Analisis Filogenetik Ikan Channa striata (Ikan Gabus) Berdasarkan Region DNA Mitokondria Cytochrome Oxydase Subunit I (COI) pada Daerah Sungelebak, Kabupaten Lamongan, Jawa Timur.Wahyu Endra Kusuma, S.Pi, MP, D.Sc.

Depari, Julianika Br Sembiring (2021) Analisis Filogenetik Ikan Channa striata (Ikan Gabus) Berdasarkan Region DNA Mitokondria Cytochrome Oxydase Subunit I (COI) pada Daerah Sungelebak, Kabupaten Lamongan, Jawa Timur.Wahyu Endra Kusuma, S.Pi, MP, D.Sc. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.

Abstract

Ikan Channa striata (ikan gabus) banyak ditemukan di aliran-aliran sungai ataupun perairan umum. Salah satunya terdapat pada aliran sungai Bengawan Solo, dimana daerah Sungelebak, Kabupaten Lamongan merupakan salah satu hilirnya. Ikan ini memiliki nilai ekonomi yang terus meningkat dan memiliki pasaran yang tinggi dibidang konsumsi dan kesehatan. Peningkatan kebutuhan terhadap ikan gabus mempengaruhi ketersediaan stok di perairan umum. Nilai ekonomis dari ikan inilah yang tinggi menjadikannya spesies potensial untuk budidaya. Salah satu cara untuk menjaga ketersediaannya adalah dengan mengembangkan kegiatan budidaya. Identifikasi jenis yang akurat dan hubungan kekerabatan antar jenis sangat dibutuhkan dalam pengelolaan sumber daya hayati perairan dan program pemuliaan ikan. Analisis filogenetik menggunakan DNA mitkondria region COI dilakukan untuk menduga atau mengestimasi hubungan evolusioner dengan digambarkan dalam diagram yang menyerupai pohon bercabang dapat menjelaskan dan membedakan taksa yang sulit diamati. Sehingga penelitian ini bertujuan untuk menganalisis hubungan kekerabatan dan filogenetik ikan gabus dari daerah Sungelebak, Kabupaten Lamongan, Jawa Timur dengan ikan gabus dari daerah Bali, Jawa Tengah, Kalimantan, dan dengan Negara India dan Bangladesh berdasarkan sekuens DNA Mitokondria Region COI. Ikan gabus yang diperoleh dari daerah Sungelebak Lamongan berjumlah 10 ekor. Sampel ikan gabus diektraksi untuk mendapatkan kemurnian DNA yang digunakan untuk amplifikasi. Hasil dari kesepuluh sampel yang telah di amplifikasi dan telah dielektroforesis akan disekuensing untuk mendapatkan data berupa elektroforegram untuk diolah datanya sehingga membentuk sebuah pohon filogenetik. Analisis pohon filogenetik yang menggunakan metode maximum likelihood membentuk skala sebesar 0,020 menunjukkan panjang bar memiliki perbedaan genetik sebesar 2% yang terbagi menjadi 3 sub kelompok sebagai ingroup dan untuk outgroup yang digunakan adalah ikan Channa gachua dari India. Jarak genetik intrapopulasi ikan gabus dari Lamongan (CSL) adalah sebesar 0,28% sedangkan untuk jarak genetik ikan gabus dari Bali (CSB), Jawa Tengah (CSJT), dan India (CSI) adalah 0%. Hasil jarak genetik ikan gabus Bangladesh (CSBLD) diperoleh hasil sebesar 2,39%. Nilai jarak genetik interpopulasi CSL dengan CSJT sebesar 0,0038, CSL dengan Kalimantan (CSK) sebesar 0,0054, CSL dengan CSB sebesar 0,0073, CSL dengan CSBLD sebesar 0,0264, dan CSL dengan CSI sebesar 0,0325.

English Abstract

Channa striata (cork fish) are found in rivers and public waters. One of them is located in the Bengawan Solo river, where the Sungelebak area, Lamongan Regency is one of the downstream areas. This fish has an increasing economic value and has a high market in the field of consumption and health. The need for snakehead fish affects the increase in stock availability in public waters. The high economic value of this fish is a potential species for aquaculture. One way to maintain its availability is to develop cultivation activities. Accurate species identification and inter-species relationships are needed in aquatic resource management and fish breeding programs. Phylogenetic analysis using mitochondrial DNA in the COI region was carried out to predict or estimate evolutionary relationships by depicting in a diagram that resembles a branching tree that can explain and distinguish taxa that are difficult to observe. So this study aims to analyze the kinship and phylogenetic relationship of snakehead fish from the Sungelebak area, Lamongan Regency, East Java with snakehead fish from Bali, Central Java, Kalimantan, and with India and Bangladesh based on DNA sequences of Mitochondriae Region COI. Cork fish obtained from the Sungelebak Lamongan area amounted to 10 tails. Snakehead fish samples were extracted to obtain DNA purity which was used for amplification. The results of the ten samples that have been amplified and have been electrophoresed will be sequenced to obtain data in the form of an electrophorogram for processing the data to form a phylogenetic tree. The phylogenetic tree analysis using the maximum likelihood method to form a scale of 0.020 shows that the length of the bar has a genetic difference of 2% which is divided into 3 sub groups as ingroups and for the outgroup used is Channa gachua fish from India. The intrapopulation genetic distance of snakehead fish from Lamongan (CSL) is 0.28% while the genetic distance of snakehead fish from Bali (CSB), Central Java (CSJT), and India (CSI) is 0%. The results of the genetic distance of the Bangladeshi snakehead fish (CSBLD) obtained a yield of 2.39%. The interpopulation genetic distance value between CSL and CSJT is 0.0038, CSL and Kalimantan (CSK) is 0.0054, CSL and CSB is 0.0073, CSL and CSBLD is 0.0264, and CSL is 0.0325.

Item Type:	Thesis (Sarjana)
Identification Number:	0521080069
Uncontrolled Keywords:	Rekontruksi filogenetik, Pemuliaan induk, Penanda genetik, Jarak genetik,Phylogenetic reconstruction, Parental breeding, Genetic markers, Genetic distance
Subjects:	600 Technology (Applied sciences) > 639 Hunting, fishing & conservation > 639.3 Culture of cold-blooded vertebrates
Divisions:	Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan > Budidaya Perairan
Depositing User:	soegeng sugeng
Date Deposited:	08 Nov 2021 04:55
Last Modified:	10 Oct 2024 07:12
URI:	http://repository.ub.ac.id/id/eprint/186672

Text JULIANIKA BR SEMBIRING DEPARI.pdf Download (4MB)

Actions (login required)

View Item