Nareswari, Made Venika and drh. Fajar Shodiq Permata, M.Biotech. and Dra. Anna Roosdiana, M. App. Sc. (2021) Evaluasi Hasil PCR (Polymerase Chain Reaction) di Gen Chicken Growth Hormon dari Jaringan Segar dan Jaringan Terfiksasi NS Formalin 10% Otot Pectoralis dari Ayam Broiler. UNSPECIFIED thesis, Universitas Brawijaya.
Abstract
PCR (Polimerase Chain Reaction) adalah metode yang digunakan untuk melipat gandakan fragmen DNA. Metode ini merupakan salah satu teknik identifikasi penyakit yang cukup akurat dalam dunia medis. Untuk dapat melakukan proses amplifikasi dari suatu gen target, diperlukan template DNA yang mencukupi agar didapatkan hasil yang optimal. Otot pectoralis adalah otot yang aktif berproliferasi sehingga akan didapatkan hasil isolasi DNA yang cukup banyak. Hal ini dapat meningkatkan keberhasilan dari proses PCR. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk membandingkan hasil PCR gen Chicken Growth Hormon dari dua metode penyimpanan sampel, yaitu dengan NS formalin 10% dan jaringan segar. Otot pectoralis kemudian diekstraksi dengan ThermoScientific GeneJET Genomic DNA Purification Kit dan dilanjutkan dengan metode PCR. PCR dilakukan dengan mencampurkan PCR mix sebanyak 5 μl dan NFW sebanyak 2,5 μl. Primer cGH1 sebagai forward (5’-TCCCAGGCTGCGTTTTGTTACTC-3’) dan cGH2 sebagai reverse (3’-ACGGGGGTGAGCCAGGACTG-5’) ditambahkan sebanyak 1 μl ke masing-masing PCR tube. Sampel dimasukkan kedalam Thermal Cycler selama 2 jam dengan suhu denaturasi 94° C, annealing 61° C dan extension 72° C, hasil PCR kemudian dilanjutkan uji elektroforesis untuk mendapatkan hasil kualitatif dan uji nano drop untuk mendapatkan hasil kuantitatif. Uji nanodrop dilakukan pada λ260/230 nm dan λ260/280 nm untuk kemudian dianalisis melalui T-independent test dengan tingkat kepercayaan 95% dan pembacaan hasil amplicon PCR Gen Chicken Growth Hormon melalui pembacaan pada UV transluminator. Hasil uji kuantitatif dengan menggunakan uji T menunjukkan hasil yang tidak berbeda signifikan (p>0.05). Kemudian uji kualitatif dilakukan dengan analisis visualisasi pita yang muncul pada pembacaan UV-tranluminator yaitu pada sampel otot segar 2 dan 3. Sampel otot formalin terlihat adanya pita amplicon pada sampel 1, 2, 3 dan 4 sedangkan sampel 5 tidak terlihat adanya pita amplicon DNA. Selanjutnya kedua sampel dihitung menggunakan persamaan garis regresi linear LogBP dan RF mendapatkan hasil 328 bp. Oleh karena itu, penggunaan formalin sebagai larutan fiksatif pada sampel otot pectoralis tidak memberikan hasil yang berbeda signifikan terhadap nilai absorbansi, konsentrasi dan visualisasi pita hasil PCR di gen Chicken Growth Hormon.
English Abstract
PCR (Polymerase Chain Reaction) is a method used to multiply DNA fragments. This method is a fairly accurate disease identification technique in the medical world. To be able to carry out the amplification process of a target gene, sufficient DNA templates are needed in order to obtain optimal results. The pectoralis muscle is a muscle that actively proliferates so that a lot of DNA isolation will be obtained. This can increase the success of the PCR process. The purpose of this study was to compare the PCR results of the Chicken Growth Hormone gene from two sample storage methods, namely 10% NS formalin and fresh tissue. The pectoralis muscle was then extracted with the ThermoScientific GeneJET Genomic DNA Purification Kit and continued with the PCR method. PCR was carried out by mixing 5 μl of PCR mix and 2.5 μl of NFW. Primary cGH1 as forward (5'-TCCCAGGCTGCGTTTTGTTACTC-3') and cGH2 as reverse (3'-ACGGGGGTGAGCCAGGACTG-5') were added 1 μl to each PCR tube. The sample was inserted into the Thermal Cycler for 2 hours with a denaturation temperature of 94 ° C, annealing 61 ° C and an extension of 72 ° C, the PCR results were then continued with the electrophoresis test to obtain qualitative results and the nano drop test to obtain quantitative results. The nanodrop test was carried out at λ260 / 230 nm and λ260 / 280 nm and then analyzed through a T-independent test with a 95% confidence level and the observed of the amplicon PCR results of Chicken Growth Hormone Gen through observed on the UV transluminator. The quantitative test results using the T test showed no significant difference (p> 0.05). Then the qualitative test was carried out by visualizing the bands that appeared on the observed of UV-translator, namely fresh muscle samples 2 and 3. The formalin muscle samples showed amplicon bands in samples 1, 2, 3 and 4, while sample 5 did not show any amplicon DNA bands. Then the two samples were calculated using the LogBP and RF linear regression line equation to get a result of 328 bp. Therefore, the use of formaldehyde as a fixative solution in the pectoralis muscle samples did not the result significantly different results on the absorbance value, concentration and band visualization of PCR results in the Chicken Growth Hormone gene.
Other obstract
-
| Item Type: | Thesis (UNSPECIFIED) |
|---|---|
| Identification Number: | 0521130042 |
| Uncontrolled Keywords: | Kata kunci : cGH, DNA, Elektroforesis, Formalin, Otot pectoralis, PCR |
| Subjects: | 600 Technology (Applied sciences) > 636 Animal husbandry > 636.08 Specific topics in animal husbandry > 636.089 Veterinary medicine |
| Divisions: | Fakultas Kedokteran Hewan > Kedokteran Hewan |
| Depositing User: | yulia Chasanah |
| Date Deposited: | 25 Jan 2022 01:49 |
| Last Modified: | 11 Jul 2022 02:27 |
| URI: | http://repository.ub.ac.id/id/eprint/188757 |
![[thumbnail of DALAM MASA EMBARGO]](http://repository.ub.ac.id/style/images/fileicons/text.png) |
Text (DALAM MASA EMBARGO)
Made Venika Nareswari (1).pdf Restricted to Registered users only until 31 December 2023. Download (2MB) |
Actions (login required)
 |
View Item |