Ekologi Populasi Dan Status Taksonomi Ikan Penja Di Kabupaten Polewali Mandar, Sulawesi Barat Berdasarkan Sekuen 16s Rdna

Fitri, - and Dr. Agung Pramana Warih Marhendra,, S.Si., M.Si and Nia Kurniawan,, S.Si., M.P., D.Sc (2019) Ekologi Populasi Dan Status Taksonomi Ikan Penja Di Kabupaten Polewali Mandar, Sulawesi Barat Berdasarkan Sekuen 16s Rdna. Magister thesis, Universitas Brawijaya.

Abstract

Ikan merupakan salah satu kekayaan hayati Indonesia yang melimpah terdapat 4000 spesies ikan yang hidup di perairan Indonesia.Sulawesi termasuk salah satu pulau besar di Indonesia yang memiliki karakteristik geomorfologi yang kompleks. Fauna air tawar Sulawesi dikenal memiliki banyak ikan-ikan endemik. Sulawasi memiliki 69 jenis ikan air tawar dimana 52 jenis (77%) adalah ikan endemik. Salah satu ikan yang dianggap sebagai spesies endemik yaitu ikan Penja yang berada di Sulawesi Barat karena belum ditemukan di perairan lain di Indonesia, ikan ini belum banyak dikenal dan belum diketahui jelas jenis spesiesnya. Metode penelitian tahap petama yang bertujuan untuk mengetahui kondisi perairan di sekitar lokasi melimpahnya ikan Penja sehingga diketahui faktor abiotik yang berpengaruh terhadap kelimpahan ikan Penja di kabupapten Polewali Mandar yang meliputi kecerahan, suhu, pH, salinitas, kecepatan arus, dan jumlah ikan. Pengamatan dilakukan pada 2 lokasi penelitian masing-masing lokasi dibagi menjadi 3 titik dan dilakukan 3 kali ulangan. Hasil pemantauan faktor abiotik kemudian ditabulasi dalam tabel selanjutnya dianalisi dengan one way anova program SPSS for window release 16. Untuk melihat pengaruh waktu dan faktor abiotik terhadap kelimpahan ikan Penja dilakukan analisis PCA (Principle Component Analysis) menggunakan PAST 3. Penelitian tahap kedua yang bertujuan menentukan status taksonomi ikan Penja di Kabupaten Polewali Mandar berdasarkan karakter morfologi dan sekuen 16S rDNA. Dengan diketahui status taksonomi ikan lokal dari kabupaten Polewali Mandar diharapkan dapat memberikan kontribusi pengetahuan tentang biologi ikan lokal, menambah jumlah daftar kekayaan hayati Indonesia Sebagai bekal strategi konservasi dan langkah dasar dalam mengeksplor potensi lokal yang dapat dikembangkan di kabupaten Polewali Mandar. Pengambilan Ikan dilakukan di dua Muara Sungai lokasi melimpahnya ikan Penja dengan teknik tebar jaring. Karakter morfometrik yang diamati sebanyak 8 karakter. Sampel yang diukur sebayak 5 jantan dan 5 betina dari masing-masing lokasi. Individu ikan penja masing-masing spesies dari dua lokasi untuk diisolasi DNA totalnya menggunakan KIT Geneaid. Amplikasi sekuen 16S rDNA yang merupakan primer universal. Selanjutnya dilakukan elektroforesis menggunkan agarosa 1% dan dilaunjutkan dengan sekuensing dan analisis genetik. Hasil sekuensing selanjutnya dianalisis dengan sekuncer dan mega 6 untuk membuat pohon filogeni dan melihat p- distance/jarak, sehingga diketahui posisi status taksonomi ikan Penja. Hasil pemantauan kondisi perairan. pengukuran kecerahan di muara sungai Mapilli dan kassi-kassi berkisar antara 28 – 37 cm, pada bulan Januari terlihat berbeda nyata dengan bulan Maret, April dan Mei. Suhu rata-rata diperairan muara sungai Mapilli dan Kassi-kassi berada pada kisaran 17 – 29 ºC. Nilai rata-rata pH air di Muara sungai Mapilli dan Kassi- kassi berkisar antara 7-9, nilai derajat keasaman (pH) diseluruh lokasi pada semua bulan tidak ada yang menonjol karena memiliki nilai yang masih berada pada kisaran ambang batas kategori baik untuk pertumbuhan ikan Penja. Hasil pengukuran salinitas di muara sungai Mapilli dan Kassi-kassi berkisar antara 0 – 29 ‰. Januari hingga Maret terlihat nilai salinitas yang tinggi karena pada bulan tersebut terjadi pasang air laut yang masuk kemuara, viii berbeda pada bulan April dan Mei, nilai salinitas tergolong rendah disebabkan pada bulan tersebut terjadi hujan di daerah hulu yang menyebabkan air sungai lebih