Septaningsih, Andi Citra (2018) Karakteristik Genetik Pada Rusa Timor (Cervus Timorensis) Dan Rusa Bawean (Axis Kuhlii) Berdasarkan Sekuen Gen Cox-2 (Cythochrome C Oxidase Subunit 2) Dengan Metode Polymerase Chain Reaction (Pcr). Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.
Abstract
Rusa Timor dan Rusa Bawean merupakan salah satu hewan endemik Indonesia, yang memiliki karakteristik genetik yang beragam. Pengkajian keragaman genetik melalui penandaan molekuler menggunakan DNA mitokondria (mtDNA) membantu dalam mengetahui perbedaan dengan lebih akurat dalam membedakan intra dan interspesies sehingga dapat digunakan untuk meningkatkan mutu genetik. Di dalam genom mitokondria terdapat fragmenfragmen penyandi protein dan yang bukan penyandi protein. Fragmen bukan penyandi protein yang sering digunakan dalam mengkaji hubungan kekerabatan di antara spesies adalah daerah Cox-2 (Cytochrome c oxydase subunit 2). Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui karakteristik genetik antara Rusa Timor dan Rusa Bawean berdasarkan sekuen gen Cox-2 dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) pada Rusa Timor (Cervus timorensis) dan dibandingkan dengan database NCBI serta jarak genetiknya dengan Rusa Bawean (Axis kuhlii). DNA didapatkan dari empat sampel wholeblood Rusa Timor jantan dan betina sejumlah 2 sampel dan Rusa Bawean jantan betina sejumlah 2 sampel di Taman Safari 2 Prigen Pasuruan yang kemudian diisolasi menggunakan QIAamp® DNA Mini Kit. Primer yang digunakan dalam metode PCR adalah primer. Forward (COX-2) 5„ GCACAATAGACGCTCAAGAG‟3 dan Reverse (COX-2) 5„GAAGCT GTGATTTGATCCGC‟3. Sekuens hasil PCR dilakukan dengan metode Sanger. Analisa sekuen gen dan kekerabatan menggunakan program Bioedit dan NCBI BLAST. Susunan nukleotida sampel Rusa timor dan Rusa bawean berdasarkan sekuen gen Cox-2 memiliki urutan sebesar 301bp. Sampel B04001RT dan sampel B03003RT yaitu Rusa timor (12D dan 13D) adalah genus yang berbeda yang berbeda dengan sampel B05006 RB dan sampel B0500RB yaitu Rusa bawean (14D dan 15D) dikarenakan berada pada clade yang berbeda.
English Abstract
The Timor deer and Deer Bawean are one of Indonesia's endemic animals, which have various genetic characteristics. Assessing genetic diversity through molecular marking using mitochondrial DNA (mtDNA) helps in knowing the differences more accurately in differentiating intra and interspecies that can be used to improve genetic quality. In the mitochondrial genome there are proteincoding fragments and non-coding proteins. The non-coding fragment of a protein often used in assessing kinship relationships among species is the Cox-2 (Cytochrome c oxydase subunit 2) area. The aim of this study was to investigate the genetic characteristics of Timor deer and Deer Bawean based on Cox-2 gene sequence by Polymerase Chain Reaction (PCR) method on Timor deer (Cervus timorensis) and compared with NCBI database and genetic distance with Bawean Deer (Axis kuhlii). DNA was obtained from four male and female Timor male whole blood samples of 2 samples and 2 male Bawean Deer Deer at 2 Taman Safari 2 Prigen Pasuruan which was isolated using QIAamp® DNA Mini Kit. Primer used in PCR method is primer. Forward (COX-2) 5 "GCACAATAGACGCTCAAGAG" 3 and Reverse (COX-2) 5 "GAAGCT GTGATTTGATCCGC" 3. The sequence of PCR results is done by the Sanger method. Analysis of gene and kinship sequences using Bioedit and NCBI BLAST programs. The nucleotide sequence of the Deer deer and deer samples based on the Cox-2 gene sequence has a sequence of 301bp. Samples B04001RT and B03003RT samples are Deer timor (12D and 13D) are different genus which differs from B05006 RB sample and B0500RB sample ie Bawean Deer (14D and 15D) due to being on different clade.
| Item Type: | Thesis (Sarjana) |
|---|---|
| Identification Number: | SKR/FKH/2018/148/051809109 |
| Uncontrolled Keywords: | Rusa Timor, Rusa Bawean, mtDNA, Cox-2, PCR-Timor Deer, Bawean Deer, mtDNA, Cox-2, PCR |
| Subjects: | 500 Natural sciences and mathematics > 599 Mammalia (Mammals) > 599.6 Ungulates > 599.65 Cervidae (Deer) |
| Divisions: | Fakultas Kedokteran Hewan > Kedokteran Hewan |
| Depositing User: | Sugeng Moelyono |
| Date Deposited: | 08 Apr 2019 01:50 |
| Last Modified: | 22 Oct 2021 03:39 |
| URI: | http://repository.ub.ac.id/id/eprint/161417 |
Preview |
Text
Andi Citra Septaningsih.pdf Download (2MB) | Preview |
Actions (login required)
 |
View Item |