Fitriani, Nur Jauharah (2018) Analisa Gen Cytochrome B Pada Kura Kura Kaki Gajah (Manouria Emys Emys) Untuk Mengetahui Kekerabatan Individu di Predator Fun Park Batu dengan Metode Polymerase Chain Reaction. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.
Abstract
Kura-kura Kaki Gajah (Manouria emys emys) merupakan salah satu hewan di Indonesia yang dilindungi dan masuk ke dalam endangered species IUCN redlist dan Apendik II CITES. Fragmen bukan penyandi protein yang sering digunakan dalam mengkaji hubungan kekerabatan di antara spesies adalah daerah Cyt-b (Cytochrome b). Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui tingkat kekerabatan individual berdasarkan sekuen gen Cyt-b dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) pada Kura-kura Kaki Gajah (Manouria meys emys) dan dibandingkan dengan database NCBI Baning Coklat (Manouria emys phayrei). DNA didapatkan dari empat sampel wholeblood kura-kura Kaki Gajah, 2 kura-kura jantan dan 2 betina yang berada di PFP Batu yang kemudian diisolasi menggunakan QIAamp DNA Mini Kit. Primer yang digunakan dalam metode PCR adalah primer forward (CYTB_F) 5’GTTATAGCCACCGCATTCGT-3’ dan primer reverse (CYTB_R) 5’-GGCTGGTGTAAAGTTGTCTG -3’.Sekuens hasil PCR dilakukan dengan metode Sanger. Analisa sekuen gen menggunakan program Mega 7.0 dan pohon filogeni direkonstruksi menggunakan metode neighbor-joining. Hasil penelitian menunjukkan bahwa antara sampel 4BR Rara dan 7BR Rere tidak memiliki perbedaan basa nukleotida dengan genetik distance dan sequence diversity 0%. Sampel 4BR, 5BR, 6BR, dan 7BR memiliki perbedaan basa nukleotida terhadap database genebank Monouria emys emys cyt-b. Genetic distance sampel kura-kura Kaki Gajah 4BR Rara 0,0124%, 5BR Roro 0,0137%, 6BR Ruru 0,0118%, dan 7BR Rere 0,0124% dengan referensi Manouria emys emys. Sedangkan sequence diversity 4BR Rara 0,0398%, 5BR Roro 0,0484%, 6BR Ruru 0,0358%, dan 7BR Rere 0,0398% dengan persentase homologi di atas 95% dan variasi genetik di bawah 3%. Keempat sampel merupakan kerabat dekat dalam satu spesies yang sama. Kesimpulan dari penelitian ini adalah kura-kura Kaki Gajah (Manouria emys emys) di Predator Fun Park berkerabat dekat dalam satu spesies yang sama dan perbedaan morfologi tidak berpengaruh pada keturunan genetik dengan divergen sekuen 0,04%
English Abstract
Asian Brown Tortoise (Manouria emys emys) is one of Indonesia's protected animals and get into the endangered species of IUCN redlist and Appendix II of CITES. Study of genetic diversity through molecular data using mitochondrial DNA (mtDNA) helps in knowing the differences between species (intraspecies). In the mitochondrial genome, there are protein-coding fragments and non-coding proteins. The coding fragment of the protein that is often used in assessing genetic relationships among species is the Cytochrome B area. This research aims to know the level of the individual relationship based on Cyt-b genes by Polymerase Chain Reaction (PCR) method on the Asian Brown Tortoise (Manouria emys emys) compared to NCBI database of Indian Brown Tortoise (Manouria emys phayrei). The DNA is acquired from four whole blood samples of tortoise in Predator Fun Park then isolated using the QIAamp ® DNA Mini Kit. The primer used in the PCR method is the forward primer (CYTB_F) 5 ' GTTATAGCCACCGCATTCGT-3 ' and reverse primer (CYTB_R) 5 '-GGCTGGTGTAAAGTTGTCTG-3 '. The sequencing of PCR results is done by Sanger method. The analysis of gene sequence is done by using Bioedit and NCBI BLAST. The result of this study shows that among a sample of 4BR Rara and 7BR Rere has 0% based on genetic distance and sequence diversity. The sample 4BR, 5BR, 6BR, and 7BR have different nucleotide bases compared to genebank database Monouria emys emys cyt-b. Genetic distance of 4BR Rara 0,0124%, 5BR Roro 0,0137%, 6BR Ruru 0,0118%, and 7BR Rere 0,0124% compared to genebank database Manouria emys emys. Sequence diversity of 4BR Rara 0,0398%, 5BR Roro 0,0484%, 6BR Ruru 0,0358%, and 7BR Rere 0,0398%. The Conclusion of this study is the Asian Brown Tortoise (Manouria emys emys) in the Predator Fun Park named Rara, Roro, Ruru, and Rere are closely related genetically but have different character of DNA sequence with Manouria emys phayrei
| Item Type: | Thesis (Sarjana) |
|---|---|
| Identification Number: | SKR/FKH/2018/81/051807937 |
| Uncontrolled Keywords: | Kura-kura Kaki Gajah (Manouria emys emys), MtDNA, Cyt-b, PCR.-Asian Brown Tortoise (Manouria emys emys), MtDNA, Cyt-b, PCR. |
| Subjects: | 500 Natural sciences and mathematics > 597 Cold-blooded vertebrates > 597.9 Reptilia (Reptiles) > 597.92 Chelonia > 597.924 Testudinidae |
| Divisions: | Fakultas Kedokteran Hewan > Kedokteran Hewan |
| Depositing User: | soegeng sugeng |
| Date Deposited: | 09 Apr 2019 03:17 |
| Last Modified: | 21 Oct 2021 08:36 |
| URI: | http://repository.ub.ac.id/id/eprint/161514 |
Preview |
Text
Nur Jauharah Fitriani.pdf Download (2MB) | Preview |
Actions (login required)
 |
View Item |