Pengembangan Markah SCAR Berbasis ISSR Untuk Identifikasi Kandungan Capsaicin Pada Tanaman Cabai Rawit (Capsicum frutescens).

Fariyanto, Dicky Eka and Dr. Ir. Joni Kusnadi,, M.Si and Prof. Dr. Ir. Estri Laras Arumingtyas,, M.Sc. St (2022) Pengembangan Markah SCAR Berbasis ISSR Untuk Identifikasi Kandungan Capsaicin Pada Tanaman Cabai Rawit (Capsicum frutescens). Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.

Abstract

Tahap seleksi merupakan tahapan paling penting dalam program pemuliaan tanaman untuk menentukan keberhasilan dan kecepatan varietas unggul yang dihasilkan. Pada penelitian sebelumnya, senyawa kimia EMS telah digunakan untuk memodifikasi tanaman cabai rawit yang menghasilkan mutan dengan kandungan capsaicin tinggi dan rendah. Capsaicin merupakan senyawa utama pada buah cabai yang memberikan rasa pedas. Seleksi menggunakan bantuan markah molekuler memberikan hasil lebih akurat, mudah, cepat, dan hemat biaya dibanding seleksi secara fenotip. Tujuan dari penelitian ini adalah mendesain dan mengembangkan markah SCAR berbasis ISSR untuk analisis kandungan capsaicin pada mutan tanaman cabai rawit. Metode penelitian ini bersifat deskriptif kualitatif dengan menggunakan 2 variasi tanaman cabai rawit galur G1/01 diantaranya 9 sampel G1/M8 (capsaicin rendah) dan 7 sampel G1/M14 (capsaicin tinggi). Tahap pengemangan SCAR diawali dengan isolasi daun DNA cabai rawit menggunakan metode CTAB, analisis profil pita DNA menggunakan 13 markah ISSR, pengembangan markah SCAR berdasarkan 3 pita yang diperoleh dari hasil PCR ISSR, dan analisis profil pita DNA menggunakan 5 markah SCAR yang telah didesain. Hasil deteksi primer ISSR menunjukkan profil pita DNA polimorfik dengan adanya pita DNA spesifik pada primer I827_M8; primer I5_M8; dan primer I5_M14. Namun hasil deteksi primer SCAR menunjukan profil pita DNA monomorfik sehingga membuktikan belum dapat membedakan tinggi dan rendahnya kandungan capsaicin pada tanaman cabai rawit. Hal ini kemungkinan disebabkan beberapa faktor meliputi kurangnya variasi desain markah SCAR 5’ dan 3’ anchored pada situs penempelan primer dan pengaruh self complementary.

English Abstract

The selection stage is the most important stage in the plant breeding program to determine the success and speed of the superior varieties produced. In previous studies, the chemical compound EMS has been used to modify chili pepper plants to produce mutants with high and low capsaicin content. Capsaicin is the main compound in chili pepper that give it a spicy taste. Selection using the help of molecular markers provides more accurate, easy, fast, and cost effective results than phenotypic selection. The purpose of this study was to design and develop an ISSR-based SCAR marker for the analysis of capsaicin content in chili pepper plant mutants. This research method is descriptive qualitative by using 2 variations of chili pepper plant strain G1/01 including 9 samples G1/M8 (low capsaicin) and 7 samples G1/M14 (high capsaicin). The SCAR development stage begins with the isolation of chili pepper DNA leaves using the CTAB method, DNA band profile analysis using 13 ISSR markers, the development of SCAR markers based on 3 bands DNA obtained from ISSR PCR results, and DNA band profile analysis using 5 designed SCAR markers. The results of the ISSR primer detection showed a polymorphic DNA band profile with the presence of a specific DNA band on the I827_M8 primer; primer I5_M8; and primer I5_M14. However, the results of the SCAR primer detection showed a monomorphic DNA band profile so that it proved unable to distinguish high and low capsaicin content in chili pepper plants. This may be due to several factors including the lack of variation in the design of the 5' and 3' anchored SCAR markers at the primer attachment site and the influence of self complementary.

Item Type:	Thesis (Sarjana)
Identification Number:	0522100337
Uncontrolled Keywords:	Cabai rawit (Capsicum frutescens), Kandungan capsaicin, ISSR (Inter Simple Sequence Repeat), SCAR (Sequence Character Amplified Region),Chili pepper (Capsicum frutescens), Capsaicin content, ISSR (Inter Simple Sequence Repeat), SCAR (Sequence Character Amplified Region)
Subjects:	600 Technology (Applied sciences) > 630 Agriculture and related technologies
Divisions:	Fakultas Teknologi Pertanian > Keteknikan Pertanian
Depositing User:	Sugeng Moelyono
Date Deposited:	24 Jan 2023 02:39
Last Modified:	24 Jan 2023 02:39
URI:	http://repository.ub.ac.id/id/eprint/196848

Text (DALAM MASA EMBARGO) Dicky Eka Fariyanto.pdf Restricted to Registered users only until 31 December 2024. Download (2MB)

Actions (login required)

View Item