Studi Filogenetik Ikan Lempuk (Gobiopterus sp.) di Ranu Grati, Pasuruan, Jawa Timur, Berdasarkan DNA Mitokondria Sekuens Barcoding Region Cytochrome Oxidase Subunit I

Sari, Dian Kartika (2020) Studi Filogenetik Ikan Lempuk (Gobiopterus sp.) di Ranu Grati, Pasuruan, Jawa Timur, Berdasarkan DNA Mitokondria Sekuens Barcoding Region Cytochrome Oxidase Subunit I. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.

Abstract

Ranu Grati merupakan danau yang terletak di Desa Ranuklindungan, Kecamatan Grati Kabupaten Pasuruan, Jawa Timur. Danau ini memiliki satu kekayaan biodiversitas endemik yaitu ikan Lempuk (Gobiopterus sp.) yang menyerupai ikan teri dengan panjang sekitar 2-3 cm. Lempuk (Gobiopterus sp.) termasuk dalam famili Gobiidae dari kelas Actinopterygii dan ordo Perciformes. Ikan ini memiliki sebaran biogeografi yang luas namun hanya hidup dilokasi tertentu saja. Metode molekuler yang dapat digunakan untuk studi filogenetik cabang evolusi tingkat spesies ialah gen mitokondria Cytocrome Oxidase Subunit I (COI). Kelebihan dari gen COI adalah karena memiliki bagian yang bersifat lestari dan sedikit mengalami delesi serta insersi pada sekuensnya serta memiliki jangkauan sinyal filogenetik yang lebih besar dari pada gen mitokondria lainnya. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui hubungan kekerabatan dan filogenetik spesies ikan Lempuk (Gobiopterus sp.) di Ranu Grati, Pasuruan, Jawa Timur. Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Hidrologi Divisi Sumberdaya Ikan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, dan di Laboratorium Faal dan Laboratorium Biomedik Fakultas Kedokteran Universitas Brawijaya pada bulan September- Desember 2019. Metode kerja dan analisis yang digunakan dalam kegiatan penelitian ini adalah metode deskriptif yang menggambarkan filogenetik dan hubungan kekerabatan ikan Gobiopterus sp. di Ranu Grati dengan beberapa parameter yang digunakan antara lain jarak genetik, bootstrap, takson atau clade dan similaritas serta konektivitas haplotipe. Spesimen ikan yang diambil dari 5 titik stasiun dari Ranu Grati. Spesimen kemudian dimatikan dengan proses pendinginan menggunakan es batu. Spesimen kemudian dipreservasi dengan alkohol 96% dalam plastik klip dan disimpan di lemari beku (freezer). Kemudian dilakukan ekstraksi DNA dengan metode Phenol-Chloroform, lalu diamplifikasi dengan metode PCR dan divisualisasi dengan tahapan elektroforesis, selanjutnya disekuensing sehingga diperoleh data berupa elektroferogram. Setelah itu dilakukan analisis menggunakan software serta dibandingkan dengan ikan Gobiopterus lain dari dataset yang diperoleh dari GenBank. Hasil analisis diperoleh panjang urutan basa nukleotida elektroferogram ikan Lempuk sebesar kurang lebih 655 bp. Hasil nilai BLAST ikan Lempuk percentage identity di bawah 90%. Hasil jarak genetik intra populasi ikan Lempuk di Ranu Grati sebesar 0,05% dan jarak antar populasi dengan pembanding terjauh yakni 23,6% dengan ikan G. Semivestitus. Hasil rekonstruksi pohon filogenetik yang diperoleh dengan metode Maximum likelihood dengan bootstrap 1.000 kali pada ikan Lempuk membentuk kelompok monofiletik dengan haplotipe sebanyak 3 yang terpisah dengan kelompok lain. Berdasarkan hasil jarak genetik, pohon filogenetik dan jaring haplotipe, spesies Ranu Grati merupakan spesies yang berbeda dengan ikan Gobiopterus lain yang ditandai dengan hubungan kekerabatan yang jauh berdasarkan nilai jarak genetik lebih dari 2% dan perbedaan mutasi tinggi yang diduga akibat dari beberapa lokasi geografi.

Item Type:	Thesis (Sarjana)
Identification Number:	0520080099
Uncontrolled Keywords:	-
Subjects:	500 Natural sciences and mathematics > 577 Ecology > 577.6 Aquatic ecology > 577.63 Lake and pond ecology
Divisions:	Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan > Manajemen Sumberdaya Perairan
Depositing User:	soegeng sugeng
Date Deposited:	20 Feb 2021 07:09
Last Modified:	08 Oct 2024 02:23
URI:	http://repository.ub.ac.id/id/eprint/182407

Text LAPORAN_SKRIPSI _DIAN KARTIKA SARI_165080500111004 - DIAN KARTIKA SARI (2)..pdf Download (9MB)

Actions (login required)

View Item