Budiman, Intan Pratiwi (2019) Identifikasi Single Nucleotide Polymorphism (SNP) Individual mtDNA Sekuen Gen HVR-I Sebagai Pembeda Subspesies pada Orangutan Kalimantan (Pongo Pygmaeus) di Taman Safari Indonesia II Prigen. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.
Abstract
Orangutan Kalimantan (Pongo pygmaeus) memiliki tiga subspesies yaitu P. p. pygmaeus, P. p. wurmbii, P. p. morio. Spesies ini merupakan satwa endemik Indonesia yang memiliki status International Union for Conservation of Nature and Natural Resources (IUCN) Critically Endangered. Berbagai upaya dan penelitian dilakukan untuk konservasi spesies ini. HVR-I yang terdapat pada daerah non-coding region DNA mitokondria memiliki laju mutasi yang cepat sehingga dapat mendeteksi genetik variabilitas. Peristiwa mutasi dalam HVR-1 secara umum dikenal dengan single nucleotide polymorphism (SNPs). SNPs menampilkan substitusi nukleotida yang unik dalam populasi tertentu dan dapat digunakan untuk menetapkan variasi individu dalam populasi asal. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui subspesies berdasarkan persamaan titik SNPs dengan melakukan purposive sampling menggunakan lima sampel darah orangutan. Metode pada penelitian ini adalah studi kasus dengan melakukan identifikasi SNPs menggunakan Polymerase Chain Reaction (PCR) dengan mengisolasi DNA sampel darah lalu dilakukan uji kuantitas dan kualitas DNA, kemudian diamplifikasi dengan sepasang primer forward 5‟-CCTGCCCCTGTAGTACAAA TAAGTA-3‟ dan reverse 5‟-TGTGCGGGATATTGATTTCAC-3‟ kemudian dilanjutkan dengan sekuensing produk PCR. Identifikasi SNPs dengan melihat polimorphisme menggunakan Bioedit 7.5.3 yang disejajarkan dengan tujuh referensi gen HVR-I database NCBI, sehingga ditemukan 12 SNPs diagnostik yang dapat membedakan tiga subspesies orangutan Kalimantan. Sampel OT1, OT2, OT3, OT4 menunjukan 6 kesamaan SNPs dengan referensi gen HVR-I database P.p. wurmbii. Rekonstruksi filogenetik kemudian dibuat menggunakan software MEGA 10.5 metode Neighbor Joining 1000x replikasi bootsrap dan Tamura-Nei model yang membedakan berdasarkan titik mutasi, menujukan OT1,OT2, OT3, OT4 membentuk satu clade dengan referensi P.p.wurmbii serta memiliki jarak genetik yang dekat yaitu 0,000-0,003.
English Abstract
The Borneo orangutan (Pongo pygmaeus) has three subspecies, namely P. p. pygmaeus, P. p. wurmbii, P. p. morio. This species is an Indonesian endemic animal that has the status of the International Union for Conservation of Nature and Natural Resources (IUCN) Critically Endangered. Various efforts and research were carried out for the conservation of this species. HVR-I which is found in the non-coding region of the mitochondrial DNA region has a rapid mutation rate so that it can detect genetic variability. Mutation events in HVR-1 are generally known as single nucleotide polymorphism (SNPs). SNPs display nucleotide substitutions that are unique in certain populations and can be used to establish individual variations in the original population. This study aims to determine subspecies based on SNPs by conducting purposive sampling using five samples of orangutan blood. The method in this study is a case study by identifying SNPs using Polymerase Chain Reaction (PCR) by isolating blood sample DNA and then testing the quantity and quality of DNA, then amplifying it with a pair of primers forward 5'-CCTGCCCCTGTAGTACAAATAAGTA-3 and reverse 5'-TGTGCGGATATGATTTCAC-3' and continued with sequencing of PCR products. Identify SNPs by looking at polymorphisms using Bioedit 7.5.3 which is aligned with seven NCBI gene reference references, then 12 diagnostic SNPs were found that could distinguish three Bornean orangutan subspecies. Sample OT1, OT2, OT3, OT4 show 6 SNPs with substitution specific to reference P. p. wurmbii. Phylogenetic reconstruction is then made using MEGA 10.5 software Neighbor-Joining method 1000x replication of bootsrap and Tamura-Nei shows OT1, OT2, OT3, OT4 OT1, OT2, OT3, OT4 form a clade with reference to P.p.wurmbii because it has a close genetic distance of 0,000-0,003 based on the same mutation point.
| Item Type: | Thesis (Sarjana) |
|---|---|
| Identification Number: | SKR/FKH/2018/208/051902122 |
| Uncontrolled Keywords: | SNP, HVR-1, DNA mitokondria, Orangutan Kalimantan, PCR-SNP, HVR-1, DNA mitocondria, Orangutan Borneo, PCR. |
| Subjects: | 600 Technology (Applied sciences) > 636 Animal husbandry > 636.08 Specific topics in animal husbandry > 636.082 Breeding > 636.082 1 Genetics |
| Divisions: | Fakultas Kedokteran Hewan > Kedokteran Hewan |
| Depositing User: | soegeng sugeng |
| Date Deposited: | 03 Jun 2020 04:32 |
| Last Modified: | 03 Jun 2020 04:32 |
| URI: | http://repository.ub.ac.id/id/eprint/168461 |
Actions (login required)
 |
View Item |