besar menuju laut. Hasil pengamatan kecepatan arus menunjukkan, kecepatan arus berada pada kisaran 9- 17 cm/s, Tingginya curah hujan menyebabkan kecepatan arus menjadi tinggi. Hasil penelitian menunjukkan, kelimpahan ikan Penja di lokasi penelitian berkisar antara 25 -161 ekor. Kelimpahan ikan Penja terendah dijumpai pada bulan januari. Berdasarkan analisis biplot, terlihat bahwa pada bulan januari dicirikan oleh kecerahan dan salinitas yang tinggi serta ditemukan jumlah ikan paling sedikit/kurang (253 ekor). Pada bulan maret dicirikan oleh nilai pH yang tinggi, salinitas dan kecepatan arus sedang, dan jumlah ikan ditemukan cukup ikan tinggi/banyak (430 ekor). Pada bulan april dicirikan oleh kecepatan arus dan jumlah ikan Penja yang ditemukan cukup tinggi (453 ekor). Pada bulan mei dicirikan oleh nilai pH yang sedang, salinitas yang rendah, kecerahan yang sedang dan jumlah ikan Penja yang ditemukan berada pada kisaran sedang (351 ekor), yaitu lebih rendah dibandingkan pada bulan maret dan April. Jumlah ikan Penja tertinggi ditemukan pada bulan Maret dan April. Berdasarkan hal tersebut, maka dapat disimpulkan bahwa ikan Penja masih tergolong toleran terhadap faktor abiotik di perairan Polewali Mandar dan faktor yang mempengaruhi kelimpahan ikan tersebut belum diketahui secara jelas. Karakteristik ikan Penja memiliki bentuk tubuh fusiform atau cerutu (torpedo), bentuk demikian berarti terdiri atas dua belahan yang sama, apabila tubuh dibelah dua terdapat belahan yang sama dan sirip telah terdapat sirip dorsal berjumlah 2, terdapat sirip pada bagian anal. Sirip ventral berupa cakram/piringan penghisap yang berbentuk seperti piring yang menempel pada perut. bentuk sirip ekor berpinggiran tegak (Truncate). Tipe letak mulut ikan Penja berbentuk terminal yaitu terletak di ujung hidung dan bagian mulut dapat disembulkan. Bagian yang pertama kali untuk mencirikan ikan penja adalah garis melintang secara vertical pada tubuhnya yang disebut sebagai garis melanopor berwarna hitam yang dapat dilihat dari mulai pangkal ekor hingga kepala ikan penja. selain garis melanopor juga terdapat sirip perut yang berupa cakram, cakram tersebut berfungsi sebagai alat menempel pada dasar sungai serta bebatuan dalam yang cenderung memiliki arus yang deras. Beberapa data didukung dengan hasil analisis PCA dan Cluster yang mendukung pengelompokan tersebut. Hasil rekontruksi filogenetik antara 4 sampel ikan penjah berada pada satu cabang yang sama yang menunjukkan sampel merupakan spesies yang sama dengan nilai bootstrap pada model perhitungan Maximum Parsimony sebesar (64%) yang disimpulkan bahwa nilai bootstrap yang sedang. Sampel ikan penja dengan spesies acuan yang bersumber dari hasil BLAST di NCBI terlihat bahwa spesies yang paling dekat yaitu Sicyopterus pugnans karena berada dalam satu clade yang sama dengan nilai bootstrap yang tinggi pada perhitungan perhitungan Maximum Parsimony sebesar (92%). sampel ikan penja kode MJ, MB, KJ, dan KB merupakan spesies yang sama, walaupun pada ikan penja kode KB memiliki nilai jarak genetik yang berbeda, namun nilai jarak genetik masih dalam kisaran nilai intraspesies sebesar 0-0,6%. Sedangkan dengan Sicyopterus pugnans berada dalam kisaran nilai yang menunjukkan kesamaan genus 1,0-1,2%, berdasarkan nilai perbandingan jarak genetik dengan outgrup Glossogobius aureus pada kisaran nilai tingkat famili sebesar 12,8-13,8%. Berdasarkan analasisi morfologi yang didukung dengan data molekuler terlihat bahwa ikan Penja memiliki kemiripan dengan Sicyopterus pugnans, berdasarkan pohon filogeni dan p-distance menunjukkan keempat sampel ikan Penja memiliki kedekatan jarak genetik dengan Sicyopterus pugnans namun tidak berada dalam satu clade. Sehingga, dapat disimpulkan bahwa ikan penja berbeda spesies dengan ikan Sicyopterus pugnans, namun berada dalam genus yang sama yaitu Sicyopterus. Sehingga diasumsikan bahwa ikan penja merupakan spesies baru

