Fadhilah, Nurul Reza (2019) Uji In Silico Ikatan Lysenin Cacing Tanah (Lumbricus rubellus) dengan Vimentin terhadap AKT1 sebagai Agen Kokemoterapi 5-FU pada Kanker Kolorektal. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.
Abstract
Kanker merupakan kondisi terjadinya pertumbuhan sel yang tidak terkontrol. Kanker kolorektal adalah kanker ketiga yang paling sering didiagnosis dan menduduki peringkat ke-2 sebagai jenis kanker yang sering menyebabkan kematian di dunia tahun 2018. Pada kanker kolorektal terdapat peningkatan vimentin yang berperan dalam apoptosis. AKT1 yang berikatan dengan vimentin menyebabkan fosforilasi vimentin menghasilkan gagal apoptosis. Terhambatnya fosforilasi vimentin mengakibatkan apoptosis melalui caspase. Salah satu terapi yang digunakan adalah kemoterapi yaitu 5-Fluorouracil (5-FU) yang bekerja menghambat enzim thymidyate synthase. Namun, pemberian kemoterapi tunggal menimbulkan berbagai efek samping serta kurang memberikan efek yang adekuat sehingga perlu dikombinasikan dengan agen yang dapat bekerja sinergis sebagai agen kokemoterapi. Lumbricus rubellus memiliki potensi sebagai antikanker melalui kandungan lysenin dan kombinasi cairan coelomic Lumbricus rubellus dengan 5-FU dapat meningkatkan apoptosis sel. Penelitian ini dilakukan untuk memprediksi secara molekuler peran lysenin dalam berikatan dengan vimentin sehingga terjadi apoptosis dan berperan sinergis sebagai kokemoterapi kanker kolorektal. Penelitian ini merupakan penelitian eksperimental in silico melalui metode docking menggunakan sampel dari database pubchem dan Protein Data Bank, yang bertujuan untuk mengetahui daya ikatan lysenin dengan vimentin. Metode molecular docking dalam penelitian ini dilakukan menggunakan software PyRX 0.8, Patchdock, Firedock untuk mengetahui afinitas ikatan, PyMOL 2.0.6 untuk melihat dalam 3 dimensi dan Ligplot untuk melihat ikatan asam amino. Hasilnya docking didapatkan afinitas ikatan lysenin dengan vimentin sebesar -37,69 kkal/mol sementara afinitas ikatan Vimentin dengan AKT1 (kontrol) sebesar -23,04. Lysenin memiliki afinitas ikatan yang lebihi tinggi maka, lysenin berpotensi menghambat fosforilasi vimentin sehingga terjadi apoptosis dan berpotensi sebagai terapi kombinasi untuk kanker kolorektal.
English Abstract
Cancer is an uncontrolled growth of cells. Colorectal cancer is known as the third most diagnosed cancer and second most cancer that cause death in the world in 2018. There is an increasing vimentin in colorectal cancer, which has role in apoptosis. AKT1 bind to vimentin causing phosphorylation and failure in apoptosis. Inhibition of vimentin phosphorylation result in apoptosis via caspase. One of therapy that used for colorectal cancer is chemotherapy using 5-fluorouracil (5-FU), working by inhibiting thymidylate synthase. However, single chemotherapy may cause side effects and relatively inadequate effect so it needs to be combined with agent that work synergistically. Lumbricus rubellus has potential as anticancer through lysenin and combination of its coelomic fluid with 5-FU can increase cell apoptosis. This research was conducted to predict the role of lysenin in binding with vimentin so that apoptosis can occurs and has synergistic role as colorectal cancer cocemotherapy. This is an experimental study conducted in silico through docking method which took samples from pubchem database and Protein Data Bank, which aims to determine the binding affinity between lysenin and vimentin. Molecular docking method was conducted using PyRX 0.8, Patchdock, Firedock to determine binding affinity, PyMOL 2.0.6 to see in 3 dimensions and Ligplot to identify amino acid bonds. The result showed -37,69 kcal/mol binding affinity was found between lysenin-vimentin while -23,04 kcal/mol between vimentin-AKT1 (control). Lysenin has higher binding affinity, lysenin has the potential to inhibit vimentin phosphorylation resulting in apoptosis and potentially as combination therapy for colorectal cancer.
| Item Type: | Thesis (Sarjana) |
|---|---|
| Identification Number: | SKR/FK/2019/582/052001355 |
| Uncontrolled Keywords: | lysenin, vimentin, 5-FU, cacing tanah (Lumbricus rubellus)-lysenin, vimentin, 5-FU, earthworm (Lumbricus rubellus) |
| Subjects: | 600 Technology (Applied sciences) > 616 Diseases > 616.9 Other disease > 616.99 Tumors and miscellaneous communicable diseases > 616.994 Cancers |
| Divisions: | Fakultas Kedokteran > Pendidikan Dokter |
| Depositing User: | Sugeng Moelyono |
| Date Deposited: | 10 Aug 2020 07:12 |
| Last Modified: | 22 Oct 2021 05:54 |
| URI: | http://repository.ub.ac.id/id/eprint/180142 |
Preview |
Text
Nurul Reza Fadhilah.pdf Download (6MB) | Preview |
Preview |
Text
MAJALAH_Nurul Reza Fadhilah_165070107111045.pdf Download (3MB) | Preview |
Actions (login required)
 |
View Item |