Keragaman Genetik Bulu Babi Tripneutes Gratilla (Linnaeus, 1758) Di Perairan Pantai Desa Tablolong, Kupang Barat Dan Di Perairan Desa Lambakara, Sumba Timur, Nusa Tenggara Timur (Ntt)

Nomleni, Aryok and Dr. Ir. Maheno Sri Widodo,, MS and Dr. Yuni Kilawati,, S.Pi., M.Si (2020) Keragaman Genetik Bulu Babi Tripneutes Gratilla (Linnaeus, 1758) Di Perairan Pantai Desa Tablolong, Kupang Barat Dan Di Perairan Desa Lambakara, Sumba Timur, Nusa Tenggara Timur (Ntt). Magister thesis, Universitas Brawijaya.

Abstract

Tripneustes gratilla (Linnaeus, 1758) adalah Bulu babi yang hidup di perairan dangkal yang tersebar luas di Indo-Pasifik tropis dan juga di perairan pantai Nusa Tenggara Timur (NTT). Bulu babi (Sea urchin) jenis Tripneustes gratilla L merupakan salah satu jenis biota laut yang memiliki nilai ekonomis penting. Aktivitas pemanfaatan Bulu babi dapat menurunkan kualitas dan kuantitas stok, sehingga perlu adanya pengkajian keragaman genetik untuk pengembangan breeding dalam usaha budidaya dan konservasi. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keragaman genetik, konektivitas dan hubungan kekerabatan Bulu babi dari dua populasi di perairan NTT. Sebanyak 22 sampel jaringan gonad dari Bulu babi dikumpulkan dari dua populasi di Perairan Kupang sebanyak 8 sampel dan sebanyak 14 sampel dari Perairan Sumba. Sampel diisolasi DNA genom menggunakan metode KIT GENE AID dengan mengunakan bahan GO TAQ Green PCR Mix dan pasangan primer universal LCO1490 dan HCO2198 untuk mengetahui ekspresi gen COI yang diamplifikasi (PCR). Hasil PCR dikirim ke First Base CO (Malaysia) untuk disekuen. Panjang sekuen hasil sekuensing gen COI genus Tripneustes dari Perairan NTT menggunakan primer universal LCO1490 dan HCO2198 adalah 690 bp. Sampel tersebut teridentifikasi sebagai T. gratilla dengan nilai Query Cover 100%, E- value 0.0 and Identity Value 99-100%. Dengan demikian dapat diketahui bahwa keragaman genetik populasi Bulu babi pada perairan Kupang dan Sumba masing-masing sebesar 0,82143 dan 0,83516 sedangkan nilai keragaman nukleotida masing-masing bernilai 0,00591 dan 0,00516. Nilai keragaman genetik dan keragaman nukloetida yang tinggi didapatkan antar kedua populasi masing-masing sebesar 0,83550 dan 0,0542. Total jarak genetik berkisar antara antara 0.000-0.010. Semua jarak genetik populasi masih tergolong rendah karena jarak genetik kurang dari 0.010-0.099 dan termasuk dalam kategori rendah. Nilai 0.000 menunjukkan bahwa dari 1000 pasang basa, tidak satupun terdapat pasangan basa yang berbeda. Kedekatan jarak genetik ini menyebabkan adanya konektivitas antar kedua populasi karena terdapat aliran gen (gane flow). Hasil analisis fiksasi indeks (Fst) Tripneustes gratilla di perairan Sumba dan Kupang adalah 0.0083 dengan p-value 0.4486 (p>0.005) menunjukkan tidak ada perbedaan genetik yang signifikan dari kedua populasi. Berdasarkan analisis filogenetik ditemukan bahwa, populasi di perairan Kupang, Sumba dan beberapa wilayah (outgroup) memiliki kedekatan secara genetik. Perlu adanya tindakan upaya konservasi di kedua wilayah Kupang dan Sumba agar keragaman genetik Bulu babi T. gratilla tetap tinggi.

English Abstract

Tripneustes gratilla (Linnaeus, 1758) is sea urchins that live in shallow waters that are widespread in the tropical Indo-Pacific and also in the coastal sea of East Nusa Tenggara (NTT). Sea urchin type Tripneustes gratilla L is one type of marine biota that has important economic value. Utilization activities of sea urchins can reduce the quality and quantity of stock, so the need for genetic diversity assessment for the development of breeding in aquaculture and conservation in better coastal waters. This research aims to determine genetic diversity, connectivity and kinship relations of sea urchins from two populations in the coastal sea of NTT. A total of 22 samples of gonad tissue from sea urchins were collected from 8 samples in Kupang and 14 samples from Sumba. The genomic DNA was isolated the method KIT GENE AID using GO TAQ Green PCR Mix material and universal primary pairs LCO1490 and HCO2198 to identify the expression of the amplified COI (PCR) gene. The PCR results are sent to First Base CO (Malaysia) to be sequenced. The length of the sequence results of the genus Tripneustes COI gene sequencing from coastal sea of NTT using universal primers LCO1490 and HCO2198 is 690-700 bp. The sample was identified as T. gratilla with 100% Query Cover value, E-value 0.0 and Identity Value 99-100%. Thus it can be seen that the genetic diversity of the sea urchin population in Kupang and Sumba coastal sea was 0.82143 and 0.83516, while the nucleotide diversity values are 0.00591 and 0.00516, respectively. High values of genetic diversity and nucloetide diversity were found between the two populations of 0.83550 and 0.0542 respectively. Total genetic distance ranges between 0,000-0,010. All population genetic distances are still relatively low because genetic distances of less than 0.010-0.099 are included in the low category. A value of 0.000 indicates that from 1000 base pairs, none of them have different base pairs. This proximity of genetic distance causes connectivity between the two populations because there is a gene flow (gane flow). The results of the index (Fst) fixation analysis of Tripneustes gratilla in Sumba and Kupang coastal sea was 0.0083 with p-value 0.4486 (p> 0.005) indicating no significant genetic differences from the two populations. Based on phylogenetic analysis found that, populations in the coastal sea of Kupang, Sumba and some regions (outgroup) had genetic proximity. Conservation measures are needed in both the Kupang and Sumba regions so that the genetic diversity of the T. gratilla sea urchins remains high

Other obstract

-

Item Type: Thesis (Magister)
Identification Number: TES/593.95/FPIK/k/2020/042002755
Subjects: 500 Natural sciences and mathematics > 593 Miscellaneous marine and seashore invertebrates > 593.9 Echinodermata and Hemichordata
Divisions: S2/S3 > Magister Budidaya Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan
Depositing User: Nur Cholis
Date Deposited: 25 Aug 2022 06:34
Last Modified: 24 Sep 2024 01:17
URI: http://repository.ub.ac.id/id/eprint/193583
[thumbnail of ARYOK NOMLENI.pdf] Text
ARYOK NOMLENI.pdf
Download (7MB)

Actions (login required)

View Item View Item