Toha, AbdulHamidA (2016) Keragaman Dan Distribusi Genetik Bulu Babi Tripneustes Gratilla (Linnaeus 1758) Di Ekoregion Teluk Cenderawasih. Doctor thesis, Universitas Brawijaya.
Abstract
Penelitian ini memiliki empat tujuan yaitu: 1) mempelajari kondisi habitat T. gratilla; 2) mengidentifikasi variasi warna T. gratilla secara visual; 3) mempelajari keragaman morfologi T. gratilla secara morfometrik dan meristik; 4) menentukan keragaman genetik T. gratilla berdasarkan gen CO1 DNA mitokondria pada seluruh kisaran geografis. Dua pendekatan umum digunakan untuk menentukan keragaman dan distribusi genetik pada penelitian ini, yang masing-masing menggunakan marka morfologi dan marka molekuler. Terkait dengan tujuan pertama, penelitian mencatat bahwa ada perbedaan kondisi fisik dan kimia habitat seluruh lokasi dan kelompok lokasi (luar, perbatasan dan dalam teluk) meskipun kecil dan tidak terstruktur. Suhu habitat berkisar 30-310C, salinitas 30–32o/oo, pH 7,3-8, DO 4,9–8,7 mg/L, frekuensi gelombang 0,32-0,72 Hz, dan kecepatan arus 0,06-0,1 m/det. Berdasarkan uji statistik diketahui bahwa kehadiran T. gratilla di suatu habitat dipengaruhi oleh DO 80 % dan frekuensi gelombang perairan 66%. Secara umum habitat T. gratilla di ekoregion Teluk Cenderawasih dalam kondisi baik dan mendukung pertumbuhan, perkembangan dan kelangsungan hidup T. gratilla. Sesuai tujuan kedua, penelitian mengidentifikasi 33 warna pada 107 sampel T. gratilla yang dikoleksi di ekoregion Teluk Cenderawasih. Cangkang T. gratilla terdiri atas enam warna ganda yaitu hitam putih (43,27%), ungu kecoklatan (23,08), hitam jingga (12,5%), ungu tua jingga (9,61%), hitam coklat (7,69%), dan ungu tua jingga (kemerahan) (3.85%). Duri T. gratilla terdiri atas lima warna yaitu putih (43,27%), coklat campur putih (23,08%), jingga (22,12%), coklat (7,69%) dan jingga (kemerahan)(3,85%). Kaki tabung T. gratilla terdiri atas 21 warna yaitu putih-hitam-abu-abu (21,15%), abu-abu-coklat-putih (20,19%), bening abu-abu putih (5,77%), bening coklat putih dan hitam coklat putih (4,81%), abu-abu hitam putih, bening putih, bening putih hitam, hitam putih bening, dan putih (3.85%) dan warna lain. Warna cangkang, duri dan kaki tabung T. gratilla berbeda antar populasi di ekoregion Teluk Cenderawasih. Analisis kontingensi menunjukkan bahwa warna cangkang tergantung dari lokasi (χ2 = 2,80E-24, df = 24, P < 0,0001), warna duri tergantung dari lokasi (χ2 = 5,65E-17, db = 16, P < 0.0001) dan warna kaki tabung tergantung dari lokasi (χ2 = 1,07859E-23, df = 80, P < 0.0001). Secara keseluruhan warna cangkang, duri, dan kaki tabung T. gratilla tidak memiliki struktur yang jelas antar populasi. Terkait dengan tujuan ketiga, secara keseluruhan ada perbedaan morfologi antar lima lokasi penelitian. Diameter rata-rata cangkang T. gratilla bervariasi dari paling kecil 67,16mm (Biak) disusul 67,61mm (Yapen), 67,88mm (Nabire), 70,24mm (Manokwari) hingga paling besar 81,56mm (Wasior). Diameter maksimum T. gratilla setiap lokasi juga bervariasi. Tinggi rata-rata cangkang T. gratilla dalam kisaran 40mm yaitu 45,12mm di Manokwari, 42,21mm (Biak), 40,94mm (Yapen), 43,82mm (Nabire), dan satu-satunya di atas 50mm berasal dari Wasior yaitu 50,33mm. Berat rata-rata T. gratilla bervariasi setiap lokasi yaitu 186,28gr (Manokwari), 133,31gr (Biak), 132,78gr (Yapen), 260,67gr (Wasior), dan 150,59 (Nabire). Panjang duri rata-rata T. gratilla setiap lokasi yaitu 10,11mm (Manokwari), 9,34mm (Biak), 10,28mm (Yapen), 9,48mm (Wasior), dan 9,71mm (Nabire). Tidak ada perbedaan panjang duri setiap populasi. Distribusi morfologi T. gratilla tidak memiliki struktur yang jelas antar lokasi penelitian. Secara keseluruhan T. gratilla Manokwari berukuran lebih besar dibanding T. gratilla lokasi Biak, Nabire, Yapen dan Wasior. viii Terkait dengan tujuan keempat, berdasarkan fragmen gen COI 76 sampel T. gratilla ekoregion menemukan 592 nukleotida dengan rata-rata komposisi T (34,42%), A (27,43%), C (22,76%) dan G (15,38%). Jumlah sisi polimorfik terbanyak pada populasi Manokwari, disusul Biak, Nabire, Serui (Yapen) dan Wasior. Terdeteksi 25 haplotipe seluruh lokasi. Haplotipe terbanyak pada populasi Manokwari (12 haplotipe), disusul populasi Biak (10), Nabire (enam), Yapen (tujuh) dan Wasior (dua haplotipe). Keragaman haplotipe berkisar antara 0,66 (di Wasior) sampai 0,84 (Biak) dan keragaman nukleotida antara 0,002 (Wasior) sampai 0,003 (di Yapen). Keragaman genetik pada semua populasi tinggi. Uji signifikansi populasi pada level signifikan 0,05 dan Exact test menunjukkan bahwa individu dari populasi Manokwari dan Nabire berbeda dengan individu dari sampel Yapen. Wasior merupakan populasi yang tidak memiliki haplotipe spesifik. Haplotipe spesifik paling banyak terdapat pada Manokwari (delapan haplotipe), Biak (lima haplotipe), Nabire dan Yapen (empat haplotipe) dan haplotipe spesifik paling sedikit pada Nabire (tiga hapotipe). Jaringan haplotipe dan pohon filogenetik menunjukkan bahwa terjadi pencampuran acak antar individu dalam populasi dan antar populasi. Secara genetik, tidak ada struktur T. gratilla antar populasi. Ada aliran dan hubungan genetik yang konsisten antara T. gratilla ekoregion Teluk Cenderawasih. T. gratilla antar populasi memiliki jarak genetik yang rendah (0,003) yang menunjukkan bahwa T. gratilla antar populasi memiliki hubungan dekat satu dengan lain.
| Item Type: | Thesis (Doctor) |
|---|---|
| Identification Number: | DIS/596.95/TOH/k/2016/061611494 |
| Subjects: | 500 Natural sciences and mathematics > 596 Chordata |
| Divisions: | S2/S3 > Doktor Biologi, Fakultas MIPA |
| Depositing User: | Nur Cholis |
| Date Deposited: | 11 Apr 2017 13:12 |
| Last Modified: | 11 Apr 2017 13:12 |
| URI: | http://repository.ub.ac.id/id/eprint/160513 |
Actions (login required)
 |
View Item |