Optimasi Markah SCAR Berdasarkan Pengembangan Primer SCoT Untuk Deteksi Kandungan Capsaicin pada Tanaman Cabai Rawit (Capsicum frutescens L.)

Ayukusuma, Monika Dinda Larasita and Dr.Ir. Joni Kusnadi,, M. Si and Prof. Dr. Ir. Estri Laras Arumingtyas,, M. Sc. St (2022) Optimasi Markah SCAR Berdasarkan Pengembangan Primer SCoT Untuk Deteksi Kandungan Capsaicin pada Tanaman Cabai Rawit (Capsicum frutescens L.). Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.

Abstract

Cabai rawit (Capsicum frutescens L.) merupakan tanaman yang memiliki peran penting dan mendominasi kebutuhan pangan masyarakat Indonesia, maka pemuliaan tanaman banyak dilakukan salah satunya dengan metode induksi mutasi kimia EMS (Ethyl Methane Sulfonate). Hasil mutasi EMS pada cabai rawit Cakra Hijau G1/01 telah menghasilkan galur baru M8 dan M14 dengan sejumlah kelebihan serta variasi kandungan Capsaicin yang berbeda. Capsaicin merupakan senyawa metabolit sekunder yang memberikan sensasi rasa pedas pada saat mengonsumsi cabai. Tahapan seleksi yang cepat dan akurat dibutuhkan untuk mendukung analisis variasi serta validasi hasil pemuliaan tanaman. Seleksi dengan menggunakan markah molekuler dinilai lebih cepat, stabil dan efektif. Penelitian ini mengembangkan markah SCAR (Sequence Characterized Amplified Region) berbasis SCoT (Start Codon Targeted) untuk identifikasi dan analisis tingkat kandungan Capsaicin yang berbeda pada tanaman cabai rawit. Pada penelitian ini akan diujikan sampel tanaman cabai rawit G1/01 galur M8 (rendah Capsaicin) dan M14 (tinggi Capsaicin) menggunakan 11 primer SCoT. Tahapan pengembangan markah SCAR dimulai dengan isolasi DNA menggunakan metode buffer CTAB, amplifikasi PCR dengan primer SCoT serta elektroforesis dan visualisasi menggunakan GelDoc, sekuensing, desain markah SCAR-SCoT, serta amplifikasi akhir untuk proses validasi dan analisis markah SCAR-SCoT. Berdasarkan hasil analisa, dipilih 1 pita DNA polimorfik dari sampel M8 pada primer S15 dengan ukuran basa 400 bp untuk dilakukan sekuensing dan desain markah SCAR. Melalui tahapan desain primer, dihasilkan primer P1 dan P11. Berdasarkan analisa, primer P1 berhasil mendeteksi adanya pita polimorfik (pita yang berbeda) pada sampel M8 dengan ukuran basa 400 bp yang teramplifikasi dengan suhu annealing 51°C,52°C, 55°C, serta 56°C.

English Abstract

Chili pepper (Capsicum frutescens L.) is a plant that has an important role and dominates the food needs of the Indonesian people. Thus, plant breeding was carried out using the chemical mutation induction method of EMS (Ethyl Methane Sulfonate) in Cakra Hijau G1/01 Chili pepper strains M8 and M14 with a number of advantages and variations in different Capsaicin content. Capsaicin is a secondary metabolite compound that gives a spicy taste sensation when consuming it. Fast and accurate selection steps are needed to support variation analysis and validation of plant breeding results. Selection using molecular markers is considered to be faster, more stable and effective. This study developed an SCAR (Sequence Characterized Amplified Region) marker based on SCoT (Start Codon Targeted) for identification and analysis of different levels of Capsaicin content in Chili pepper plants. Sample of Chili pepper plant strain G1/01 with M8 strain (low Capsaicin) and M14 (high Capsaicin) were tested using 11 SCoT primers. Development of SCAR marker began with DNA isolation using the CTAB buffer method, PCR amplification with SCoT primers as well as electrophoresis and visualization using GelDoc, sequencing, design of SCAR-SCoT markers, and final amplification. for the process of validation and analysis of SCAR-SCoT markers. Based on the results of analysis, only 1 DNA band was selected from M8 sample on the S15 primer for sequencing and SCAR marker design. Through the primers design stage, P1 and P11 primers were produced. Based on the analysis, the P1 primer was able to detect the presence of polymorphic bands (different bands) in the M8 sample at a base sequence of 400 bp which was amplified with annealing temperatures of 51°C, 52°C, 55°C, and 56°C.

Item Type:	Thesis (Sarjana)
Identification Number:	0522100250
Uncontrolled Keywords:	Cabai rawit (Capsicum frutescens L.), EMS (Ethyl Methane Sulfonate), kandungan Capsaicin, SCAR (Sequence Characterized Amplified Region), SCoT (Start Codon Targeted), PCR (Polymerase Chain Reaction.),Chili pepper (Capsicum frutescens L.), EMS (Ethyl Methane Sulfonate), Capsaicin content, SCAR (Sequence Characterized Amplified Region), SCoT (Start Codon Targeted), PCR (Polymerase Chain Reaction).
Subjects:	600 Technology (Applied sciences) > 630 Agriculture and related technologies
Divisions:	Fakultas Teknologi Pertanian > Keteknikan Pertanian
Depositing User:	soegeng sugeng
Date Deposited:	07 Nov 2022 02:36
Last Modified:	07 Nov 2022 02:36
URI:	http://repository.ub.ac.id/id/eprint/196163

Text (DALAM MASA EMBARGO) Monika Dinda Larasita Ayukusuma.pdf Restricted to Registered users only until 31 December 2024. Download (4MB)

Actions (login required)

View Item