Alfaini, Ratna Wulida and apt. Uswatun Khasanah, S.Farm., M.Farm and Dr. apt. Valentina Yurina, S.Si., M.Si. (2022) Studi In Silico Aktivitas Antimalaria Metabolit Sekunder Kulit Batang Pulai (Alstonia Scholaris) Terhadap Berbagai Target Protein Plasmodium Falciparum. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.
Abstract
Malaria merupakan salah satu infeksi parasit yang menyebabkan permasalahan terbesar di dunia. Lima spesies parasit eukariotik Plasmodium yang menjadi penyebab malaria yaitu Plasmodium falciparum, Plasmodium vivax, Plasmodium ovale, Plasmodium malariae dan Plasmodium knowlesi yang ditularkan kepada manusia melalui gigitan nyamuk Anopheles betina. Kulit batang pulai (Alstonia scholaris) secara turun-temurun telah digunakan oleh suku Tetun sebagai antimalaria yang juga telah dibuktikan aktivitasnya secara in vitro. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui potensi metabolit sekunder kulit batang pulai sebagai antimalaria secara in silico dengan melihat profil drug-likeness dan ADME-T serta interaksi terbaik senyawa pada berbagai target protein melalui parameter rerank score, ikatan hidrogen, interaksi sterik, dan interaksi elektrostatik. Instrumen yang digunakan pada penelitian ini adalah Molegro Virtual Docker dengan teknik blind docking. Analisa drug-likeness dengan parameter hukum lima Lipinski dilakukan menggunakan web server Swissadme, sedangkan prediksi profil ADME-T dilakukan menggunakan web server admetSAR. Hasil penelitian menunjukkan jika 12 metabolit sekunder kulit batang pulai memenuhi kriteria drug-likeness. Berdasarkan energi ikatannya, terdapat empat senyawa yang memiliki nilai rerank score lebih rendah dari senyawa pembanding (native ligand dan standar antimalaria). Senyawa-senyawa tersebut adalah β-sitosterol (-109,625 kkal/mol), echitamidine n-oxide (-109,293 kkal/mol), akuammicine n-oxide (-107,176 kkal/mol) dan scholarisine F (-100,114 kkal/mol). Analisis profil ADME-T menunjukkan jika scholarisine F tidak memenuhi kriteria pada parameter toksisitas, sehingga dapat disimpulkan jika metabolit sekunder kulit batang pulai yang berpotensi sebagai antimalaria adalah β-sitosterol dan akuammicine n-oxide dengan target protein PfLDH, serta echitamidine n-oxide dengan target protein DHPS dan PfLDH
English Abstract
Malaria is one of the parasitic infections that causes the biggest problems in the world. Five species of Plasmodium contributed to malaria were Plasmodium falciparum, Plasmodium vivax, Plasmodium ovale, Plasmodium malariae, and Plasmodium knowlesi. Plasmodium transmitted to humans through the bite of female Anopheles mosquitoes. Pulai (Alstonia scholaris) stem bark has been used for generations by the Tetun ethnic people as an antimalarial. In vitro study showed Alstonia scholaris extract inhibits Plasmodium falciparum growth. The study aims to determine interactions between secondary metabolites of Alstonia scholaris against Plasmodium falciparum protein targets. Molegro Virtual Docker was used as the instrument. Drug-likeness analysis with Lipinski's rule of five was carried out using the Swissadme web server, while the ADME-T profile prediction has performed using the admetSAR web server. The results showed that 12 secondary metabolites of pulai stem bark met the drug-likeness criteria. Based on the binding energy, four compounds have lower rerank scores than the comparison compounds (native ligands and antimalarial standards). These compounds were β-sitosterol (- 109,625 kcal/mol), echitamidine n-oxide (-109,293 kcal/mol), akuammicine n- oxide (-107,176 kcal/mol), and scholarisine F (-100,114 kcal/mol). Analysis of the ADME-T profile showed that scholarisine F did not meet the criteria for toxicity parameters. According to the result, β-sitosterol and akuammicine n-oxide with a protein target of PfLDH, and echitamidine n-oxide with protein targets of PfLDH and DHPS were potential to be explored as antimalarial
Other obstract
-
| Item Type: | Thesis (Sarjana) |
|---|---|
| Identification Number: | 0522060219 |
| Uncontrolled Keywords: | Alstonia scholaris, malaria, molecular docking, ADME-T, drug- likeness,-Alstonia scholaris, malaria, molecular docking, ADME-T, drug-likeness |
| Subjects: | 600 Technology (Applied sciences) > 615 Pharmacology and therapeutics > 615.1 Drugs (materia medica) |
| Divisions: | Fakultas Kedokteran > Farmasi |
| Depositing User: | Endang Susworini |
| Date Deposited: | 06 Feb 2023 07:23 |
| Last Modified: | 06 Feb 2023 07:23 |
| URI: | http://repository.ub.ac.id/id/eprint/197283 |
![[thumbnail of DALAM MASA EMBARGO]](http://repository.ub.ac.id/style/images/fileicons/text.png) |
Text (DALAM MASA EMBARGO)
Ratna Wulida Alfaini.pdf Restricted to Registered users only until 31 December 2024. Download (7MB) |
Actions (login required)
 |
View Item |