Analisis Filogenetik Ikan Gabus (Channa striata) Berdasarkan DNA Mitokondria Region Cytochrome Oxidase Subunit I (COI) pada Daerah Aliran Sungai (DAS) Bengawan Solo, Desa Raci Tengah, Kecamatan Sidayu, Kabupaten Gresik.Wahyu Endra Kusuma, S.Pi, MP, D.Sc.Dan Budianto, S.Pi, MP, M.Sc.

Sufaichusan, Ifa (2021) Analisis Filogenetik Ikan Gabus (Channa striata) Berdasarkan DNA Mitokondria Region Cytochrome Oxidase Subunit I (COI) pada Daerah Aliran Sungai (DAS) Bengawan Solo, Desa Raci Tengah, Kecamatan Sidayu, Kabupaten Gresik.Wahyu Endra Kusuma, S.Pi, MP, D.Sc.Dan Budianto, S.Pi, MP, M.Sc. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.

Abstract

Sungai Bengawan Solo merupakan sungai terpanjang di Pulau Jawa yang terletak antara 6,48°– 8,07° LS dan 110,26°– 112,41° BT. Salah satu wilayah yang dilewati Sungai Bengawan Solo adalah Desa Raci Tengah, Kecamatan Sidayu, Kabupaten Gresik, Jawa Timur dan salah satu famili yang ditemukan di Sungai Bengawan Solo berasal dari famili Channidae, genus Channa spesies Channa striata (ikan gabus). Ikan gabus di Sungai Bengawan Solo memiliki kemampuan adaptasi terhadap lingkungan yang tidak terlalu tinggi akibat dari pencemaran lingkungan. Tingginya tingkat pencemaran dan banyaknya eksploitasi ikan gabus menyebabkan berkurangnya populasi ikan gabus di alam, sehingga diperlukan suatu upaya konservasi dan domestikasi sebelum dilakukan kegiatan budidaya untuk menjaga populasi ikan gabus dengan cara mengidetifikasi asal usul ikan gabus melalui studi filogenetik. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui, menganalisis dan mendeskripsikan hubungan kekerabatan melalui studi filogenetik yang dilakukan pada spesies ikan gabus di Daerah Aliran Sungai (DAS) Bengawan Solo, Kabupaten Gresik, Jawa Timur. Penelitian ini dilaksanakan pada Laboratorium Hidrobiologi Divisi Sumberdaya Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan dan Laboratorium Ekologi dan Diversitas Hewan Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Brawijaya, Malang. Penelitian ini menggunakan metode deskriptif dengan menggunakan parameter jarak genetik, takson, clade, bootstrap, similaritas dan hubungan kekerabatan. Hasil analisis diperoleh panjang urutan basa ikan gabus Gresik sebesar ±655 bp dengan hasil BLAST Ikan gabus di daerah Gresik dengan ikan C. striata dari NCBI diperoleh nilai query cover sebesar 99,69%-100%. Analisa jarak genetik ikan C. striata di beberapa wilayah didapatkan jarak genetik terendah pada spesies C.striata yang berasal dari Thailand dengan persentase jarak genetik 0%, sedangkan jarak genetik tertinggi terdapat pada spesies C. marulius dari Myanmar dengan jarak genetik sebesar 9,68%, sedangkan analisa jarak genetik intraspesies didapatkan ikan gabus tertinggi diperoleh dari ikan C. marulius Myanmar dengan hasil 0,18 dan terendah pada ikan C. striata Malaysia dengan hasil 0,01. Analisa filogenetik menunjukkan pohon dengan skala 0,02 atau dapat diartikan terdapat perbedaan genetik sebanyak 2% dan terbagi menjadi 3 kelompok. Hasil analisis menunjukkan ikan gabus gresik memiliki hubungan kekerabatan yang tergolong dekat dengan ikan C. striata dan memiliki hubungan kekerabatan yang jauh dengan ikan C. melasoma dan ikan C. marulius.

English Abstract

The Bengawan Solo River is the longest river in Java Island, which is located between 6.48 ° - 8.07 ° south latitude and 110.26 ° - 112.41 ° east longitude. One of the districts through which the Bengawan Solo River passes is Raci Tengah Village, Sidayu District, Gresik Regency, East Java and one of the families found in the Bengawan Solo River comes from the Channidae family, Channa genus, species Channa striata. C. striata fish in the Bengawan Solo River has the abilityis not too high due to enviromental pollution. High pollution and exploitation causes a reduction population in nature, so that conservation and domestication are needed before aquaculture by identifiying the origin of C. striata through phylogenetic studies. This study aims to determine, analyze and describe genetic relationships through phylogenetic studies of murrel snakehead species in the Bengawan Solo River, Gresik Regency, East Java. This research was conducted at the Laboratory of Hydrobiology, Division of Fisheries Resources, Faculty of Fisheries and Marine Sciences and the Laboratory of Ecology and Animal Diversity, Faculty of Mathematics and Natural Sciences, Brawijaya University, Malang. This study used a descriptive method using parameters of genetic distance, taxon, clade, bootstrap, similarity and genetic relationship. The results of the analysis obtained that the length of the C. striata Gresik base sequence was ± 655 bp with the BLAST results of C. striata fish in the Gresik area with C. striata fish from NCBI obtained by avalue query cover of 99.69% -100%. The results of the genetic distance analysis of C. striata in several areas showed the lowest genetic distance in species C.striata Thailand with a percentage of 0% genetic distance, while the highest genetic distance was found inspecies C. marulius Myanmar with a genetic distance of 9.68 %. The results of intraspecies genetic distance analysis showed that the highest murrel snakehead fish was obtained from C. marulius Myanmar with genetic distance 0,18 and the lowest was for C. striata Malaysia with genetic distance of 0,01. Phylogenetic analysis showed trees with a scale of 0.02 or it could be interpreted that there were 2% difference in genetic and divided into 3 groups. The results of the analysis showed that C. striata gresik had a relatively close relationship with C. striata and had a distant relationship with C. melasoma fish and C. marulius fish.

Item Type:	Thesis (Sarjana)
Identification Number:	0521080065
Uncontrolled Keywords:	bootstrap, clade, hubungan kekerabatan, jarak genetik, molekuler,bootstrap, clade, genetic distance, genetic relationship, moleculer
Subjects:	600 Technology (Applied sciences) > 639 Hunting, fishing & conservation > 639.3 Culture of cold-blooded vertebrates
Divisions:	Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan > Budidaya Perairan
Depositing User:	Sugeng Moelyono
Date Deposited:	08 Nov 2021 04:00
Last Modified:	25 Feb 2022 01:38
URI:	http://repository.ub.ac.id/id/eprint/186664

Text (DALAM MASA EMBARGO) Ifa Sufaichusan.pdf Restricted to Registered users only until 31 December 2023. Download (6MB)

Actions (login required)

View Item