English Abstract

ix SUMMARY ECOLOGY AND STATUS TAXONOMY OF PENJA FISH IN POLEWALI MANDAR DISTRICT, WEST SULAWESI BASED ON 16S rDNA SEQUENT Fitri, Agung Pramana Warih Mahendra, Nia Kurniawan Master of Biology, Department of Biology Faculty of Mathematics and Natural Sciences, Universitas Brawijaya Fish is one of Indonesia's abundant biological wealth, there are 4000 species of fish that live in Indonesian waters. Sulawesi is one of the major islands in Indonesia that has complex geomorphological characteristics. Sulawesi freshwater fauna is known to have much endemic Sulawesi fish having 69 species of freshwater fish where 52 species (77%) are endemic fish. One of the fish that is considered as an endemic species is Penja fish in West Sulawesi because it has not been found in other waters in Indonesia, this fish is not widely known and the species is unknown. The first research method was aimed at finding out the condition of the waters around the location of the abundant Penja fish so that it was known that abiotic factors had an effect on the abundance in Polewali Mandar district which included brightness, temperature, pH, salinity, current velocity, and a number of fish. Observations were carried out on 2 research locations, each location divided into 3 points and carried out 3 replications. The results of monitoring abiotic factors then tabulated in the table are then analyzed by one way ANOVA program SPSS for window release 26. To see the effect of the moon and abiotic factors on the abundance of tilapia carried out PCA analysis (Principle Component Analysis) using PAST 3. The second phase of research aimed at determining the Taxonomic status of penja fish in Polewali Mandar Regency is based on morphological characters and 16S rDNA sequences. It is hoped that the taxonomic status of local fish from Polewali Mandar district is expected to contribute knowledge about the biology of local fish, increase the number of Indonesia's biological wealth list to prepare conservation strategies and basic steps in exploring the local potential that can be developed in Polewali Mandar district. Fish retrieval was carried out at two estuaries in the location of the emergence of penja fish with a mesh stocking technique. Morphometrics is observed for 8 characters and special characters. Samples were measured as 5 males and 5 females from each location. Individual fish spawned each species from two locations to be isolated in total DNA using Geneaid KIT. 16S rDNA sequence amplification which is a universal primer. Electrophoresis was then used using 1% agarose and performed by sequencing and genetic analysis. The sequencing results are then analyzed by the key and mega 6 to make the phylogeny tree and see the p-distance / distance so that it is known the taxonomic status of Penja fish. Results of monitoring water conditions. Brightness measurements at the Mapilli river estuary and Kassi-Kassi ranged from 28 - 37 cm), in January they were significantly different from March, April, and May. The average temperature in the waters of the Mapilli river estuary and Kassi-Kassi is in the range 17 - 29ºC). The average value of pH of the water in the Mapilli River Estuary and Kassi Kassi ranges from 7-9, the value of acidity (pH) in all locations in all months does not stand out because it has a value that is still in the range of categories for good fish growth Posters, this shows that at this location still allows the growth of Penja fish. Salinity measurements at the Mapilli river estuary and Kassi-Kassi ranged from 0 - 29 ‰,). January to March saw a high salinity value because in that month there was a rising x sea tide, different from April and May, the salinity was classified as low due to rain in the upstream area which caused greater river water to reach the sea. The results of current velocity observations show the current velocity is in the range of 9-17 cm / s, the high rainfall causes the current velocity to be high. The