Wulandari, Anisa (2019) Keragaman Genetik DNA Mitokondria (mtDNA) pada Beberapa Sapi Lokal Indonesia. Magister thesis, Universitas Brawijaya.
Abstract
Tujuan penelitian ini adalah untuk menganalisis tingkat keragaman dan kekerabatan beberapa rumpun sapi lokal Indonesia berdasarkan keragaman DNA mitokondria, khususnya pada daerah Cytochrome oxidase sub unit I (COI) dan Cytochrome b (CYTB). Susunan basa primer CYTB yakni F: 5’ CTC CAT CAA CAA GCC AGT A 3’ dan R: 5’ TGA GGA CAA ATA TCA TTC TGA GGA G 3’. Primer COI yakni F: 5’ TTC TCA ACC AAC CAT AAA GAT ATT GG 3’ dan R: 5’ TAG ACT TCG GGG TGT CCA AAG AAT CA 3’. Materi penelitian yang digunakan yakni sapi Peranakan Ongole (PO), Sumba Ongole (SO), Madura, Bali, Pasundan dan Pesisir masing-masing sebanyak 12 ekor. Suhu annealing yang digunakan untuk CYTB yakni 540C dan suhu annealing pada COI yakni 52,10C. Sekuen COI dan CYTB dianalisis menggunakan MEGA 7.0 software dengan metode bootstrapped Neighboor-Joining (NJ) 1000 kali pengulangan berdasarkan - between group untuk merekonstruksi pohon filogeni. Sapi Pasundan memiliki tingkat keragaman genetik yang tinggi yakni 11 haplotype dan sapi SO memiliki tingkat keragaman yang rendah yakni 4 haplotype CYTB. Tingkat keragaman menggunakan COI menunjukkan bahwa sapi PO tergolong tinggi dengan 12 haplotype dan sapi SO tergolong rendah dengan 4 haplotype. Hubungan kekerabatan antara keenam rumpun sapi menggunakan mtDNA CYTB menunjukkan nilai jarak genetik sapi Pasundan dengan sapi Madura 28,42, sapi Pesisir dengan sapi PO 29,99 dan sapi Bali dengan sapi SO 30,40. Hubungan kekerabatan antara keenam rumpun sapi menggunakan mtDNA COI menunjukkan nilai jarak genetik sapi Pesisir dengan sapi SO 3,312, sapi Madura dengan sapi SO 3,951, sapi Pasundan dengan sapi Madura 4,428 dan sapi Bali dengan sapi PO 4,655.
English Abstract
The aim of this study was to analyze the level of diversity and relationship of several local Indonesian cattle based on the diversity of mitochondrial DNA, especially in the areas of Cytochrome oxidase sub unit I (COI) and Cytochrome b (CYTB). Primer CYTB F: 5’ CTC CAT CAA CAA GCC AGT A 3’ dan R: 5’ TGA GGA CAA ATA TCA TTC TGA GGA G 3’. Primer COI F: 5’ TTC TCA ACC AAC CAT AAA GAT ATT GG 3’ dan R: 5’ TAG ACT TCG GGG TGT CCA AAG AAT CA 3’. The material used were Peranakan Ongole (PO), Sumba Ongole (SO), Madura, Bali, Pasundan and Pesisir cattles, each of which were 12 heads. The annealing temperature used for CYTB is 540C and annealing temperature used for COI is 52,10C. COI and CYTB sequences were analyzed using MEGA 7.0 software with the Neighboor-Joining (NJ) bootstrapped method 1000 repetitions based on a group between to reconstruct the phylogeny tree. Based on CYTB Pasundan cattle showed high level of genetic diversity (12 haplotype) and SO cattle have a low level of diversity (4 haplotype). The level of diversity using COI is that showed PO cattle have a high diversity (11 haplotype) and SO cattle have a low level of diversity (4 haplotype). Relationship using CYTB mtDNA showed the genetic distance: Pasundan cattle with Madura cattle 28.42, Pesisir cattle with PO cattle 29.99 and Bali cattle with SO cattle 30.40. Relationship using mtDNA COI Pesisir with SO cattle 3.312, Madura with SO cattles 3.951, Pasundan with Madura cattles 4.428 and Bali with cattle PO 4.655.
Other obstract
-
| Item Type: | Thesis (Magister) |
|---|---|
| Identification Number: | TES/599.642 2/WUL/k/2019/041906249 |
| Uncontrolled Keywords: | CYTOCHROME OXIDASE, CYTOCHROME B, MITOCHONDRIAL DNA, COW |
| Subjects: | 500 Natural sciences and mathematics > 599 Mammalia (Mammals) > 599.6 Ungulates > 599.64 Bovidae > 599.642 Bovinae > 599.642 2 Bos (Oxen) |
| Divisions: | S2/S3 > Magister Ilmu Ternak, Fakultas Peternakan |
| Depositing User: | Budi Wahyono Wahyono |
| Date Deposited: | 20 Dec 2019 02:52 |
| Last Modified: | 21 Oct 2021 06:25 |
| URI: | http://repository.ub.ac.id/id/eprint/177234 |
Preview |
Text
Anisa Wulandari (2).pdf Download (1MB) | Preview |
Actions (login required)
 |
View Item |