Amanda, Talitha and Wahyu Endra Kusuma, S.Pi., MP., D.Sc. and Aulia Rahmawati, S.P, M.Sc (2022) Analisis Filogenetik dan Jejaring Haplotype Ikan Gabus (Channa gachua) Berdasarkan DNA Mitokondria Region Cytochrome Oxidase Subunit I (COI) pada Daerah Aliran Sungai (DAS) Bengawan Solo, Kabupaten Wonogiri, Jawa Tengah. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.
Abstract
Sungai Bengawan Solo merupakan sungai terpanjang di Pulau Jawa yang alirannya melintasi Kabupaten Wonogiri, Jawa Tengah. Salah satu daerah di Kabupaten Wonogiri yang dilewati Sungai Bengawan Solo adalah Desa Tempurharjo, Kecamatan Ngadirejo dan Desa Bangsri, Kecamatan Purwantoro. Salah satu komoditas yang ditemukan di Sungai Bengawan Solo adalah genus Channa spesies Channa gachua (ikan gabus). Ikan gabus memiliki daya Tarik berupa coraknya yang indah serta masyarakat memanfaatkannya sebagai ikan hias. Selain itu, kandungan albuminnya tinggi sehingga dapat dijadikan obat. Atas alasan ini, masyarakat melakukan penangkapan ikan gabus di alam sehingga terjadi eksploitasi yang mengancam kelestarian populasi ikan gabus. Diperlukan upaya konservasi dan domestikasi dengan mengidentifikasi asal-usul ikan gabus sehingga pembudidaya dapat menentukan langkah pemuliaan yang tepat untuk menjaga populasi ikan gabus. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui dan menganalisis hubungan kekerabatan C. gachua di wilayah Daerah Aliran Sungai Bengawan Solo, Kabupaten Wonogiri, Jawa Tengah yang dilakukan dengan studi filogenetik dan jejaring haplotype. Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Hidrobiologi Divisi Sumberdaya Perikanan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan serta Laboratorium Diversitas Hewan, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Brawijaya. Penelitian ini menggunakan parameter jarak genetik, clade, bootstrap, similaritas dan hubungan kekerabatan. Hasil analisis yang didapatkan yaitu ikan C. gachua memiliki panjang basa sekitar 655 bp dengan query cover pada hasil BLAST sebesar 99,85-100%. Hasil rekonstruksi pohon filogenetik C. gachua terbagi menjadi 4 clade dengan 3 ingroup dan 1 outgroup (C. striata). Hasil jarak genetik intrapopulasi Wonogiri didapatkan persentase 0-1,08% menandakan C. gachua Wonogiri berada dalam 1 kelompok. Jarak genetik interpopulasi terendah adalah kelompok 1 dan 2 sebesar 3,6%. Nilai tertinggi adalah antara kelompok 2 dan outgroup sebesar 21,1%. Hasil analisis menunjukkan antar kelompok berkerabat cukup jauh dan tidak berasal dari nenek moyang yang sama. Jejaring haplotype menunjukkan C. gachua Wonogiri memiliki 3 haplotype berbeda, menandakan adanya variasi karena mutasi atau aliran gen.
English Abstract
Bengawan Solo River is the longest river in Java Island whose flow crosses Wonogiri Regency, Central Java. One of the areas in Wonogiri Regency that is passed by the Bengawan Solo River is Tempurharjo Village, Ngadirejo District and Bangsri Village, Purwantoro District. One of the commodities found in the Bengawan Solo River is the genus Channa species Channa gachua (dwarf snakehead). Dwarf snakehead has an attractiveness in the form of beautiful patterns and people use it as an ornamental fish. In addition, the content of albumin is high so that it can be used as a medicine. For this reason, there is exploitation that threatens the preservation of dwarf snakehead populations. Conservation and domestication efforts are needed by identifying the origin of dwarf snakehead so that farmers can determine appropriate breeding steps to maintain dwarf snakehead populations. This study aims to find out and analyze the kinship relationship of C. gachua in the Bengawan Solo Watershed area, Wonogiri Regency, Central Java conducted with phylogenetic studies and haplotype networks. This research was carried out at the Hydrobiology Laboratory of the Fisheries Resources Division, Faculty of Fisheries and Marine Sciences and Animal Diversity Laboratory, Faculty of Mathematics and Natural Sciences, Universitas Brawijaya. The study used parameters of genetic distance, clade, bootstrap, similarity and genetic relationships. The results of the analysis obtained are that C. gachua fish has a base length of about 655 bp with a query cover of 99.85-100% in BLAST results. The results of the reconstruction of the phylogenetic tree of C. gachua were divided into 4 clades with 3 ingroups and 1 outgroup (C. striata). The results of the genetic distance of the Wonogiri intrapopulation obtained a percent of 0-1.08% indicating that C. gachua Wonogiri is in 1 group. The lowest interpopulation genetic distance was group 1 and 2 at 3.6%. The highest score was between group 2 and the outgroup at 21.1%. The results of the analysis show that the groups are quite far apart and do not come from a common ancestor. The haplotype network showed that C. gachua Wonogiri had 3 different haplotypes, indicating variation due to mutation or gene flow.
| Item Type: | Thesis (Sarjana) |
|---|---|
| Identification Number: | 0522080066 |
| Uncontrolled Keywords: | bootstrap, clade, hubungan kekerabatan, jarak genetik, jejaring haplotype,bootstrap, clade, genetic distance, genetic relationship, haplotype network |
| Subjects: | 600 Technology (Applied sciences) > 639 Hunting, fishing & conservation > 639.3 Culture of cold-blooded vertebrates |
| Divisions: | Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan > Budidaya Perairan |
| Depositing User: | soegeng sugeng |
| Date Deposited: | 26 Jul 2022 03:56 |
| Last Modified: | 26 Jul 2022 03:56 |
| URI: | http://repository.ub.ac.id/id/eprint/192707 |
![[thumbnail of DALAM MASA EMBARGO]](http://repository.ub.ac.id/style/images/fileicons/text.png) |
Text (DALAM MASA EMBARGO)
Talitha Amanda.pdf Restricted to Registered users only until 31 December 2024. Download (3MB) |
Actions (login required)
 |
View Item |