results showed that the abundance of Penja fish at the study sites ranged from 25-1616. The lowest abundance of Penja fish is found in January. Based on these results, it is seen that in January characterized by high brightness and salinity and found the number of fish at least / less (253). In March it was characterized by high pH value, salinity, and medium current velocity, and the number of fish was found to be high/large (430 fish). In April it was characterized by the speed of flow and the number of Penja fish found to be quite high (453). In May it was characterized by moderate pH value, low salinity, moderate brightness and the number of Penja fish found in the medium range (351), which was lower than in March and April. The highest number of Penja fish is found in March and April. Based on this, it can be concluded that Penja fish are still classified as tolerant of abiotic factors in Polewali Mandar waters and the factors that influence the abundance of these fish are not yet clearly known. Characteristics of fish Penja has a fusiform or cigar body shape (torpedo), this form means it consists of two equal hemispheres, if the body is split in two there is the same hemisphere and the fins have dorsal fins totaling 2, there are fins in the anal part. The ventral fin is a suction disc/disk shaped like a plate attached to the stomach. the shape of the truncate caudal fin. The type of location of the Penja fish's mouth is in the form of a terminal which is located at the tip of the nose and the mouth can be raised. The first part to characterize Penja fish is a vertical transverse line on the body called the black melanophores line that can be seen from the base of the tail to the head of the Penja fish. besides the melanopor line, there are also pelvic fins in the form of discs, these discs function as a tool attached to the bottom of the river and deep rocks which tend to have heavy currents. Some data is supported by the results of PCA and Cluster analysis that support the grouping. The results of phylogenetic reconstruction between 4 samples of anchovy fish are in the same branch which shows the sample is the same species with the bootstrap value in the Maximum Parsimony calculation model of (64%) which concluded that the bootstrap value is moderate. The samples of Penja fish with reference species derived from BLAST results at NCBI show that the closest species is Sicyopterus pugnans because they are in the same clade with high bootstrap values in the calculation of Maximum Parsimony calculation of (92%). samples of Penja coded MJ, MB, KJ, and KB are the same species, although in Penja fish the KB code has a different genetic distance value, the genetic distance values are still within the range of intraspecific values of 0-0.6%. Whereas with Sicyopterus pugnans in the range of values that indicate the similarity of genus 1.0-1.2%, based on the value of the comparison of genetic distance with the Glossogobius aureus group in the range of family-level values of 12.8-13.8%. Based on the morphological analysis supported by molecular data, it is seen that the tilapia is similar to Sicyopterus pugnans based on the phylogeny and p-distance trees. p-distance shows that the four samples of anchovies have a genetic distance close to Sicyopterus pugnans but are not in a single clade. So, it can be concluded that the Penja fish are different species with Sicyopterus pugnans fish, but are in the same genus namely Sicyopterus. So it is assumed that Penja fish are a new species

Other obstract

-

Item Type:	Thesis (Magister)
Identification Number:	041903364
Subjects:	500 Natural sciences and mathematics > 597 Cold-blooded vertebrates > 597.7 Perciformes
Divisions:	S2/S3 > Magister Biologi, Fakultas MIPA
Depositing User:	Nur Cholis
Date Deposited:	04 Oct 2022 08:06
Last Modified:	04 Oct 2022 08:06
URI:	http://repository.ub.ac.id/id/eprint/195329

Text F I T R I.pdf Download (4MB)

Actions (login required)

View Item