secara morfologi dan molekuler dari PPP Pondokdadap Kab. Malang dan Pasar Ikan Pabean, Kota Surabaya. Tujuan dari penelitian ini untuk mengetahui keragaman morfologi dan molekuler ikan tongkol (E. affinis) dari PPP Pondokdadap dan Pasar Ikan Pabean yang dapat menjadi referensi untuk manajemen penangkapan ikan tongkol terkait kebiasaan ikan dan untuk mengetahui apakah perbedaan lokasi dapat mempengaruhi keragaman morfologi dan molekuler ikan tongkol (E. affinis). Penelitian dilakukan pada bulan Juli 2022 hingga bulan Oktober 2022. Sampel dikoleksi dari PPP Pondokdadap Kab. Malang dan Pasar Ikan Pabean Surabaya. Analisis morfologi menggunakan metode geometrik morfometrik dengan karakter morfometrik sebagai data penguat. Digunakan 11 landmark dan 7 karakter morfometrik. Geometrik morfometrik menggunakan software TpsUtil, TpsDig, MorphoJ dan dianalisis dengan metode PCA, CVA dan DFA. Analisis 7 karakter morfometrik menggunakan software SPSS dianalisis dengan metode independent T test dan DFA. Analisis Molekuler terbagi menjadi 4 tahapan, yaitu: ekstraksi DNA, amplifikasi DNA, elektroforesis, dan sekuensing. Ekstraksi DNA menggunakan metode chelex 10%. Amplifikasi menggunakan metode PCR dengan marker Gen COI menggunakan primer LCO1490-HCO2198 dengan dua pengulangan. Elektroforesis menggunakan 1% gel agarosa. Sampel dalam penelitian ini masih tahap juvenil dengan panjang cagak 23.3 – 27.8 cm. Analisis PCA dari kedua lokasi menunjukkan bentuk dominan yang berpengaruh terhadap perbedaan bentuk pada PC1 – PC4 yaitu tinggi badan, kepala, sirip anal, sirip dorsal, panjang cagak, pangkal ekor dengan variasi kumulatif sebesar 86.2% dan dari PPP Pondokdadap dengan variasi kumulatif sebesar 81.5% tidak signifikan karena nilai PC1 p < 0.3. Faktor dominan yang berpengaruh terhadap perbedaan bentuk antar kelompok ditunjukkan pada CV1 yaitu kepala, tinggi badan, ukuran tubuh, sirip anal dan pangkal sirip ekor dengan p-value dari jarak mahalanobis sebesar p<0.001 dan jarak procrustes sebesar 0.005 menunjukkan perbedaan bentuk signifikan. Hasil uji Independent T test pada karakter morfometrik menunjukkan perbedaan yang tidak signifikan (p > 0,05). Hasil ekstraksi DNA didapatkan kurang murni dengan nilai rasio absorbansi 260/280 sebesar 1.51. Elektroforesis produk hasil PCR menunjukkan hasil belum berhasil. Pita genom terlihat samar dan hanya terlihat smear.

English Abstract

Kawakawa (Euthynnus affinis) is a pelagic fish that roams open waters, especially in the Indo-Pacific region. Kawakawa is a fish that is commonly traded at PPP Pondokdadap, Kab. Malang and Pabean Fish Market, Surabaya. Tuna traded at PPP Pondokdadap are generally caught directly by fishermen in the Southern Waters of Java Island, while those traded at the Pabean Fish Market are caught in the Northern Waters of Java Island. In both seas there are differences in water characteristics, therefore morphological and molecular analysis is needed to determine the characteristics of Kawakawa (E. affinis), whether there are morphological and molecular differences from PPP Pondokdadap Malang Regency and Pabean Fish Market Surabaya. The purpose of this study was to determine the morphological and molecular diversity of kawakawa (E. affinis) from PPP Pondokdadap and Pabean Fish Market which can be a reference for tuna fishing management related to fish habits and to determine whether differences in location could affect the morphological and molecular diversity of kawakawa (E. affinis). The research was conducted from July 2022 to October 2022. Samples were collected from PPP Pondokdadap at Malang Regency and Pabean Fish Market at Surabaya. Morphological analysis used the geometric morphometric method with morphometric characters as reinforcing data. 11 landmarks and 7 morphometric characters are used. Morphometric geometrics used TpsUtil, TpsDig, MorphoJ software and were analysed using PCA, CVA and DA. Analysis of 7 morphometric characters using SPSS software was analysed using independent T test and DA. Molecular analysis is divided into 4 stages: DNA extraction, DNA amplification, electrophoresis, and sequencing. DNA extraction using the chelex 10% method. Amplification using PCR method with marker COI gene using primer LCO1490-HCO2198 with two repetitions. Electrophoresis using 1% agarose gel. The samples in this study were still in the juvenile with fork lengths of 23.3 – 27.8 cm. PCA analysis from both locations showed that the shape most influenced the differences in shape in PC1 – PC4 is body depth, head, anal fin, dorsal fin, fork length, caudal keel with a cumulative variation of 86.2% and from PPP Pondokdadap with a cumulative variation of 81.5% showed no significant differences because the value of PC1 p <0.3. The most influential factors for differences in shape between groups were shown in CV1, head, body depth, body size, anal fin and caudal keel with a p-value of the mahalanobis distance of p<0.001 and the procrustes distance of 0.005 indicating a significant difference in shape. independent T test results on morphometric characters showed no significant difference (p > 0.05). The DNA extraction results were found to be less pure with an absorbance ratio value of 260/280 of 1.51. Electrophoresis of the PCR results showed that the results were not successful. The genome bands are faintly visible and are only visible as smears.

Item Type:	Thesis (Sarjana)
Identification Number:	0522080224
Subjects:	500 Natural sciences and mathematics > 551 Geology, hydrology, meteorology > 551.4 Geomorphology and hydrosphere > 551.46 Oceanography and submarine geology
Divisions:	Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan > Ilmu Kelautan
Depositing User:	soegeng sugeng
Date Deposited:	13 Mar 2023 07:32
Last Modified:	13 Mar 2023 07:32
URI:	http://repository.ub.ac.id/id/eprint/197521

Text (DALAM MASA EMBARGO) Abyan Allam Taris.pdf Restricted to Registered users only until 31 December 2024. Download (4MB)

Actions (login required)

View Item