Budiarto, Eko (2020) Studi Keragaman Gen Heat Shock Protein 70 (HSP70) Pada Kambing Kacang Dan Kambing Senduro. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.
Abstract
Peningkatan mutu genetik pada Kambing Senduro dan Kambing Kacang dapat dilakukan melalui seleksi yaitu mempertahankan sifat-sifat unggul yang terdapat pada Kambing Kacang dan Kambing Senduro seperti kemampuan beradaptasi terhadap lingkungan panas yang dikontrol oleh gen Heat Shock Protein 70 (HSP70). Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui secara empiris keragaman gen Heat Shock Protein 70 (HSP70) pada Kambing Kacang dan Kambing Senduro. Hasil penelitian ini diharapkan menjadi informasi terkait potensi kemampuan adaptasi Kambing Kacang dan Kambing Senduro terhadap cekaman panas berdasarkan gen HSP70 yang dapat digunakan dalam upaya pelestarian, pengembangan dan pemanfaatan Kambing Kacang dan Kambing Senduro sebagai plasma nutfah. Penelitian dilakukan di Laboratorium Biotektologi Fakultas Peternakan Universitas Brawijaya pada bulan Agustus sampai dengan bulan Oktober 2019. Materi yang digunakan dalam penelitian ini adalah 38 ekor Kambing Kacang yang diambil dari Desa Sawohan Kecamatan Buduran Kabupaten Sidoarjo dan 19 ekor Senduro dari Desa Kandangtepus Kecamatanviii Senduro Kabuaten Lumajang. Metode penelitian yang digunakan adalah deskriptif eksploratif yang terdiri dari tiga tahapan yaitu: isolasi DNA, Polymerase Chain Reaction (PCR) dan sekuensing DNA. Data yang dianalisis dalam penelitian adalah frekuensi genotipe, frekuensi alel, heterozigositas, keseimbangn Hardy-Weinberg. Hasil penelitian menunjukkan gen HSP70 secara parsial posisi 582 bp–1097 bp ekson 1 pada Kambing Kacang dan Kambing Senduro ditemukan 2 SNPs yaitu alel T monomorfik (597 bp) dan alel C dan T polimorfik (993 bp) dengan genotipe CC dan CT. Pada SNPs 993 bp, alel C lebih dominan dibandingkan alel T pada kedua populasi. Nilai heterozigositas (Ho) pada SNPs polimorfik di bawah 0,5 yang menunjukkan rendahnya variasi gen HSP70 pada kedua populasi. Berdasarkan hasil analisis keseimbangan Hardy-Weinberg gen HSP70 Kambing Kacang dan Kambing Senduro menjelaskan bahwa kedua populasi kambing berada dalam keseimbangan. Berdasarkan penentuan urutan SNPs HSP70, terdapat mutasi dari basa sitosin menjadi basa timin (C>T) yang diklasifikasikan sebagai mutasi synonimous dan silent mutation yaitu mutasi yang tidak merubah ekspresi dari gen yang bertanggung jawab terhadap kemampuan beradaptasi pada lingkungan panas. Disimpulkan bahwa sekuens DNA gen HSP70 secara parsial posisi 582 bp–1097 bp ekson 1 pada Kambing Kacang dan Kambing Senduro memiliki tingkat kesamaan sebesar 99,8% dengan kemampuan beradaptasi terhadap lingkungan panas yang sama.
English Abstract
The Heat Shock Protein 70 (HSP70) gene of Kacang goats and Senduro goats is basic information in improving genetic quality. The material used in this study were 38 Kacang goats sand 19 Senduro goats. The research method consists of: DNA isolation, PCR products were sequenced and data was analyzed. Results for analysis of genotype frequencies, allele frequencies, heterozygosity values and Hardy-Weinberg equilibrium of HSP70 gene in goats. The results of genetic polymorphisms indicated two Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) between cytosine bases transition mutations become thymine bases, which are classified as synonymous and silent mutations. The results showed the HSP70 gene that the gene had monomorphic T allele (597 bp) and polymorphic C and T (993 bp). Genotyping of HSP70 gene at sequence 993 bp produced two genotypes (CC and CT) in Kacang goat and Senduro goats. For the HSP70 gene sequence 993 bp, C alleles were dominant to the T alleles across all populations. The results of the observed heterozygosity (Ho) values are greater than the expected hetrozygosity values (He), and heterozygosity (Ho) values below 0.5 indicating a low variation of HSP70 gene in the population. The result of Hardy-Weinberg balance analysisvi HSP70 gene explained that the population of Kacang goats and Senduro goat were in Hardy-Weinberg balance. Based on determining the SNPs sequences of HSP70, there are in mutations from cytosine bases to thymine bases (C>T) which are classified as synonym mutations and silent mutations that are not related to functions associated with heat stress at goats. Solution for this research is necessary identification of HSP70 gene polymorphisms of beans at longer sequences DNA to find SNPs that characterize the heat stress adaptation.
| Item Type: | Thesis (Sarjana) |
|---|---|
| Identification Number: | SKR/FAPET/2020/4/052002923 |
| Uncontrolled Keywords: | genetic polimorphisms, HSP70 genes, sequences, Kacang goats, Senduro goats, keragaman genetik, HSP70, sekuens, Kambing Kacang, Kambing Senduro |
| Subjects: | 600 Technology (Applied sciences) > 636 Animal husbandry > 636.3 Sheep and goats > 636.39 Goats > 636.390 82 Goats (Breeding) > 636.390 821 Goats (Genetics) |
| Divisions: | Fakultas Peternakan > Peternakan |
| Depositing User: | Nur Cholis |
| Date Deposited: | 13 Dec 2020 07:15 |
| Last Modified: | 13 Dec 2020 07:15 |
| URI: | http://repository.ub.ac.id/id/eprint/181754 |
Actions (login required)
 |
View Item |